АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Курилов Роман Владимирович

Квалификационная работа магистра: " Идентификация генов, уровень экспрессии которых коррелирует с возрастом у Mus musculus и Homo sapiens"

Аннотация: Большое количество проведённых за последние годы микрочиповых (microarray) экспериментов показало наличие генов, уровень экспрессии которых значительно меняется с возрастом у модельных организмов и человека. Такое изменение активности (уменьшение или увеличение уровня экспрессии) может привести к нарушению клеточных функций, что в конечном итоге ухудшает специфические функции органов. Установление связи транскрипционных изменений, сопровождающих процесс старения с физиологическими и биохимическими изменениями остаётся интересной и до конца не решённой задачей. Мы провели мета-анализ экспрессионных профилей используя данные 37-ми микрочиповых экспериментов с тканями Mus musculus и 49-ти экспериментов с тканями Homo Sapiens отобранные из системы хранения микрочиповых данных ArrayExpress. Отобранные экспериментальные данные относились к здоровым организмам и содержали информацию об их возрастах. Для мета-анализа эксперименты для каждого вида были разделены по типам тканей и затем на группы по типам микрочипов. Проанализировано 13 групп для 7 тканей мыши (мозг, печень, мышечная ткань, почки, лёгкие, стволовые клетки, селезёнка) и 19 групп для 8 тканей человека (мозг, кровь, мышечная ткань, стволовые клетки, поджелудочная железа, фибробласты, лёгкие, почки). С помощью полиномиальной регрессии в каждой группе были определены гены, уровень экспрессии которых увеличивается или уменьшается с возрастом. Затем, проанализировав полученные списки генов для групп, соответствующих одной ткани у каждого организма, были выявлены группы генов, изменяющие активность с возрастом в определённой ткани. Полученные гены были функционально проаннотированы. Было обнаружено около ста генов, которые одинаково изменяют свою активность с возрастом в различных тканях у мыши и около семидесяти – у человека. Также для мозга, мышечной ткани, лёгких, почек и гемопоэтических стволовых клеток были определены и функционально проаннотированы группы генов, одинаково изменяющих экспрессию у обоих видов в этих тканях. Таким образом при анализе спектра возрастной измененчивости экспрессии генов у Mus musculus и Homo sapiens была обнаружена общая межтканевая компонента для каждого из видов по отдельности, а также общая эволюционно-консервативная тканеспецифичная компонента.

Направление: Биология

Кафедра: Генетики и Селекции

Научный руководитель: Мыльников С. В. , кандидат биологических наук

Дата защиты: 14-06-2012

Отзыв о магистранте: Роман Владимирович Курилов закончил бакалавриат физического факультета, где специализировался на кафедре молекулярной биофизики и изучал вторичную структуру ДНК-связывающих белков, Затем он поступил в магистратуру, где специализировался по генетике человека. Роман Владимирович проходил стажировку в группе функциональной геномики Европейского института биоинформатики, Эгот извилистый путь привел его к постановке задачи мета-анализа компьютерных баз данных, содержащих информацию об уровне экспресии десятков тысяч генов, При этом молодого исследователя больше всего интересовала проблема старения или, конкретнее, поиск генов старения, При выполнении этой работы Роман Владимирович применял все свои знания и умения, полученные в разное время в различных областях. Материалы, полученные в ходе выполнения магистерской диссертации, были представлены в виде стендового доклада на представительной международной конференции «Генетика старения и долголетия» проходившей 22-25 апреля в Москве. Роман Владимирович трудоспособен, целеустремлен и настойчив в достижении цели. Особенно хочется отметить такое его качество, как умение слушать и принимать критику. Считаю, что Роман Владимирович сложился как самостоятельный исследователь и достоин присуждения степени магистра биологии

Рецензент: Тарасов О. В.

Рецензия: Магистерская диссертация Романа Владимировича Курилова со второй же страницы оставляет двойственное впечатление. Будучи изложена на 44 страницах, она состоит из традиционных разделов Введение, Обзор литературы (прячущийся за заголовком «Глава 1. Сравнительный анализ экспрессии у различных видов и в различных тканях»), Материалы и методы, Результаты, Обсуждение, Выводы и Список литературы. К сожалению, с помощью оглавления читатель может лишь оценить содержание работы, но не найти нужный раздел, т.к. номера страниц в оглавлении не указаны. Введение и следующая за ним первая глава занимают двенадцать страниц. На взгляд рецензента, не имело смысла разделять эти две части работы, так как по сути они представляют собой логически единый обзор литературы. Как уже было сказано, он оставляет двоякое впечатление. С одной стороны, Роман Владимирович собрал довольно большой объем интересных данных по анализу связи старения с экспрессией различных групп генов у модельных организмов. С другой стороны, изложение этих данных не всегда связно, и читатель периодически задается вопросом, к какому же выводу автор хочет его подвести. В частности, рецензент испытал подобное недоумение, не найдя в конце ни Введения, ни первой главы формулировки целей и задач работы, и поэтому адресует Роману Владимировичу первый вопрос: не потрудится ли автор изложить их? Кроме того, к соответствующим разделам работы у рецензента возникло и еще несколько вопросов: 2. Что автор подразумевает под неоднократно упоминаемым «транскрипционным профилем старения» в отдельных органах и тканях? 3. Какие эксперименты с дрожжами автор имеет в виду, говоря на странице 6 о том, что «исследования в области старения начались преимущественно с экспериментов с дрожжами и беспозвоночными»? 4. На странице 12 упоминается исследование Сомеля с соавторами, в котором было показано влияние экспрессионных паттернов, наблюдаемых на стадиях развития человека и приматов, на экспрессионные паттерны при старении организма. Хотелось бы уточнить, идет ли в этом исследовании речь именно о влиянии паттернов друг на друга или же лишь о корреляции между ними? Помимо указанных выше логических нестыковок, чтение диссертации Романа Владимировича затрудняют некоторые особенности ее оформления. Во-первых, рецензент искренне желает автору пользоваться проверкой пунктуации в текстовом редакторе или же услугами знакомого корректора. Во-вторых, рецензент хотел бы напомнить, что ссылки на иллюстрации в тексте, а также подробные легенды к рисункам не наносят чрезмерного вреда лесам Карелии и Финляндии, но при этом значительно облегчают труд читателя. Это относится не только к рисункам и таблицам, цитируемым по чужим работам в обзоре литературы, но и к собственным иллюстрациям автора. Также хотелось бы предостеречь Романа Владимировича от излишнего увлечения англицизированным сленгом. Так, в русскоязычной литературе круглого червя Caenorhabditis elegans обычно упоминают по видовому названию, реже как «нематоду», но всё-таки не как просто представителя группы Vermes; рыба же семейства Иглобрюхие имеет название Tetraodon nigroviridis, или чернобрюхий тетраодон. Раздел «Материалы и методы» написан достаточно подробно, из него наконец-то становится понятен замысел работы: поиск генов, экспрессия которых повышается или, наоборот, понижается с возрастом у человека и домовой мыши. Для достижения этой цели Роман Владимирович использует метаанализ, т.е. объединение ранее полученных в разных работах данных в несколько более крупных наборов и дальнейший анализ этих выборок. Предлагаемые автором критерии отбора данных для метаанализа достаточно хороши, равно как и методы объединения их в единые выборки. Однако и к этой главе у рецензента имеется несколько замечаний. Так, по мнению рецензента, описание технологии ДНК-микрочипов было бы более уместным во введении или обзоре литературы, т.к. Роман Владимирович не занимался самостоятельно постановкой экспериментов с микрочипами. В то же время рецензенту хотел бы уточнить, почему использованное семейство регрессионных моделей основано на полиноме именно третьей степени, а не более низкого или, наоборот, высокого порядка? В главе Результаты Роман Владимирович подробно (иногда, по мнению рецензента, слишком подробно) описывает полученные им в ходе метаанализа данные. Раздел читается с интересом, хотя недостаточная его структурированность, преимущественное использование автором таблиц вместо диаграмм и не всегда подробные пояснения к иллюстрациям несколько затрудняют понимание. К этому разделу у рецензента возникли следующие вопросы: 1. Как можно объяснить небольшое число общих внутри отдельных тканей генов, уровень экспрессии которых коррелирует с возрастом, и почему у человека число таких генов меньше, чем у мыши (с. 26)? 2. Каким образом был выбран метод расчета коэффициента сходства между тканями (с. 30), и как следует трактовать получаемые значения этого коэффициента, приведенные в таблицах 8 и 9? 3. Данные таблицы 14 (количество ортологичных генов, одинаково изменяющих экспрессию с возрастом у мыши и человека) получены только по общим для каждой группы тканей генам или же по всем выявленным в метаанализе генам? Обсуждение результатов занимает 3 страницы. В этой главе автор делает довольно удачную попытку сравнить полученные им данные с литературными. Тем не менее, рецензент не совсем понял, чем использованный Романом Владимировичем подход отличался от предыдущих и чем обусловлены различия в функциональных группах генов, выявленных в данной работе и в более ранних исследованиях. Диссертация Романа Владимировича завершается тремя выводами. По мнению рецензента, первый из них полноценным выводом не является, к формулировке же двух других возражений нет. Досадно, что в работе отсутствует раздел «Благодарности». Список литературы содержит 47 наименований, из них 2 на русском языке. К сожалению, автор не включил в этот список работы, из которых были взяты данные для метаанализа (пусть и через базу данных). Как было сказано в самом начале рецензии, диссертация Романа Владимировича оставляет двойственное впечатление. Автор явно поставил перед собой интересную задачу, для решения которой он смог проанализировать большой массив литературных данных, подобрать методы, получить и трактовать результаты. К сожалению, Роману Владимировичу не удалось столь же эффективно разобраться со второй проблемой, стоящей перед будущими магистрами биологии – при помощи научного руководителя качественно, понятно и грамотно изложить и оформить полученные результаты. В связи с этим, по мнению рецензента, магистерская диссертация Романа Владимировича Курилова заслуживает оценки «хорошо».

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017