АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Дакс Александра Александровна

Квалификационная работа магистра: "Микрохромосомы в фазе ламповых щеток в кариотипе домашней курицы: цитогенетический анализ"

Аннотация: Кариотип домашней курицы состоит из 11 пар макрохромосом (Ма) и 28 пар микрохромосом (Ми). Ми представляют научный интерес, так как, несмотря на маленький размер (всего 18% массы генома), в них содержится до 50% всех кодирующих последовательностей. В 2004 году был опубликован сиквенс генома домашней курицы, но в нем до сих пор отсутствуют последовательности трети Ми. На метафазных препаратах Ми курицы едва различимы в световой микроскоп и не могут быть дифференцированы. Проблема идентификации и цитогенетического анализа Ми решается в работе использованием гигантских хромосом в фазе ламповых щеток (ЛЩ). Хромосомы-ЛЩ образуются в растущих ооцитах птиц и некоторых других животных и представляют собой мейотические биваленты, где гомологичные хромосомы соединены в местах хиазм. Длина хромосом ЛЩ в десятки раз больше соответствующих хромосом на стадии метафазы митоза. Каждый бивалент состоит из хромомеров, от которых отходят парные транскрипционно-активные петли. Для идентификации и цитогенетического картирования необходимы цитологические карты микрохромосом-ЛЩ домашней курицы, отражающие типичный для каждого бивалента рисунок хромомеров. Использование таких карт дает возможность идентифицировать ЛЩ на препарате и составлять физические карты локализованных методом FISH последовательностей Был разработан алгоритм цитогенетического анализа Ми в фазе ЛЩ, который успешно применялся в ходе исследования: (1) иденитификация Ми с помощью хромосом-специфичных маркеров и ВАС-клонов; (2) локализация центромеры методом иммуноцитохимической детекции антителами к STAG2-субъединице когезинового комплекса или с помощью FISH c прицентромерным повтором CNM; (3) сопоставление результатов физического картирования ВАС-клонов и генетических маркеров с их положением в геномном сиквенсе; (4) определение длины и центромерного индекса хромосомы; (5) построение цитологических карт на основании окрашивания флуоресцентными красителями; (6) анализ распределения хиазм по хромосоме. С использованием данного алгоритма были проанализированы самая маленькая Ма 10 и Ми 11, 13-16. Все проанализированные хромосомы ЛЩ являются акроцентрическими. Горячие точки рекомбинации были выявлены на хромосомах 10, 11, 13, 15 и 16, в то время как на Ми 14 наблюдается равномерное распределение хиазм. По результатам сравнения физического картирования центромеры и ВАС-клонов на Ми 14 с геномным сиквенсом был сделан вывод, что центромера находится в положении 15,1 млн.п.н. Был выяснен порядок расположения генных комплексов и повторяющихся последовательностей на ядрышкообразующей хромосоме 16 курицы: повтор CNM (центромерный район) – 18S-5,8S-28S рРНК (ЯОР) – гены главного комплекса гистосовместимости Y-кластер (MHC-Y) – повтор PO41 – гены главного комплекса гистосовместимости В-кластер MHC-B. В хромомерах, содержащих повтор PO41 на хромосоме 16, находится горячая точка рекомбинации Было проанализировано распределение 41-нуклеотидного тандемного повтора PO41 на маленьких Ми домашней курицы: хромосомы-ЛЩ, содержащие тандемный повтор РО41, имеют размер от 7,1 до 0,8 мкм, каждая несет 1-2 DAPI-позитивных хромомера предположительно прицентромерных, все биваленты имеют одну хиазму, в некоторых случаях ассоциированную с PO41-содержащими хромомерами. Самые маленькие хромосомы в фазе ЛЩ у курицы, предположительно хромосомы 37 и 38, имеют длину 1,3 и 1 мкм соответственно и состоят из двух хромомеров. Размер хромомеров на самых маленьких Ми совпадает с размером хромомеров Ма и составляет в среднем 1,7 млн.п.н.

Направление: Биология

Кафедра: Цитологии и Гистологии

Научный руководитель: Галкина С. А. , кандидат биологических наук

Дата защиты: 06-12-2011

Отзыв о магистранте: Александра ДАКС пришла в лабораторию структуры и функции хромосом кафедры цитологии и гистологии биолого-почвенного факультета СПбГУ в 2005 году, в конце 3 курса бакалавриата, и за это время освоила основные цитогенетические и молекулярно-биологические методы. Она владеет методами флуоресцентной микроскопии и современными программами анализа микроскопических изображений. Думаю, что в некоторых случаях, например при освоении метода микрохирургического выделения хромосом, требующего исключительного терпения, от Александры, обладающей непоседливым характером, потребовалась особенная концентрация внимания. В работе Саша проворна, и, главное, проявляет неподдельный живой интерес к проблеме исследования, быстро наращивая объем знаний, полученных на лекциях. Александра Дакс, как молодой исследователь, способна к самостоятельной и коллективной работе. Полученные ею результаты были представлены на международной конференции «Хромосома 2009» (Новосибирск, 2009; почетная грамота от имени организационного комитета), на школе молодых ученых (Пущино, 2009), вошли в статью «Polymorphic Heterochromatic Segments in Japanese Quail Microchromosomes», опубликованной в журнале Cytogenetics and Genome Research (2009); другая статья «Хромосомы-ламповые щетки японского перепела Coturnix coturnix japonica: новая версия цитогенетических карт», где Александра – первый автор, опубликована в журнале «Генетика» (2010). Исключительные дружелюбие и отзывчивость Александры делают ее очень приятным коллегой по работе, а также помогают ей заботиться о своей молодой семье и воспитывать маленькую дочку.

Рецензент: Сайфитдинова А. Ф., кандидат биологических наук

Рецензия: Магистерская диссертация А.А.Дакс посвящена решению проблем точной идентификации микрохромосом домашней курицы и соотнесению этих данных с результатами проекта секвенирования генома. Фундаментальное значение этого исследования состоит в получении данных для понимания принципов организации генома эукариот на примере одного из наиболее изученных модельных объектов. Название работы полностью соответствует ее содержанию. Диссертация построена по традиционному плану и содержит следующие разделы: список сокращений, введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты и обсуждение, выводы, а также список цитированной литературы из 240 источников, из которых 21 на русском языке. Текст изложен на 75 страницах, содержит 4 таблицы и 14 иллюстраций высокого качества. Вместе с тем, общее впечатление портят встречающиеся опечатки, несогласованные предложения, различия в использованных стилях и формате отдельных абзацев. Список сокращений достаточно полный, однако содержит не все введенные в тексте сокращения. Хотя и прослеживается стремление автора привести список цитированной литературы к единому стандарту, сделать это ей не удалось в полной мере – год публикации и название журнала частo оказываются не на своих местах, используются шрифты разных размеров, а также пропущена ссылка № 220. В работе использованы нижние сноски, занимающие на отдельных страницах до половины объема. Это ухудшает целостность восприятия текста, поскольку в них зачастую содержится существенная для понимания информация. Нумерация разделов главы 2.3. почему-то содержит и буквенные и цифровые обозначения. В иллюстрациях отдельные части обозначены строчными латинскими буквами, что само по себе не является недостатком, но в работе такой же тип обозначения введен для микрохромосом, что приводит к тому, что на одном и том же рисунке возникает сразу несколько разных объектов, обозначенных одинаково. Несмотря на превосходное качество микрофотографий хромосом, рисунок 14 трудно назвать удачным – буквы и схема значительно крупнее необходимого, а фотографии настолько мелкие, что трудно разобрать детали. Выбор темы исследования обоснован, цель работы полностью соответствует заявленной теме, использованы четкие формулировки при постановке задач. Обзор литературных данных основывается на значительном количестве источников и определяет место планируемых исследований в существующей системе знаний об организации кариотипа у птиц. В то же время, отдельные аспекты затрагиваются лишь поверхностно и оставляют читателя домысливать значение включенной в обзор информации. Так, например, в главе 1.1.2. рассказывается о разнообразии и числе хромосом в кариотипах, вскользь затрагивается проблема размера хромосом, но ничего не упоминается о голоцентрических хромосомах. Раздел 1.2.1 посвященный дифференциальному окрашиванию хромосом далеко не полный, о чем автор сама пишет на стр. 14. Экспериментальная часть работы опирается на значительное число методов современной молекулярной биологии и цитогенетики, однако разделу «Материалы и методы» автор явно уделил меньше внимания, чем следовало бы. Так, на стр. 31 можно прочитать, что «Специальные камеры представляют собой 4 отверстия…», на стр 32 – «для лизиса оболочек клеток или: клеточных оболочек…», причем в тексте речь идет о выделении BAC клонов из бактерий, а в описании метода мы не находим ничего, что действительно лизирует их стенки. Там же можно прочитать, что к пробам добавляют LiCl до 2,5 М, инкубируют на холоде, а потом осаждают ДНК спиртом – пропущен этап центрифугирования, что делает описание метода невоспроизводимым. На стр 34 при описании оценки качества включения меченых предшественников в состав зонда автор пишет, что для проведения иммунной реакции мембрану инкубируют «с раствором щелочной фосфатазы…», безусловно, имеются ввиду коньюгаты антител с щелочной фосфатазой, но при таком изложении неясно, понимает ли автор суть метода. Еще одна неточность допущена на стр 35 – автор пишет, что в этом эксперименте использовали гибридизационную смесь, содержащую 42% формамида, но в дальнейшем при описании метода указывает в качестве температуры денатурации 82оС. Если бы это действительно было так, то вряд ли удалось бы получить приведенные в главе замечательные результаты этого эксперимента. Результаты и обсуждение объединены в одну главу и это представляется абсолютно оправданным. Эта глава производит впечатление наиболее проработанной и не вызывает нареканий по оформлению. Результаты работы хорошо проиллюстрированы своими данными, которые сразу соотносятся с имеющимися результатами других исследований. Существенно также, что в ходе исследования был разработан и применен алгоритм цитогенетического анализа микрохромосом курицы, который может лечь в основу подходов для исследования хромосом малых размеров представителей других видов. Хотелось бы также услышать ответ на следующие вопросы, касающиеся экспериментальной части исследования: 1. Что известно об особенностях организации ядрышкообразующих хромосом у представителей других видов птиц? 2. Можно ли сделать на основе полученных данных выводы о степени деконденсации хроматина микрохромосом ламповых щеток, по сравнению с хромосомами в митозе? Представленная А.А.Дакс работа «Микрохромосомы в фазе ламповых щеток в кариотипе домашней курицы: цитогенетический анализ» полностью удовлетворяет требованиям, предъявляемым к магистерским диссертациям, и заслуживает отличной оценки. Общая оценка, рассчитанная на основании критериев оценки выпускных квалификационных работ – отлично.

Оценка: 5

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017