АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

биофак СПбГУ


Рубцова Елизавета Романовна

Квалификационная работа магистра: "Сравнительный анализ организации sym-генов штаммов Rhizobium leguminosarum bv. viciae, выделенных из различных растений-хозяев и контрастно различающихся по специфичности симбиоза"

Аннотация:   Vavilovia formosa (Stev.) An. Fed- Вавиловия прекрасная, является многолетним травянистым растением, распространённым в горных районах Кавказа и Передней Азии. Есть предположение, что Вавиловия является ближайшим живым родственником предкового гороха, то есть предка трибы Fabeae (семейство Бобовые). Основной проблемой изучения симбиотических особенностей вавиловии является сложность её  культивирования в лабораторных условиях. В связи с этим её симбиотические свойства изучены крайне слабо.
Был исследован штамм Rhizobium leguminosarum bv. viciae Vaf12, выделенный из азотфиксирующего клубенька вавиловии, который, однако, образовывал неазотфиксирующие клубеньки на горохе и вике. Таким образом, только особенности организации симбиотичских генов данного штамма могли пролить свет на эволюционную историю штамма, полученного от реликтового растения.  
В связи с этим целью данной работы являлся поиск специфических особенностей организации симбиотического региона штамма Vaf12 по сравнению с типовыми штаммами Rhizobium leguminosarum bv. viciae на основе результатов геномного секвенирования.
Результаты секвенирования и последующей сборки генома  не показали отличий в размере генома и GC-составе от типового штамма R. leguminosarum bv. viciae 3841. Для выявления симбиотических генов была создана база данных всех известных генов, имею-щих отношение к симбиозу. С помощью локального BLAST был проведён поиск этих генов на всех контигах. Из трёх контигов, содержащих основную часть симбиотических ге-нов, был собран один, содержащий весь симбиотический регион. 
Данный симбиотический регион был проаннотирован и сравнён с симбиотически-ми регионами других штаммов R. leguminosarum bv. viciae.  В нём были обнаружены основные nod-, nif-  и fix-гены. Его организация у разных штаммов в целом оказалась схожа, однако были выявлены инверсии. У штамма Vaf12 симбиотические гены оказались сгруп-пированы наименее компактно. Набор генов оказался практически идентичен, за исключением отсутствия у штамма 3841 гена nodX.
В результате сравнения наборов всех симбиотических генов штаммов Vaf12 и 3841 были выявлены различия по наличию/отсутствию нескольких генов, располагавшихся вне симбиотических регионов. В частности, у Vaf12 отсутствовали гены fixK и fixL, являю-щиеся компонентами пути активации nif- и fix-генов в микроаэрофильных условиях клубенька.

Направление: Биология

Кафедра: Генетики и Биотехнологии

Научный руководитель: к.б.н.  Андронов Е.Е.

Отзыв научного руководителя
Рубцова Елизавета Романовна начала научную деятельность в лаборатории микробиологического мониторинга и биоремедиации почв ВНИИ сельскохозяйственной микробиологии в сентябре 2013 года, будучи студенткой 1 курса магистратуры СПбГУ. За время работы в лаборатории она успешно освоила спектр современных методов молекулярной биологии, необходимых для работы в области геномной микробиологии. Важной особенностью исследований в данной области является обширный биоинформатический анализ полученных экспериментальных данных, который может составлять до 90% времени работы. В этом направлении Елизавета также успешно развивалась, освоив ряд современных программных пакетов. По результатам работы Елизавета подготовила одно сообщение, принятое на научную конференцию. Елизавету отличают трудолюбие, исполнительность, а также настойчивость в достижении поставленных целей. Мы надеемся, что наше сотрудничество с Елизаветой будет продолжено и в будущем.

Рецензент: к.б.н. Е.А. Андреева

Рецензия 

Работа Елизаветы Романовны Рубцовой посвящена познанию интереснейшего явления – азотфиксации у бобовых растений, путей его возникновения и эволюции. Для этого выбран нетрадиционный растительный объект – реликтовое бобовое растение Вавиловия прекрасная и один из его штаммов-симбионтов Rhizobium leguminosarum bv. viciae штамма Vaf12.
Работа Елизаветы Романовны состоит из традиционных разделов: введения, обзора литературы, материалов и методов с приложениями, результатов и обсуждения, в конце приведен список литературы, состоящий из 86 источников.
Во введении автор кратко формулирует основные направления исследований, цель и задачи работы.
В обзоре литературы на 20 страницах автор подробно и полно приводит литературные данные по генам ризобиальных бактерий, участвующих в процессе азотфиксации, строении геномов ризобий, включая районы с азотфиксирующими генами, эволюционные тенденции в группе ризобий, эволюционные аспекты взаимодействия с растениями. К сожалению, не хватает краткого заключения по материалам литературного обзора.
В разделе Материалы и методы описаны использованный в работе материал культуры бактериальных клеток Rhizobium leguminosarum bv. viciae штамма Vaf12 и основные методы, использованные автором. В том числе, есть подраздел «Создание базы данных симбиотических генов» с таблицей 2 «Список генов, найденных в геномах» бактерий с отсеквенированными и аннотированными геномами из базы данных GenBank. Возможно, таблицу уместнее было бы поместить в раздел «Результаты». Кроме того, довольно скупо описана технология анализа отсеквенированных и аннотированных геномов с целью создания базы симбиотических генов.
В главе Результаты Елизавета Романовна приводит данные по геномному секвенированию штамма Vaf12 Rhizobium leguminosarum bv. vicia, итоги анализа полученных «сырых» данных, технологию «сборки» контигов и «сборки» симбиотического района, созданию базы данных симбиотических генов, результаты по аннотации симбиотического района и сравнению симбиотических генов штаммов Vaf12 и 3841.
В разделе Обсуждение автор суммирует полученные данные и делает интересные заключения о связи полученных ею результатов с эволюцией хозяйской специфичности у исследованного штамма, обрисовывает план будущих работ в этом направлении.
Автором получены крайне интересные данные о структуре симбиотического района штамма симбионтов реликтового растения Вавиловии прекрасной. В частности, данные об отсутствии генов fixL и fixK, являющихся частью системы ответа на микроаэрофильные условия клубенька. В этой связи возникает несколько вопросов:
1.    Есть ли ещё гипотезы (из литературы или, по мнению автора), объясняющие отсутствие этих генов у симбионта вавиловии?
2.    Возможен ли поиск отсутствующих генов fixL и fixK иными методами, помимо «финиширования» генома, требующего значительных дополнительных работ.
3.    Ещё один вопрос по сборке генома: Вы секвенировали тотальную геномную ДНК штамма-симбионта вавиловии. Контиг, содержащий симбиотические гены, схож с таковым у плазмиды pRL10 R. leguminosarum bv. viciae 3841. Есть ли дополнительные данные, подтверждающие то, что анализированный Вами контиг симбионта вавиловии действительно является частью плазмиды, а не хромосомы?
Выводы корректно сформулированы и соответствуют поставленным в работе задачам. Работа очень аккуратно оформлена, практически отсутствуют ошибки.
 В заключение хочется отметить, что полученные автором результаты, безусловно, важны и интересны для понимания путей возникновения и эволюции азотфиксирующего бобово-ризобиального симбиоза. Работа Елизаветы Романовны Рубцовой заслуживает оценки «отлично».



Дата защиты: 17-06-2015





  


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017