АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Игнатова Валентина Витальевна

Квалификационная работа магистра: "Выявление факторов, влияющих на экспрессию гена CUP1 на уровне трансляции в дрожжах Saccharomyces cerevisiae"

Аннотация: До недавнего времени было принято считать, что основная роль в регуляции экспрессии генов принадлежит транскрипционной активности генов, тогда как регуляция трансляции на разных уровнях рассматривалась лишь как дополнительный этап в коррекции баланса разнообразных белков в меняющихся условиях внеклеточной и внутриклеточной среды. За последнее время накопилось достаточно фактов, свидетельствующих о решающем вкладе посттранскрипционной регуляции, особенно у эукариот. В значительной мере регуляция биосинтеза белков на уровне трансляции в живых клетках определяется эффективностью инициации трансляции соответствующих мРНК, вместе с тем в настоящее время критерии, позволяющие определять функциональную активность лидерной последовательности, исследованы недостаточно. Несколько лет назад в нашей лаборатории был описан феномен регуляции экспрессии генов, находящихся под контролем промотора CUP1, на посттранскипционном уровне, однако механизм регуляции экспрессии этих генов так и не был объяснен. Настоящая работа направлена на выявление факторов, влияющих на экспрессии генов под контролем промотора CUP1 на уровне трансляции в клетках дрожжей S. cerevisiae. Для этого нами были применены ряд репортерных систем, позволяющих проводить количественную оценку транскрипции и трансляции. В том числе, была создана система для качественного и количественного анализа влияния различных факторов на эффективность трансляции мРНК, несущей 5’-НТО CUP1, позволяющая оценивать продукцию белка в нативной изоформе в пересчете на одну клетку. В ходе исследований были протестирована гипотеза о роли сверхпродукции некодирующей РНК RUF5 и антисмысловой к ней последовательности в регуляции экспрессии генов CUP1. Кроме того, было изучено влияние особенностей нуклеотидной последовательности 5’-НТО CUP1 на эффективность трансляции несущей ее мРНК. Полученные результаты имеют фундаментальное значение для понимания феномена посттранскрипционной регуляции экспрессии генов у эукариот, а также могут найти применение в биотехнологии для продукции рекомбинантных эукариотрических белков.

Направление: Биология

Кафедра: Генетики и Селекции

Научный руководитель: Сайфитдинова Алсу Фаритовна , кандидат биологических наук

Дата защиты: 14-06-2012

Отзыв о магистранте: Игнатова Валентина Витальевна поступила на вечернее отделение Биолого-почвенного факультета Санкт-Петербургского государственного университета в 2005 году. В середине второго курса она присоединилась к исследовательской работе и, начиная с третьего курса, Валентина Витальевна работала лаборантом-исследователем в лаборатории генетики животных. С 2010 года В.В.Игнатова принимает участие в выполнении научно-исследовательских работ в качестве техника-проектировщика кафедры генетики и селекции Биолого-почвенного факультета СПбГУ. Она стала полноправным соавтором статьи Saifitdinova AF, Nizhnikov AA, Lada AG, Rubel AA, Magomedova ZM, Ignatova VV, Inge-Vechtomov SG, Galkin AP. [NSI+]: a novel non-Mendelian nonsense suppressor determinant in Saccharomyces cerevisiae // Current Genetics, 2010, V.56, №5, P.467-478. Валентину Витальевну отличает целеустремленность, высокая мотивация и нацеленность на результат. С первых дней работы в лаборатории В.В.Игнатова продемонстрировала незаурядное трудолюбие и способность к обучению - в короткий срок она освоила основные молекулярно-биологические, биохимические и цитологические методы, применяемые в лаборатории. Помимо успешного освоения основных курсов образовательных программ СПбГУ, за время учебы В.В.Игнатова расширила свое образование за счет дополнительных программ летних и зимних школ для студентов: школа для молодых ученых «Биоинформатика и системная биология», 2010г, Новосибирск; «Undergraduate Research Program at Cold Spring Harbor Laboratory», 2011г, США; 16-я зимняя школа «Building Blocks of Life: From Biomaterials to Living Organisms», Финляндия. Совместив владение методами с интересом к проблеме регуляции трансляции у эукариотических организмов, В.В.Игнатова создала прекрасный задел для развития прикладного направления в рамках тематики лаборатории. Результаты исследований В.В.Игнатовой были с успехом представлены на международных и всероссийских научных конференциях и получили поддержку в виде гранта Правительства Санкт-Петербурга. В коллективе Валентина Витальевна проявляет себя как доброжелательный, коммуникабельный человек, способный не только к самостоятельной работе, но и к работе в группе. Важной особенностью является её готовность всегда прийти на помощь коллегам.

Рецензент: Задорский С. П., кандидат биологических наук

Рецензия: Магистерская диссертация Игнатовой Валентины Витальевны “Выявление факторов, влияющих на экспрессию гена CUP1 на уровне трансляции в дрожжах Saccharomyces cerevisiae” представлена на 64 страницах машинописного текста и состоит из традиционных для подобных работ разделов “Список используемых сокращений”, ”Введение”, ”Обзор литературы”, Материалы и методы»,”Результаты и обсуждение”, «Заключение», ”Выводы”, ”Список литературы”, ”Благодарности”. Во введении автор знакомит читателя с общими проблемами изучения регуляции экспрессии эукариотических генов на посттранскрипционном уровне, в конце введения формулируются цель и конкретные задачи работы. В целом цель и задачи работы соответствуют ее содержанию, однако следовало бы более четко сформулировать задачи 2 и 3 (в обоих случаях не совсем ясно, эффективность трансляции какой мРНК имеется в виду). Обзор литературы изложен на 16 страницах и является логичным продолжением раздела “Введение”. В обзоре литературы автор уже более подробно знакомит читателя с различными способами регуляции экспрессии генов на посттранскрипционном уровне, в т. ч. на уровне трансляции. Автору удалось достаточно кратко, но емко описать возможные механизмы такой регуляции на различных уровнях. В целом раздел написан грамотно и логично, автор демонстрирует широкий научный кругозор и хорошее владение достаточно обширной информацией по теме исследования. К данному разделу имеются небольшие замечания. В тексте, ссылающемся на рис. 1, по-видимому, перепутаны обозначения В, C и D, что создает лишние трудности в понимании. Кроме того, слишком скудны комментарии в тексте к рис. 2 и 3, изображающим механизмы репрессии транскрипции за счет некодирующих тРНК, вследствие чего механизмы такой регуляции не совсем понятны для читателя, не являющегося специалистом в этой области. Раздел “Материалы и методы изложен на 17 страницах и отражает большое число методов, освоенных автором и примененных в данной работе, и большой объем работы. В частности, в ходе работы автором получено не менее 10 плазмид, содержащих репортерные гены под контролем различных модифицированных вариантов промоторов CUP1 и GPD. В целом использованные в работе материалы и методы описаны грамотно и понятно, хорошо иллюстрированы, однако имеются небольшие замечания и вопросы. Не указана концентрация ионов меди, добавляемая в среду при определении активности белка Pho3, хотя при использовании промотора CUP1 и его производных это немаловажно. Первое упоминание о концентрации “меди” (непонятно, какая именно соль меди используется) встречается в самом конце главы “Результаты”, там она составляет 400 мкМ. В связи с этим возникает вопрос, почему использовали такую высокую концентрацию, которая явно должна вызывать сильный стресс у дрожжей, а у некоторых штаммов и вовсе может быть сублетальной? Раздел “Результаты” изложен на 12 страницах и, так же как “Материалы и методы”, отражает большой объем экспериментальной работы, выполненной автором с применением большого арсенала разнообразных методов. Автором получены интересные результаты, имеющие важное значение для понимания посттранскрипционной регуляции экспрессии гена CUP1 и потенциально могущих иметь практическое значение для биотехнологии. К данному разделу имеется наибольшее количество вопросов и замечаний, основными из которых являются следующие: 1) при представлении данных по определению удельной активности Pho3 (табл. 9, 14, 15) не указаны доверительные интервалы. На соответствующих диаграммах (рис.14, 19, 20) из подписей неясно, что означают жирные горизонтальные линии, прямоугольники, вертикальные пунктирные линии. Рецензенту приходится самостоятельно догадываться, что, скорее всего, это средние значения, разброс реальных значений и доверительные интервалы (так ли это?). Более того, при сравнении удельной активности Pho3 в случае конструкций PCUP1-PHO3 и PCUP1-CUPUTR-PHO3, если верить рис.19, различия недостоверны, в то же время автор пишет: “На основе статистического анализа мы можем заключить, что произошло снижение уровня продукции белка до 85% от нормы при модификации промотора CUP1”. По мнению рецензента, при увеличении числа повторностей в контрольном варианте можно было бы рассчитывать на достоверность различий, а пока вывод из результатов должен быть менее категоричным. В то же время вывод о влиянии аналогичной модификации промотора GPD на активность Pho3 сомнений не вызывает. 2) чем можно объяснить явную неоднородность результатов и больший разброс значений в случае использования конструкции FUR5? 3) изображенная на рис. 15 схема промоторной области CUP1 – результат только Вашего анализа (как это следует из текста работы) или что-то об организации этой области было известно и раньше? 4) В разделе 3.3.1. автор утверждает, что “при встраивании 5’-НТО CUP1 между промотором GPD и репортерным геном происходит … снижение количества мРНК”, тогда как, согласно табл. 11, различия с контрольным вариантом недостоверны. 5) При анализе влияния дополнительной 5’-НТО на продукцию репортерного белка методом Вестерн-блот гибридизации не представлены данные по повторностям и статистическая обработка, поэтому совершенно не понятно, насколько достоверны отличия. Глава “Обсуждение” представлена на 4 страницах и оставляет благоприятное впечатление. Автор квалифицированно и грамотно обсуждает полученные результаты, их фундаментальное и практическое значение. По материалам работы сделаны 4 вывода, соответствующие задачам и содержанию работы. В целом, несмотря на отдельные замечания, работа оставляет благоприятное впечатление. Магистерская диссертация написана грамотным научным языком, хорошо иллюстрирована, результаты представляют несомненный научный интерес. По мнению рецензента, магистерская диссертация В.В.Игнатовой заслуживает оценки “отлично”.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017