АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

биофак СПбГУ


Саргсян Айк Мелконович

Квалификационная работа магистра: "Изучение влияния транскрипционного фактора Gln3 на эффективность терминации трансляции, а также его способности к агрегации, у дрожжей S. cerevisiae"

Аннотация: Ген GLN3 кодирует транскрипционный фактор, регулирующий азотный метаболизм у дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Ранее мы показали, что сверхэкспрессия этого гена вызывает супрессию нонсенс-аллели ade1-14UGA. В настоящем исследовании установлено, что этот фенотипический эффект возникает из-за того, что сверхэкспрессия GLN3 вызывает статистически достоверное повышение частоты прочтения стоп-кодона UGA как значащего. Особенностью аминокислотной последовательности белка Gln3 является наличие участка, обогащенного аминокислотами аспарагином и глутамином, и расположенного ближе к N-терминальному концу молекулы. Подобная обогащенность аспарагином и глутамином является одной из хорошо известных особенностей белков, способных формировать амилоиды, то есть фибриллы, обладающие кросс-бета структурой. Мы проанализировали особенности агрегации полноразмерного белка Gln3, а также его аспарагин-глутамин обогащенного фрагмента (Gln3QN), слитых с флуоресцентными белками CFP или YFP. Мы показали, что полноразмерный Gln3, слитый с YFP, при сверхпродукции не агрегирует, в то время как Gln3QN-YFP способен к агрегации, причем ее частота зависит от присутствия в штамме дрожжевых инфекционных амилоидов – прионов. Так, в отстутствии прионов или на фоне приона [PSI+] Gln3QN-YFP агрегирует менее чем в одном проценте клеток, в то время как прионы [SWI+] и [PIN+] вызывают многократное увеличение частоты агрегатов Gln3QN-YFP. Также нами показано, что Gln3QN-YFP при сверхпродукции в штаммах [PIN+] образует агрегаты, обладающие устойчивостью к обработке ионными детергентами, которые не выявляются в штаммах [pin-] или при сверхпродукции полноразмерного Gln3, слитого с YFP.

Направление: Биология

Кафедра: Генетики и Биотехнологии

Научный руководитель: к.б.н. Нижников А.А.

Отзыв научного руководителя
Айк Мелконович начал работу на кафедре генетики и биотехнологии СПбГУ в 2013 г., будучи студентом 5-го курса. Его выпускная квалификационная работа посвящена изучению особенностей влияния гена GLN3 на эффективность терминации трансляции, а также способности белка, кодируемого этим геном, к агрегации у дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Работа включает большое количество достаточно сложных экспериментов, требующих серьезных навыков в генетике, молекулярной биологии и биохимии. Хочу отметить, что к началу работы Айк Мелконович не владел ни одним из этих методов, но, тем не менее, смог быстро и успешно их освоить, что характеризует его с положительной стороны. Работа Айка Мелконовича требовала большой аккуратности и способности анализировать свои ошибки и работать над их исправлением, с чем он справился вполне успешно. Результаты его работы будут в ближайшее время опубликованы в статье в высокорейтинговом журнале.
 У меня остались весьма благоприятные впечатления от исследовательской работы А.М. Саргсяна. За время ее выполнения он освоил достаточно спектр методов классической генетики, молекулярной биологии и биохимии, приобрел навыки самостоятельного написания научных текстов и анализа литературы. А.М. Саргсян обладает целеустремленностью и доводит до конца ту работу, за которую берется. Вместе с тем, он обладает некоторой неусидчивостью, а его базовая подготовка по биологии оставляет желать лучшего. Несмотря на это, принимая во внимание большой объем и тщательность проделанной экспериментальной работы, я оцениваю работу А.М. Саргсяна под моим руководством как отличную и надеюсь, что перечисленные недостатки будут исправлены в ближайшей перспективе. 


Рецензент: Матвеенко А.Г.


Рецензия 

Работа выполнена на 67 стр. и содержит традиционные разделы: список сокращений, введение, омнипотентные супрессоры нонсенс-мутаций у дрожжей Saccharomyces cerevisiae (обзор литературы), материалы и методы, результаты, обсуждение, выводы, список литературы и благодарности.
По мнению рецензента, в русскоязычном названии диссертации допущена ошибка в пунктуации (лишняя запятая), а в англоязычном - в орфографии (порядок слов и пропущено несколько артиклей).
Список сокращений содержит одну весьма неординарную расшифровку: ”YFP - green fluorescent protein (зеленый флуоресцирующий белок)”. Кроме того, по аналогии с YFP, следовало привести и CFP, также как, если приведено название среды LB, то, по аналогии, стоило привести названия других сред (YEPD, MD и СПГ)
Обзор литературы изложен на 22 страницах и содержит избыточную информацию о нонсенс-супрессии у дрожжей. Другой же аспект, которому посвещена работа, - способность белка к агрегации, освещен несравнимо меньше и лишь изредка упоминается в контексте обсуждения прионов дрожжей. В тексте встречаются неточные и неудачные формулировки. Некоторые приведённые факты не соответствуют действительности. Например:
“Не только [PIN+], но и другой прион, [URE3], влияющий на метаболизм азота, может способствовать возникновению [PSI+] de novo (Wickner et al., 2001)” По указанной ссылке информация о данном феномене отсутствует, однако рецензенту известна работа, в которой показано прямо противоположное - наличие [URE3] снижает частоту индукции [PSI+] de novo (Schwimmer and Masison, 2002).
Несмотря на отмеченные недочёты, в целом, обзор литературы читается с интересом и оставляет приятное впечатление.
    В конце обзора литературы сформулированы цель и задачи работы. По мнению рецензента, формулировка цели представляет собой обобщённую первую и вторую задачи. Возможно, стоило связать поставленные задачи в единую цель, либо исходно утвердить две несвязанные цели работы.
По поводу раздела “Материалы и методы” рецензент, хотел бы сделать одно замечание: среди штаммов указаны в том числе 5-1-4-1-1-Д931 и 4-1-1-Д931 в описании которых, как и далее во всей работе, фигурирует прионный статус [SWI+]. Тем не менее, в публикациях, указанных в качестве источника, можно обнаружить, что статус приона [SWI+] у этих штаммов не изучался, зато для них показано наличие приона [NSI+]. В обзоре литературы, при перечислении известных прионов дрожжей, напротив, отсутствует [SWI+], но указан [NSI+] (хотя указаны ссылки на статьи, где описан как один, так и второй прион). Человеку, не знакомому с тематикой работ, проводящихся в лаборатории генетического моделирования болезней человека может показаться по меньшей мере странным исчезновение одного приона и появление другого. Рецензент же воздержится от вопроса по этому поводу, однако настоятельно рекомендует не представлять неопубликованные данные, не подтверждая их соответствующими комментарими (напр., “Галкин, личное сообщение”).
Также, плазмида pmCUPNMsYFP не была описана Serio в 1999 году.
    В остальном, раздел достаточно подробно и полно охватывает весь спектр освоенных методов и производит хорошее впечатление.
Раздел “Результаты” в большей степени, чем обзор литературы, обогащён опечатками, некорректно постороенными фразами и неудачными формулировками. Параметры цикла амплификации для ПЦР, как сугубо техническую информацию, следует указывать в материалах и методах. На рисунке 9, исходя из описания в тексте, перепутаны подписи кипяченых и некипяченых проб. Несмотря на недочёты, в разделе приведены все необходимые данные и в полной мере изложены полученные результаты, что является несомненным плюсом.
        Раздел “Обсуждение”, диаметрально противоположен обзору литературы, так как, наоборот, посвящён исключительно проблеме агрегации белка, ни коим образом не освещая нонсенс-супрессию. Потому у рецензента возник вопрос: в работе показано, что сохраняющийся супрессорный фенотип изгоняется ГГХ, и потому, может быть обусловлен формированием какого-то приона, но не связан с агрегацией самого Gln3. Чем может быть обусловлена связь этого приона с Gln3, и как можно этот прион идентифицировать?
Число выводов на один превышает число задач: (1ый и 2ой соответствуют 2ой задаче (явно не хвататает ещё одной задачи, по изучению влияния других прионов на агрегацию Gln3), 3ий - 1ой, а 4ый - 3ей, но в этом случае, формулировка вывода не совсем соответствует задаче).
Список литературы содержит 135 источников, но одна ссылка, Ono B.I., et al. 1981, фигурирует в нём дважды. За исключением присутствующих в изобилии ошибок форматирования и опечаток, других нареканий список литературы не вызывает.
Несмотря на указанные недостатки, написанный труд свидетельствует о большом обьёме проделанной работы и степени понимания материала, более чем достаточного для получения степени магистра биологии. Важно, что получены новые интересные результаты, которые рецензент рекомендует к публикации.
По мнению рецензента, и в соответствии с таблицей критериев, работа Саргсяна Айка Мелконовича заслуживает оценки «отлично».



Дата защиты: 16-06-2015







контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017