АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Попугайло Андрей Георгиевич

Квалификационная работа магистра: "Выделение и характеристика антимикробных белков из яда гадюки обыкновенной (Vipera berus)"

Аннотация: Антимикробные белки и пептиды животного происхождения являются одной из самых тем современной иммунологии, которой посвящено огромное количество публикаций. На сегодняшний день описано свыше семи ста различных антимикробных белков и пептидов. Исследования этих веществ затрагивают широкий спектр областей, от фундаментальной биохимии до прикладной медицины. В данной работе мы исследовали антимикробные свойства яда гадюки Vipera berus и отдельных его компонентов по отношению микроорганизмам, традиционно использующимся в исследованиях антимикробных свойств белков и пептидов: L. monocytogenes и E. coli. Для получения антимикробных белков из яда змеи в высокоочищенном виде нами был использованы методы препаративного электрофореза и высокоэффективной жидкостной хроматографии. Для дальнейшей характеристики их физико-химических свойств были использованы методы электрофореза в денатурирующих условиях для определения молекулярной массы и электрофорез в кислой буферной системе в присутствии мочевины. Так же, полученные белки были исследованы на предмет наличия углеводного компонента в составе молекул и способности производить гидролиз фосфолипидов. Антимикробные свойства полученных белков выявлялись методом радиальной диффузии в агарозном геле. В результате, было получено несколько высокоочищенных белковых фракций обладающих антимикробной активностью и имеющих молекулярную массу ~14 кДа. Большая часть исследованных белковых фракций обладала фосфолипазной активностью. Минимальные ингибирующие концентрации активных фракций по отношению к тестовым микроорганизмам составили 0,21-0,93 мкг/мл. Активность полученных белков была неодинакова по отношению к различным микроорганизмам. Антимикробная активность исследуемых белков проявлялась независимо от каталитической активности, в отсутствие двухвалентных ионов кальция и без добавления фосфолипидного субстрата. При добавлении в инкубационную одного только хлорида кальция антимикробная активность исследуемых белков не изменялась, в то время как при добавлении фосфолипидного субстрата вместе с хлоридом кальция, антимикробная активность существенно увеличивалась, в особенности по отношению к грам-положительным микроорганизмам. Одна из полученных антимикробных фракций, действие которой было специфичным по отношению к E. coli не обладала фосфолипазной активностью. Антимикробная активность этой фракции не претерпевала существенных изменений в присутствии ионов кальция, либо ионов кальция вместе с фосфолипидным субстратом. Исследуемые белки обладали способностью увеличивать проницаемость наружной мембраны E. coli, но практически не оказывали влияния на внутреннюю мембрану этого микроорганизма.

Направление: Биология

Кафедра: Биохимии

Научный руководитель: Леонова Л. Е. , кандидат биологических наук

Дата защиты: 18-06-2012

Отзыв о магистранте: Попугайло Андрей Георгиевич пришел на кафедру биохимии Санкт-Петербургского государственного университета в 2008 году. Тема магистерской квалификационной работы Андрея Георгиевича является продолжением его выпускной квалификационной работы бакалавра. За время учебы в магистратуре он значительно повысил свою квалификацию, освоил целый ряд современных и трудоемких биохимических методов, необходимых для научных исследований белков и пептидов. Андрей Георгиевич приобрел необходимые навыки работы с современными лабораторными приборами, а также освоил программы для сбора и обработки экспериментальных данных. Андрей Георгиевич с большим интересом отнесся к изучению литературы по данной теме и обсуждению результатов, проявил себя как заинтересованный и целеустремленный молодой исследователь, способный планировать проведение эксперимента, сочетать различные приемы, позволяющие наиболее полно охарактеризовать исследуемый материал. Результаты работы были опубликованы в виде тезисов и представлены на конференциях. Хочется надеяться, что Андрей Георгиевич сможет продолжить исследования в рамках этой тематики уже в аспирантуре.

Рецензент: Мавропуло-Столяренко Г. Р.

Рецензия: Данное исследование посвящено выделению и предварительному определению характеристик белоксодержащих антимикробных фракций яда гадюки обыкновенной. В целом, работы направленные на поиск, выделение и анализ новых (или аналогов известных) антимикробных пептидов и белков, являются важной частью общего направления в биохимиифармацевтике связанного с созданием новых типов антибиотиков. Трудно переоценить важность данного направления исследований для человечества в целом, тем более в свете всё новых сообщений о появлении штаммов болезнетворных бактерий устойчивых ко всем (или большинству) современных антибиотиков. Выпускная квалификационная работа объемом 74 страницы состоит из разделов: введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты и обсуждение результатов, выводы. Работа содержит 1 таблицу и 20 иллюстраций. Список использованной литературы состоит из 199 ссылок на 20 страницах. Во введении автором отмечается принципиальная важность исследования молекулярных механизмов врожденного иммунитета, а также демонстрируется сходство этих механизмов с механизмами токсического действия многих зоотоксинов, в том числе и компонентов змеиного яда. Также во введении обосновывается выбор в качестве объекта исследования яда гадюки обыкновенной. В конце раздела автор ставит цель работы и формулирует задачи исследования. Основная часть раздела «Обзор литературы» представлена двумя логически завершенными блоками. Первый блок посвящен рассмотрению механизмов врожденного иммунитета, а также белкам и пептидам их опосредующих. Во втором блоке приведены подробные характеристики классов белковых токсинов встречаемых в ядах змей. Завершает раздел краткая сводная характеристика механизмов токсического воздействия белков и пептидов на клетки, и обоснование связи антимикробных и общетоксических свойств змеиного яда. В разделе «Материалы и методы» представлены подробные описания, как методов использованных для выделения и очистки полипептидных компонентов яда, так и методов позволяющих произвести первоначальную характеристику ферментативных и антимикробных свойств выделенных белковых фракций. Представленные методы вполне соответствуют сложившейся практике анализа змеиных ядов и базовой аннотации новых антимикробных пептидов. Глава «Результаты и обсуждение результатов» содержит описание результатов проведенных исследований, а также анализ этих результатов и соотнесение их с известным из литературы фактическим материалом. Выводы представленные в работе полностью соответствуют как задачам исследования, так и полученным результатам. Признавая ценность проведенного исследования нельзя не отметить ряд допущенных автором недочетов при оформлении их в форме магистерской диссертации: 1)Так, очевидно, у автора есть системная проблема с оформлением внутритекстовых ссылок на работы других авторов. Например, в разделе «Обзор литературы» подобные ошибки встречаются в среднем по одной на страницу. Причем в двух третях случаев некорректно оформлена сама ссылка, а в оставшейся трети - работа, на которую ссылаются, не представлена в «Списке использовавшейся литературы». Что интересно, данная проблема практически не характерна для раздела «Материалы и методы», где всего две ссылки отсутствуют в списке использованной литературы. Но, при этом, в данном разделе начинает проявляться новая тенденция - в виде отсутствия внутритекстовых ссылок на некоторые из использованных методик. Своего апогея данная тенденция достигает в разделе «Результаты и обсуждение результатов», где на протяжении 20 страниц нет вообще ни одной ссылки на печатные работы, даже в тех случаях, когда в тексте автор явно апеллирует к «опубликованным литературным данным». 2) Для раздела «Обзор литературы» также характерно неоднократное использование слова «соответствие» в смысле «находиться (пребывать) в соответствии» и повторное использование лишней буквы ‘в’ в формах слова «участвовать». 3)Из смысловых нестыковок раздела «Обзор литературы» можно отметить следующие моменты: - на странице 12(13) утверждается, что белки, сходные с дефенсинами встречаемыми у представителей подтипа Позвоночных, негомологичны аналогам этих белков выделенных из беспозвоночных, но при этом в первой же работе, на которую приводится ссылка (Lambert et al., 1989) утверждается обратное, т.е. факт наличия гомологии. - также к опечаткам искажающим смысл можно отнести фразу на странице 14 «активировать бактериальную фосфолипазу А2 (Wright et al., 1990)» (выделено рецензентом), хотя в работе на которую приведена ссылка речь идет об активации антибактериальной фосфолипазе сыворотки (serum). - забавно выглядит использование автором на странице 28 оборота «В настоящее время ведется разработка» в сочетании с единственной ссылкой на статью, опубликованную в 73 году прошлого века. - название пункта 2.3.5 «Ингибиторы протеаз», возможно, стоило бы назвать «Гомологи ингибиторов протеаз» («Ингибиторы протеаз и их гомологи»), т.к. начинается этот пункт с описания белков гомологичных ингибиторам протеаз, но лишенных соответствующей ферментативной активности. 4) Дополнительно к недостаткам раздела «Материалы и методы» можно отнести отсутствие описания статистического аппарата использованного для линейной аппроксимации графиков, по которым определялись минимальные ингибирующие концентрации, и отсутствие описания использовавшихся методов оценки варьирования некоторых из полученных характеристик исследованных пептидов (см. таблицу 1 и рисунки 15-16 раздела «Результаты и обсуждение результатов»). 5) Существенным недостатком оформления раздела «Результаты и обсуждение результатов» следует считать отсутствие внутренней структуры подразделов. Также непонятны принципы нумерации фракций на графиках 13 и 14 (эксперименты по исследованию проницаемости мембран бактериальных клеток в присутствии исследуемых белков). 6) Раздел «Список использованной литературы» лишен единого стиля оформления, а в ряде случаев наблюдается нарушение алфавитного порядка сортировки записей. При ознакомлении с результатами исследования также возникли следующие вопросы: 1)Ряд характеристик фракции D3, ощутимо отличается от характеристик других фракций, входящих в группу белка P2, но при этом данный факт никак автором не обсуждается. Ситуацию усугубляет также то, что по неизвестной причине данной фракции нет на графиках использовавшихся для определения минимальных ингибирующих концентраций. 2)Также хотелось бы услышать мнение автора, о том, почему при получении сравнительных характеристик антимикробной активности исследованных белков (рисунки 15 и 16 раздела «Результаты и обсуждение результатов») не был использован дополнительный контроль – в виде лишенной белков фракции, полученной в результате инкубирования исследуемых белков с фосфолипидами. Тем более, что имеются литературные данные о наличие собственной антимикробной активности у лизофосфолипидов и жирных кислот. Отсутствие данного контроля несколько снижает ценность наблюдения «повышения антимикробной активности в присутствии субстрата фосфолипазы», так как непонятно насколько этот факт объясняется собственными антимикробными свойствами лизофосфолипидов и жирных кислот. В целом же следует признать, что обнаруженные недостатки не снижают научной ценности исследования, которое полностью соответствует требованиям, предъявляемым к магистерским диссертациям, и вполне может претендовать на оценку «отлично».

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017