АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Федорова Екатерина Алексеевна

Квалификационная работа магистра: "Молекулярно-биологическая характеристика устойчивых к офлоксацину штаммов Mycobacterium tuberculosis, выявленных в Ленинградской области "

Аннотация: В настоящее время наблюдается увеличение числа случаев туберкулеза (ТБ) с лекарственной устойчивостью (ЛУ) к важнейшим противотуберкулезным препаратам (ПТП). Показано, что в основе ЛУ лежат точечные мутации в бактериальных генах, однако их частота варьирует в различных географических регионах. Так, от 50 до 90% штаммов, устойчивых к препаратам фторхинолонового ряда, имеют миссенс-мутации в генах gyrA и gyrB, поэтому исследования, которые показывают связь между наличием таких мутаций у микобактерий и ЛУ, особенно для региона интереса, являются актуальными. Распределение генетических семейств микобактерий в мире - неоднородное, и генотипирование изолятов M.tuberculosis с помощью сполиготипирования позволяет определить их происхождение и вирулентность, поэтому также представляет интерес.
Цель работы: Изучение молекулярно-биологических особенностей устойчивых к офлоксацину штаммов M.tuberculosis, распространенных в Ленинградской области.
Задачи:
1. Определение частоты наиболее характерных аминокислотных замен, ассоциированных с устойчивостью штаммов M.tuberculosis к офлоксацину
2. Сравнение генетического разнообразия устойчивых к офлоксацину и чувствительных к ПТП штаммов M.tuberculosis
По результатам работы были сделаны следующие выводы:
1. Секвенирование QRDR генов gyrA и gyrB показало, что 76% исследованных офлоксацин-устойчивых изолятов M.tuberculosis имели миссенс-мутации. Большинство изолятов (62%) имело мутации только в гене gyrA, мутации только в гене gyrB были обнаружены у 10% изолятов, мутации в двух генах были выявлены у 4% изолятов.
2. Анализ нуклеотидных последовательностей QRDR генов gyrA и gyrB показал, что 67% устойчивых к низким концентрациям офлоксацина изолятов и 85% устойчивых к высоким концентрациям офлоксацина изолятов имели мутации в данных генах. Статистический анализ не показал достоверных различий между уровнем устойчивости к офлоксацину и частотой мутаций в генах gyrA и gyrB.
3. Изучение нуклеотидных последовательностей QRDR генов gyrA и gyrB позволило впервые обнаружить мутации, приводящие к заменам S91L у одного и S512L у двух офлоксацин-устойчивых изолятов M.tuberculosis, соответственно.
4. Сполиготипирование штаммов M. tuberculosis выявило доминирование генетического семейства Beijing, которое достоверно чаще обнаруживалось в группе офлоксацин-устойчивых изолятов (78%), чем в группе чувствительных ко всем противотуберкулезным препаратам изолятов (50%). Сравнение сполиготипов обнаружило наиболее низкое генетическое разнообразие в группе бактериальных штаммов, устойчивых к высоким концентрациям офлоксацина.

Направление: Биология

Кафедра: Биохимии

Научный руководитель: Черняева Е. Н. , кандидат биологических наук

Дата защиты: 18-06-2012

Отзыв о магистранте: Федорова Екатерина Алексеевна работает в лаборатории молекулярной биологии Биомедицинского центра с 2008 года. В 2010 г. она защитила выпускную квалификационную работу бакалавра по теме “Получение рекомбинантного белка PBOV1в клетках Escherichia coli” на кафедре биохимии СПбГУ на “отлично”. После чего решила освоить новую для нее область исследования – изучение молекулярно-биологических особенностей штаммов микобактерий туберкулезного комплекса, c чем она успешно справилась. За время работы Екатерина Алексеевна проявила способности к экспериментальной работе и освоила разнообразные современные молекулярно-биологические методы, включая методы работы с бактериальными клетками, секвенирования ДНК и др. Федорова Е.А. способна самостоятельно планировать научные исследования, осваивать современные лабораторные методы, анализировать полученные результаты. Хорошая теоретическая подготовка в области общей биологии, биохимии, владение английским языком, навыки работы с персональным компьютером и ресурсами глобальных информационных компьютерных сетей позволяют ей постоянно повышать свой образовательный уровень, получать современную научную информацию. Она принимает активное участие в научно-практических и теоретических семинарах, проводимых в лаборатории. Результаты научной работы с участием Екатерины Алексеевны были представлены на международных конференциях. В настоящее время подготавливается статья в международный журнал. Выполняемая в качестве дипломного проекта научная работа Федоровой Е.А. является важной частью исследования по изучению молекулярно-биологических особенностей распространения ВИЧ и туберкулеза, проводимого Биомедицинским центром.

Рецензент: Мандельштам М. Ю., доктор медицинских наук

Рецензия: Несмотря на то, что смертность от туберкулеза в России вслед за развитыми странами мира упала, заболеваемость туберкулезом в России по-прежнему очень высока. Важнейшее значение для лечения туберкулеза имеет выбор эффективных препаратов для лечения, которые были бы действенны против возбудителя. В настоящее время благодаря колоссальному прогрессу в методах секвенирования ДНК и их удешевлению оказывается более рациональным определять генотипы Mycobacterium tuberculosum по гену гиразы (gyrA, gyrB), нежели определять устойчивость к антибиотикам с помощью высевов бактерий на питательные среды с антибиотиками и проведения традиционного микробиологического анализа. Совершенно очевидны преимущества методов анализа ДНК по сравнению с бактериологическими исследованиями, поскольку в случае успеха ответ о лекарственной устойчивости с помощью ПЦР и секвенирования будет получен в течение первых суток с момента взятия материала, а не в течение 1-3 месяцев наблюдений. С помощью молекулярного анализа могут быть генотипированы от 50 до 90% штаммов устойчивых к лекарственным препаратам, поэтому анализ ДНК является достаточно эффективным для определения лекарственной устойчивости бактерий. Актуальность проведенного исследования очевидна. В каждой из стран, где проводилось лечение туберкулеза с помощью препаратов второго ряда, среди микобактерий возникала лекарственная устойчивость к препарату, но конкретные мутации разнятся между странами, и поэтому было абсолютно необходимо изучить спектр мутаций в гене гиразы, придающие устойчивость к лекарственному препарату, на Северо-Западе России. Проведено сравнение частоты носительства отдельных мутаций в гене gyrA среди офлоксацин-устойчивых штаммов микобактерий и установлено, что наибольшей частотой характеризовались различные мутации в 94-ом кодоне. Любопытно, что преобладания этих мутаций в доминирующем семействе Beijing по сравнению с другими идами штаммов обнаружено не было. Суммарно носительство мутаций в гене gyrA обнаружено у 66% исследованных штаммов, а мутации в гене gyrB - у 14% изученных штаммов. Большинство из этих мутаций было ранее обнаружено в мире и ассоциировано с возникновением лекарственной устойчивости. В исследовании обнаружена новая, ранее неизвестная мутация S512L в гене gyrB. На основании расположения этой мутации в регионе QRDR и отсутствия этой мутации у штаммов чувствительных к офлоксацину, сделано предположение о возможной причинно-следственной связи носительства этой мутации и лекарственной устойчивости ее носителя – штамма Mycobacterium tubrculosum. Было бы интересно обсудить, какие предполагаются дальнейшие экспериментальные шаги предполагает автор по проверке зависимости лекарственной устойчивости и активности ДНК-гиразы микобактерий при наличии данной мутации. С помощью сполиготипирования офлоксацин-устойчивых штаммов микобактерий установлено принадлежность 78% линий в семейству Beijing. Этот результат нетривиален, так как, скажем в близлежащей Турции, микобактерии этого семейства составляли лишь 1,3% изолятов. В работе применены современные методы молекулярной генетики и биоинформатики, капиллярное автоматическое секвенирование ДНК, гибридизация ДНК, выравнивание ДНК-последовательностей и другие. Обзор литературы также содержит очень глубокий анализ изучаемой проблемы, хорошо иллюстрирован. Некоторые рисунки из обзора литературы не содержат источника заимствования, а в экспериментальных данных, помимо результатов выравнивания последовательностей ДНК, хотелось бы видеть хотя бы одну картинку по сполиготипированию. Считаю, что рецензируемая блестящая работа полностью соответствует требованиям, предъявляемым к магистерским диссертациям, а по уровню охвата и глубине анализа матеиала скорее приближается к кандидатским диссертациям, нежели к студенческим работам, и потому заслуживает оценки “отлично”, а ее автор – Федорова Е.А. несомненно заслуживает присвоения искомой степени магистра.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017