АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Дефорж Евгений Валерьевич

Квалификационная работа магистра: "Особенности нуклеазной фрагментации и экстрагируемости из клеточных ядер хроматина кодирующих областей дерепрессированных генов"

Аннотация: Несмотря на развитие знаний о структуре нуклеосом механизмы обратимого перехода хроматина в активную конформацию, обеспечивающую реализацию матричных функций ДНК, остаются не выясненными. Для регистрации изменений в ДНК-гистоновых взаимодействиях, на которых основана динамика нуклеосомной структуры, широко используется анализ доступности ДНК в составе различных форм хроматина к нуклеазному перевариванию. В представленной работе приводятся данные по фрагментации хроматина кодирующей области гена trp-диоксигеназы (tо) в активном, активированном (компетентном к транскрипции) и репрессированном состояниях тремя нуклеазами - ДНКазой I, ДНКазой II и микрококковой нуклеазой (МНазой). Использовали кратковременную обработку ферментами при насыщающей концентрации, когда нуклеазные разрывы ДНК реализуются практически во всех потенциально доступных сайтах хроматина. Установлено, что в ядрах клеток печени крыс, где ген tо экспрессируется, ни одна из нуклеаз не продуцирует tо-ДНК с длиной моно- или олигонуклеосомных фрагментов, типичных для распада репрессированного хроматина. В компетентном состоянии до индукции транскрипции (первые 15 суток постнатального развития крыс) на всём протяжении кодирующей области tо (19000 п.н.) не обнаруживается сайтов, доступных для МНазы. Включение транскрипции (в печени взрослых крыс) приводит к появлению МНазочувствительных зон со случайным распределением, возможно, фланкирующих РНК-полимеразы. На обеих стадиях активации гена to ДНК его кодирующей области переваривается ДНКазой I до кислоторастворимых продуктов. Фрагментация to-ДНК ДНКазой II в ядрах клеток печени крыс соответствует характеру её фрагментации МНазой. Путём последовательной экстракции ядер печени крыс, обработанных МНазой, растворами низкой и средней ионной силы получены две фракции хроматина, обогащенные в высокой степени фрагментами гена tо (по данным дот- и блот-гибридизации): экстрагируемые растворами 0,04 М тетрапирофосфата натрия (S3) и 4 М мочевины (S4). В обеих фракциях не выявляется гистон Н1, коровые гистоны представлены в неэквимолярной пропорции. В S3 превалирует Н4, в S4 – Н3.

Направление: Биология

Кафедра: Биохимии

Научный руководитель: Прияткина Т. Н. , кандидат биологических наук

Дата защиты: 18-06-2012

Отзыв о магистранте: Е.В. Дефорж приступил к активной экспериментальной работе на кафедре биохимии в группе по исследованию структурно-функциональной организации хроматина в 2009 г. За это время он освоил препаративные и аналитические методы, необходимые в исследованиях хроматина, электрофоретического анализа белков и ДНК, гибридизации ДНК, иммунодетекции белков в составе хроматиновых фракций и др. Приобрёл навыки работы с рекомбинантными плазмидами и фрагментами индивидуальных генов. Евгений Валерьевич обладает ценными для экспериментатора данными: работает сосредоточенно, внимательно, аккуратно Легко осваивает новые методики, приборы, технологии. Евгений Валерьевич проявляет выраженный интерес к проблеме организации хроматина. На сегодняшний день он весьма эрудирован в различных аспектах этой проблемы (процессов ремоделирования нуклеосомной структуры, роли гистоновых модификаций, их распределения в различных формах хроматина, регуляции транскрипции и др.). Исходя из этих знаний может поставить конкретную задачу и наметить пути её экспериментального решения. Является соавтором в трёх публикациях (2-х статей и тезисов) по хроматиновой тематике. Е.В. Дефорж обладает всеми необходимыми качествами для самостоятельной, успешной научной работы по специальности биохимия и молекулярная биология.

Рецензент: Кабанов И. Н.

Рецензия: Магистерская диссертация Дефоржа Евгения Валерьевича посвящена изучению особенностей нуклеазной фрагментации и экстрагируемости из клеточных ядер хроматина кодирующих областей дерепрессированных генов. Название работы, данное автором, соответствует сущности исследования. Тема, выбранная автором, является актуальной. Несмотря на большое количество данных о структуре нуклеосом, механизмы обратного перехода хроматина в активную конформацию, обеспечивающие реализацию матричных функций ДНК, остаются невыясненными. Для регистрации изменений в ДНК-гистоновых взаимодействиях, на которых основана динамика нуклеосомной структуры, широко используется анализ доступности ДНК в составе различных форм хроматина к нуклеазному перевариванию. В представленной работе приводятся данные по фрагментации хроматина кодирующей области гена триптофан-диоксигеназы в активном, компетентном к транскрипции и репрессированном состояниях тремя нуклеазами – ДНКазой I, ДНКазой II и микрококковой нуклеазой (МНазой). Использовали кратковременную обработку ферментами при насыщающей концентрации, когда нуклеазные разрывы ДНК реализуются практически во всех потенциально доступных сайтах хроматина. Представленная работа изложена на 55 страницах и содержит все необходимые разделы: Список сокращений, Введение, Обзор литературы, Материалы и методы, Результаты, Обсуждение результатов, Выводы и Список литературы. Список литературы включает 110 источников. В качестве замечания по данному разделу стоит отметить малое количество статей последних пяти лет. Обзор литературы написан грамотно, интересно, автор хорошо владеет информацией по теме работы. Говорится о нуклеосомной организации хроматина, многокомпонентных белковых ансамблях, ремоделирующих нуклеосомную структуру хроматина. Подробно описываются АТФ-зависимые ремоделирующие комплексы, а также ремоделирующие комплексы, содержащие гистоновые ацетилтрансферазы. Разбираются проблемы, касающиеся организации хроматина кодирующих областей дерепрессированных генов, кроме того, освящаются методические приемы, используемые для получения фракции хроматина активных генов. В качестве замечаний можно отметить небольшое количество пунктуационных неточностей и опечаток, а также наличие в рисунках надписей на английском языке. В разделе Материалы и методы подробно описаны использованные в работе молекулярно-биологические методы. К этому разделу замечаний нет. Полученные в работе результаты соответствуют поставленным задачам исследования. Автором было установлено, что в ядрах клеток печени крыс, где ген триптофан-диоксигеназы (to) экспрессируется, ни одна из нуклеаз не продуцирует to-ДНК с длиной моно- или олигонуклеосомных фрагментов, типичных для распада репрессированного хроматина. В компетентном состоянии до индукции транскрипции на всем протяжении кодирующей области не обнаруживается сайтов, доступных для МНазы. Включение транскрипции приводит к появлению МНазочувствительных зон со случайным распределением, возможно, фланкирующих РНК-полимеразы. Фрагментация to-ДНК ДНК-азой II в ядрах печени крыс соответствует характеру ее фрагментации МНазой. На обеих стадиях активация гена to, ДНК его кодирующей области переваривается ДНКазой I до кислоторастворимых продуктов. Путем последовательной экстракции ядер печени крыс, обработанных МНазой, растворами низкой и средней ионной силы получены две фракции хроматина, обогащенные в высокой степени фрагментами гена to: экстрагируемые растворами 0,04 М тетрапирофосфата натрия (S3) и 4 М мочевины (S4). В обеих фракциях не выявляется гистон Н1, коровые гистоны представлены в неэквимолярнрой пропорции. В S3 превалирует Н4, в S4 – Н3. Небольшое пожелание: рисунок 8, где показана схема получения фракций фрагментов хроматина из ядер печени крыс, обработанных микрококковой нуклеазой, вероятно, было бы целесообразнее поместить в раздел Материалы и методы. По разделам Результаты и Обсуждение результатов мне хотелось бы задать автору несколько вопросов: данные результаты получены Вами впервые, или есть близкие работы с похожими выводами? Возможно ли практическое применение результатов Вашего исследования? Почему в гене to, компетентном к транскрипции, нета сайтов, узнаваемых МНазой, но есть сайты, распознаваемые ДНКазой I? Сделанные автором выводы соответствуют полученным результатом, изложены полно, но, вместе с тем, лаконично. В целом магистерская диссертация Дефоржа Евгения Валерьевича является актуальной, выполнена с использование большого количества молекулярно-биологических методов. Автору исследования удалось получить и проанализировать на высоком научном уровне интересные приоритетные данные. По моему мнению, работа Дефоржа Евгения Валерьевича соответствует всем предъявляемым требованиям и заслуживает оценки “отлично”.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017