АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Борисов Ярослав Геннадьевич

Квалификационная работа магистра: "Аннотирование de novo секвенированного генома цианобактерии Prochlorothrix hollandica PCC9006 и филогенетический анализ маркерных генов"

Аннотация: Анализ структуры генома способствует выяснению эволюционных связей между живыми организмами. Prochlorothrix hollandica – одна из редких и малоизученных цианобактерий, содержащая два типа хлорофилла (a и b). Работа посвящена анализу впервые секвенированного генома P. hollandica штамм PCC9006. При ее выполнении решены следующие задачи: автоматическое аннотирование; отсев последовательностей, принадлежащих чужеродной ДНК; ручное курирование автоматической аннотации с отбором референс-генов; построение филогенетических деревьев для избранных генов. В результате пиросеквенирования получено 6454 контигов общей длиной 9520124 п.н. Автоматическая аннотация выполнена на базе Института Геномных Исследований (Медицинский колледж университета штата Мэрилэнд, США). Согласно ей, 3900 контигов длиной свыше 500 п.н. содержат последовательности тРНК (93), рРНК (9) и белка (13553). Для белков функции определены в 6266 случаях. Поиски гомологов гена 16S рРНК проводили в программе Standalone blast. Помимо гена 16S рРНК P. hollandica PCC9006 (99% гомологии) обнаружены гены 16S рРНК бактерий из пор. Burkholderiales (79% сходства) и Rhizobiales (81% сходства), входящих в состав консорциума с P. hollandica PCC9006. Отсев контаминирующих последовательностей проводили методом blast search, что в остатке дало 2241 контигов суммарным размером 3203392 п.н., депонированных в базе данных NCBI (код доступа AJTX00000000). Для филогенетического анализа отобрано 116 полноразмерных белков,15 из которых использовано для филогенетического анализа (5 рибосомных белков - RplD, RpmB, RpsO, RpsT и RpsU; 7 белков фотосинтетического аппарата - PsaD, PsbI, PsbL, PsbU, ChlB, CytA (PetJ) и FedA; 3 белка домашнего хозяйства - SufC, SodB и Tsf). При построении дендрограмм использован 31 штамм цианобактерий с ранее секвенированными геномами; выравнивание последовательностей проводили с помощью программы clustalX и пакета программ Mega 2.1 методом присоединения соседей. Совокупный анализ 15 дендрограмм показал, что P. hollandica PCC9006 преимущественно кластеризуется с группой штаммов Synechococcus elongatus 6301 и S. elongatus 7942, что свидетельствует об общем эволюционном происхождении этих объектов и их близком родстве.

Направление: Биология

Кафедра: Микробиологии

Научный руководитель: Иваникова Н. В.

Дата защиты: 18-06-2012

Отзыв о магистранте: Борисов Ярослав Геннадьевич приступил к выполнению выпускной квалификационной работы магистра в мае 2011 года. За короткий период времени Ярослав Геннадьевич успешно освоил несколько современных биоинформатических методов. В ходе выполнения работы возникла необходимость командировки в американский Институт Геномных исследований при университете штата Мэрилэнд в Балтиморе для обучения основным принципам и подходам геномного анализа. Ярослав Геннадьевич успешно справился с данной задачей. В ходе командировки была произведена автоматическая аннотация генома Prochlorothrix hollandica PCC 9006, секвенированного ранее в рамках проекта «Научные Школы» 2010-2011. Полученные данные были использованы для дальнейшего анализа генома, в частности, для удаления из генома последовательностей ДНК сопутствующих бактерий. Отсев контаминирующей ДНК – работа достаточно однообразная, и можно сказать рутинная. На выполнение данной задачи была потрачена значительная часть времени, но выполнена она была добросовестно и аккуратно. В результате отсева был получен набор контиг P. hollandica 9006, и стало возможно депонирование генома в GenBank. Следующим и последним этапом работы стало построение дендрограмм по выбранным генам, с чем магистрант также успешно справился. Оценивая работу Ярослава Геннадьевича над его диссертацией, можно сказать следующее, он сделал более-менее все, что должен был, но не все, что мог бы. Видимо помешала недостаточная организованность студента, недостаток умения систематически работать. Тем не менее, он стал квалифицированным специалистом, способным решать задачи современной биологии и безусловно заслуживает присуждения ему ученой степени магистра биологии.

Рецензент: Андронов Е. Е., кандидат биологических наук

Рецензия: Представленная на рецензию работа призвана восполнить существенный пробел в секвенировании цианобактерий, а именно фактическое отсутствие в базах данных геномов микроорганизмов рода Prochlorothrix. Перед автором диссертации стояла задача по анализу данных геномного секвенирования штамма Prochlorothrix hollandica PCC 9006, осуществленного ранее на кафедре микробиологии СПбГУ с использованием геномного секвенатора GS FLX System (центр биоинженерии РАН). Объём данной работы не следует недооценивать, так как в соответствии с мировой практикой, работы по сборке и аннотации геномов представляют собой наиболее сложную, затратную и длительную часть исследования. Кроме того, следует учесть, что в СПбГУ до самого последнего времени фактически отсутствовали учебные программы, посвящённые практической геномике. Учитывая всё сказанное можно определённо сказать, что ценность данной работы, представленной на рецензию весьма велика. Она заключается в том, что диссертант самостоятельно и в весьма большой степени освоил совершенно новую область научных исследований. Работа проделана большая и очевидно, весьма трудоёмкая. Сложность проведённого исследования помимо прочего в присутствии большого числа нуклеотидных последовательностей, принадлежащих сопутствующим организмам и неполного покрытия целого генома. По ходу выполнения диссертационной работы помимо аннотирования Автору пришлось тщательно отсеять контиги, не принадлежащие штамму Prochlorothrix hollandica PCC 9006, что само по себе является нетривиальной задачей, так как референсные геномы микроорганизмов данного рода отсутствуют в базах данных. Дальнейшая работа, связанная с отбором референсных генов для проведения филогенетического анализа, поиск их гомологов в нескольких десятках геномов цианобактерий и построение дендрограмм заключает в себе, очевидно, не меньший объём работы, который могут вполне оценить только те исследователи, которые практически осуществляли подобные исследования. В результате получилась весьма компактная по размеру, но немалая по содержанию и приложенному труду работа, которая, очевидно, не могла обойтись без недостатков — их здесь не мало. Но в данной рецензии мне хотелось бы на них не останавливаться, а обратить внимание на расширение исследований в будущем, которое может быть связано со следующим обстоятельством. Автор в настоящем исследовании ограничился построением дендрограмм по 15-ти цианобактериальным генам. Следует отметить, что одно из возможных направлений дальнейших исследований может быть связано с сопоставлением топологии полученных деревьев. В соответствии с общепринятым взглядом на молекулярную эволюцию микроорганизмов, расхождения в топологии деревьев, построенных по нуклеотидным последовательностям различных генов, могут объясняться только горизонтальным переносом генетического материала в ходе эволюции. Таким образом, сравнительный анализ топологии деревьев может способствовать пониманию значения горизонтального переноса в эволюции цианобактерий. Для этого стоит построить «супердерево», где элементами будут не нуклеотидные последовательности генов, а сами деревья, при этом в матрице попарных расстояний будут записаны меры топологического сходства между ними. Автора отделяет от такого исследования совсем небольшая часть работы. Завершая рецензию, пожелаю Автору продолжить взятый курс на освоение такой непростой и такой востребованной отрасли биологии. Представленная на рецензию работа, несмотря на все возможные замечания, несомненно, заслуживает отличной оценки.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017