АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Васильев Роман Вячеславович

Квалификационная работа магистра: "Изучение роли генов, вовлеченных в метаболизм цитокининов, у линии редиса со спонтанным опухолеобразованием"

Аннотация: Работа посвящена исследованию роли генов семейств IPT, LOG и CKX в формировании опухолей у линий редиса из генетической коллекции кафедры генетики и селекции СПбГУ. Предполагается, что формирование опухолей на корнеплоде редиса обусловлено увеличением уровня активных форм цитокининов в тканях корнеплода при переходе растний к цветению. Причиной такого повышения уровня активных цитокининов при опухолеобразовании может быть изменения на одном из этапов метаболизма цитокининов, а именно на этапе активации биосинтеза цитокинина, усиления образования активных форм из неактивных конъюгатов, а также снижением уровня катаболизма фитогормона. Ферменты, кодируемые генным семейством IPT, катализируют первый этап пути биосинтеза цитокининов. Продукты генов семейства LOG контролируют образование активных форм цитокининов из конъюгатов. Ферменты, кодируемые генным семейством CKX, ответственны за деградацию активных форм цитокининов. Задачи исследования включают идентификацию генов семейств IPT, LOG и CKX у редиса и анализ их экспрессии при опухолеобразовании. Нами осуществлена идентификация генов семейств IPT (IPT1, IPT3, IPT5, IPT7), LOG (LOG1, LOG3, LOG4, LOG5, LOG7, LOG8) и CKX(CKX1, CKX6) у редиса на основании известных последовательностей для Arabidopsis thaliana и Brassica sp. Мы провели сравнительный количественный анализ экспрессии генов IPT, LOG и CKX у опухолевой и безопухолевой линий редиса в тканях различных органов на различных стадиях развития, а также проанализировали изменение уровня экспрессии вышеперечисленных генов в ответ на воздействие экзогенного цитокинина. По результатам исследований мы предложили схему работы генов, вовлеченных в метаболизм цитокинина, при индукции опухолевого роста. Так, усиление экспрессии гена IPT1,в корнях и корнеплодах на стадии розетки, вероятно, возможной причиной усиления биосинтеза цитокининов. В предложенной модели мы отводим ключевую роль в индукции опухолеобразования у растений линии 19 генам семейства LOG (LOG3, LOG4 и LOG5), обуславливающим образование активных форм цитокининов, усилении экспрессии которых мы наблюдали в корнях и корнеплодах опухолевой линии, в отличие от безопухолевой линии. Кроме того, мы выявили, что в тканях гипокотилей и корней проростков экспрессия генов IPT1, CKX1 у обеих линий, взятых в анализ, а также CKX6 у опухолеобразующей линии 19, активируется экзогенным цитокинином, что указывает на существование обратных связей в регуляции метаболизма этого гормона.

Направление: Биология

Кафедра: Генетики и Селекции

Научный руководитель: Осипова М. А. , кандидат биологических наук

Дата защиты: 14-06-2012

Отзыв о магистранте: Васильев Роман Вячеславович приступил к работе на кафедре генетики в лаборатории генной и клеточной инженерии растений в 2010 году при поступлении в магистратуру кафедры генетики и селекции Санкт-Петербургского государственного университета. Его предыдущее исследование, успешно защищенное им в виде квалификационной работы бакалавра, было посвящено изучению наследования генов фотопериодизма у льна, и выполнено в ВИР. Магистерская диссертация Васильева Романа Вячеславовича посвящена изучению экспрессии генов, вовлеченных в метаболизм цитокинина, в опухолеобразовании у редиса. В задачи работы Романа входила идентификация основных генов, вовлеченных в метаболизм цитокинина, у редиса, и анализ их экспрессии на различных стадиях развития у опухолеобразующей линии. Роман успешно справился с поставленными задачами работы. В ходе выполнения исследования Роман Вячеславович освоил основные молекулярно-генетические методы, в том числе методы выделения целевых фрагментов ДНК и РНК, их клонирование и анализ, методы анализа экспрессии генов. Романом проведена большая работа по клонированию фрагментов изучаемых генов у редиса и анализу из экспрессии, такая работа требовала от него усидчивости и терпения. Романа отличает тщательное планирование работы в лаборатории и аккуратность в ее исполнении. В процессе работы Роман Вячеславович проявил себя как аккуратный, очень методичный и удачливый исследователь. Полученные Романом результаты были представлены им на XV международной Пущинской школе-конференции молодых учёных «Биология — наука XXI века», проходившей в г. Пущино с 18 по 22 апреля 2011 года.

Рецензент: Ильина Е. Л., кандидат биологических наук

Рецензия: Выяснение механизмов опухолеобразования у инбредных линии из генетической коллекции редиса БиНИИ уже в течение нескольких десятков лет является важной фундаментальной задачей исследований, проводимых на кафедре генетики и селекции. Магистерская диссертация Романа Вячеславовича является логическим продолжением этих работ. Из работ коллектива лаборатории, в которой выполнялась диссертационная работа, известно, что фитогормон цитокинин имеет значительное влияние роль на процесс опухолеобразования у редиса. Было выдвинуто предположение о том, что повышение концентрации этого гормона в тканях корнеплода является стимулирующим фактором для запуска формирования опухолей. Оставалось неизвестным, изменения какого этапа метаболизма цитокининов обуславливают накопление активных форм цитокинина у опухолевых линий. Целью настоящей работы является выявление взаимосвязи изменения уровня экспрессии отдельных генов, контролирующих метаболизм цитокинина, с опухолеобразованием. С этой целью Романом Вячеславовичем был проведен сравнительный анализ экспрессии генов семейств IPT (контролируют образование первичных продуктов биосинтеза цитокинина), LOG (контролируют образование активных форм из рибозидов) и генов CKX (опосредуют инактивацию цитокинина) у опухолевой и безопухолевой линий редиса. В качестве объектов исследования автор выбирает традиционные для исследований линии 19 и 30, контрастно различающиеся по признаку «опухолеобразование», но имеющие общее происхождение. Диссертационная работа Романа Вячеславовича представляет собой труд, изложенный на 139 страницах, содержащий 34 рисунка и 15 таблиц. Работа включает в себя введение, отдельную главу, содержащую цель и задачи, обзор литературы, описание материала и методов исследования, полученные результаты и их обсуждение, выводы, список литературы и приложение. Список литературы включает 98 источников, из них – 86 на иностранном языке. Имеются замечания уже по структуре диссертации. Так, в содержании работы приведены номера страниц только главных разделов, но не подразделов, что затрудняет работу с диссертацией. Раздел 2 сформулирован как «цели и задачи», хотя цель у работы должна быть одна. В содержании не обозначено Приложение. Во «Введении» автор сообщает об актуальности проблемы, выбранной им для исследования: метаболизма цитокининов в связи с опухолеобразованием у инбредных линий редиса. В отдельной главе сформулированы цель и задачи работы. К этому разделу есть ряд вопросов и замечаний: 1.При описании генов, вовлечённых в метаболизм цитокининов, полностью отсутствуют ссылки на источники литературы. 2. Автор пишет о повышенном содержании цитокининов у опухолевых линий, ссылаясь на статью Ильиной с соавторами 2006 года. Но в этой статье нет таких данных. 3. В первой задаче указано, что для достижения цели работы необходимо идентифицировать и секвенировать фрагменты генов интереса. Не совсем понятно, возможна ли идентификация без секвенирования? 4. Возникает вопрос по корректности употребления термина «анализ» как синонима термина «изучение». «Обзор литературы» делится на четыре основных подраздела, к сожалению, с нарушенной нумерацией. В обзоре подробно рассматриваются данные, касающиеся различных уровней контроля пролиферации клеток, организации и функционирования меристем, метаболизма цитокининов. Отдельной по смыслу главой обзора является подраздел 4, посвящённый количественному анализу экспрессии генов. Несмотря на достаточно полное изложение различных аспектов опухолеобразования, обзор литературы производит впечатление неверно поставленных акцентов. Всё-таки в работе рассматриваются гены, контролирующие метаболизм цитокининов, в связи с опухолеобразованием, а приведённые данные по контролю митотического цикла, структурной организации и функционированию апикальных меристем представляются если не совсем уместными, то избыточными. Изложенный материал содержит ряд повторов и многочисленные кальки с английского. К этому разделу имеется ряд замечаний. Прежде всего, хочется отметить некоторые неточности в терминологии, встречающиеся в тексте «Обзора литературы». 1. Так, в тексте встречаются два термина – деление клетки и пролиферация. Хотелось бы узнать, как автор различает эти термины? 2.На стр. 7 автор отмечает, что клеточный цикл в норме начинается с фазы синтеза ДНК, а чуть ниже – что с G1 фазы. 3. На стр. 15 отмечено, что «клетки организующего центра побуждают к активным делениям прилежащие стволовые клетки», но не приведено ссылки на статью, в которой излагаются столь необычные данные. 4. На стр. 18 приведены данные об организации апикальной меристемы корня. Некоторое недоумение вызвала терминология, являющаяся дословным переводом с английского и отличающаяся от традиционной терминологии, принятой в России. Так, покровную ткань корня называют ризодермой, а не эпидермой. При описании апикальной меристемы корня корректнее пользоваться терминами покоящийся центр и инициали рядов клеток, а не организующий центр и стволовые клетки. Не совсем понятно, что понимается под проксимальной меристемой корня и каковы критерии её выделения? 5. Замечание к этому же разделу – при описании строения апикальной меристемы корня дана ссылка на работу Jiang и Feldman 2005 года. Возможно, были бы корректнее сослаться на работы В.Б. Иванова 1984 или 1987 годов, если же имелся в виду корень арабидопсиса – то на работу Dolan 1993 года. 6. При описании множества аспектов, связанных со структурой, открытием и метаболизмом цитокининов в тексте приведено исчезающе мало ссылок, а текст по содержанию перекрывается с текстом учебника «Генетика развития растений». Хочется узнать, как автор работал с литературой по данной проблеме? Только две ссылки приведены на весь раздел «Количественный анализ экспрессии генов» 7. Обнаружены ошибки при цитировании в подписях к рисункам. Так, на Рис. 1 (стр.24) приведены гистограммы из магистерской диссертации Ильиной 2008 года, но ссылка отсутствует. На Рис.3 (стр. 25) приведена реакция опухолевой линии редиса (не указано, какой) на экзогенный цитокинин БАП, при это цитируется работа Бузовкиной с соавторами 1993, а фотография относится к бакалаврской работе Ильиной, 2006. В разделе «Материалы и методы» приведено относительно краткое описание экспериментальных процедур и постановки эксперимента. Корректность выбора методик и их адекватность поставленным задачам не вызывают сомнения. К сожалению, лишь отдельные методы описаны достаточно полно (постановка и программы ПЦР, последовательности праймеров, выделение РНК). Другие методики описаны кратко и довольно небрежно, подробности опущены; химические формулы приведены без нижнего индекса, о значении аббревиатуры MS+10-6M БАП можно только догадываться. Ряд выражений относится к лабораторному сленгу. В пункте 3.11 приведён пошаговый протокол трансформации клеток E. coli, в котором все глаголы употребляются в повелительном наклонении (разморозить, добавить…). Раздел «Результаты» состоит из двух основных разделов. В первом разделе, отражающем первую задачу работы, автором был идентифицирован ряд генов, относящихся к семействам IPT, LOG, CKX у редиса на основании сходства последовательностями близкородственных видов − арабидописиса и капусты. Особая сложность в решении этой задачи состояла в том, что эти семейства включают многочисленные паралоги со сходными последовательностями, что требовало от автора тщательного подбора праймеров к таким участкам генов, которые с одной стороны, были бы достаточно консервативными для амплификации интересующего гена у другого объекта, и в тоже время, достаточно уникальными для специфичной амплификации конкретного паралога из целого семейства последовательностей. И автору удалось справиться с этой задачей, что уже само по себе является важным достижением его работы. Небезынтересно, что Роману также удалось найти в геноме редиса два варианта последовательностей гена, ортологичного IPT3 капусты и арабидопсиса, и кроме того, выявить наличие варианта гена LOG1, содержащего вставку, у линии 30, отсутствующего у линии 19. При прочтении этого раздела работы становится ясным, что была проведена серьёзная и кропотливая работа, а выявленные последовательности, несомненно, могут быть использованы в дальнейшей работе коллектива лаборатории. При изучении экспрессии были получены интересные, хотя (по мнению рецензента) и труднообъяснимые данные о повышенном уровне экспрессии генов IPT и LOG, повышающих уровень цитокининов, у безопухолевой линии 30, а генов цитокинин- оксидазы, понижающей уровень цитокининов – у опухолевой линии 19. В третьем разделе решается одна из поставленных задач работы по изучению влияния цитокинина на экспрессию изучаемых генов. При прочтении этого раздела у рецензента возникли некоторые вопросы и замечания: 1. На стр. 46 указано, что для каждого гена интереса были проанализированы базы данных. Возникает вопрос – неужели по каждому гену есть своя база данных? 2. В разделе «Материалы и методы» приведены последовательности праймеров, использованных в работе. Возникает вопрос, какие последовательности праймеров показаны в Таблицах 11, 12, 13 и как они соотносятся с предыдущими? 3. Не совсем понятно, фрагменты каких генов клонировали из геномной ДНК и какие – из кДНК. 4. Представляются не совсем удачной формулировка подписи к рисункам «фото электрофореза». Возникает вопрос – где на гелях находятся положительный и отрицательный контроли и что использовали в качестве них? 5. Отсутствует расшифровка сокращений при подписях к рисунку 11 и последующим. Остаётся догадываться, что такое «К, ГК, КП» и прочее. 6. Рекомендуется избегать употребления выражений, таких как «редисовые и капустные последовательности». В разделе «Обсуждение» полученные данные достаточно полно и обстоятельно рассматриваются и сопоставляются с имеющимися в литературе данными по этой тематике. Полученные результаты позволили автору предположить, что у опухолевой линии 19 формирование опухолей может быть связано с усиление работы генов семейства LOG, опосредующих образование активных форм цитокининов. Привлечение к анализу других опухолевых линий позволило бы судить о том, насколько схожи конкретные причины накопления цитокинина у разных опухолевых линий редиса. Выводы соответствуют поставленным задачам.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017