АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Дедух Дмитрий Викторович

Квалификационная работа магистра: "Изучение гибридогенного комплекса зеленых лягушек Pelophylax esculentus complex с использованием цитогенетического анализа ооцитов"

Аннотация: Межвидовая гибридизация может привести к возникновению нового вида в случае преодоления проблем, связанных с фертильностью гибридных животных. Одним из способов, обеспечивающих воспроизводство межвидовых гибридов, является гибридогенез. Его особенностью является элиминация одного генома во время гаметогенеза, в то время как другой геном передается в гаметы без рекомбинации. Комплекс среднеевропейских зеленых лягушек (Pelophylax esculentus complex) является удобной моделью для изучения гибридогенеза и процессов полиплоидизации. Этот комплекс включает два родительских вида, которые хорошо различимы по морфологическим признакам, озерную лягушку P. ridibundus (геномная композиция RR) и прудовую лягушку P. lessonae (геномная композиция LL), а также гибридогенетическую форму P. esculentus (геномная композиция RL, RRL и RLL). Родительские виды и гибридные формы могут образовывать популяционные системы, где в ряду поколений гибридов клонально передается один из геномов родительских видов. Для изучения механизмов, обеспечивающих поддержание популяционных систем зеленых лягушек, мы провели цитогенетический анализ кариотипов, передаваемых в растущих ооцитах обоих родительских видов и гибридов, пойманных из бассейна реки Северский Донец (Восточная Украина). В растущих ооцитах амфибий кариотип представлен хромосомами типа ламповых щеток (ЛЩ), которые характеризуются хромомерно-петлевой организацией. Хромосомы типа ЛЩ обладают маркерными структурами, позволяющими обнаружить видоспецифические отличия в морфологии хромосом. Мы провели иммунофлуоресцентное окрашивание хромосом типа ЛЩ родительских видов с антителами против коилина, факторов сплайсинга пре-мРНК, компонентов ядрышка, а также FISH с теломерным и центромерным повторами. В результате были построены детальные цитологические карты хромосом типа ЛЩ обоих родительских видов, с указанием относительного расположения маркерных структур и их молекулярных компонентов, а также интерстициальных блоков тандемных повторов. Были обнаружены отличия между хромосомами типа ЛЩ P. ridibundus и P. lessonae, которые заключаются в относительной длине хромосом, расположении центромер на них, локализации и количестве маркерных петель, активности ядрышкового организатора, а также расположении интерстициальных блоков повтора (TTAGGG)n. Выявленные различия между хромосомами типа ЛЩ обоих родительских видов позволяют идентифицировать тип генома, передаваемого с гаметами в ооцитах ди- и триплоидных гибридных животных из различных популяционных систем. Для анализа кариотипов гибридные самки были отловлены из гибридных популяционных систем двух типов: E-типа (гибриды с генотипами RLL и RL) и R-E-типа (гибриды с генотипами RRL и RL). Для различия гибридных форм определяли количество геномной ДНК с помощью проточной цитометрии. Полученные результаты показали, что ди- и триплоидные животные из популяционный системы R-E-типа характеризовались стабильным гаметогенезом и формировали ооциты с 13 бивалентами, соответствующими кариотипу P. ridibundus. В то же время ди- и триплоидные гибриды из популяционных систем E-типа производили ооциты с 13 бивалентами, соответствующими бивалентам P. ridibundus, с 13 бивалентами, соответствующими бивалентам P. lessonae, а также ооциты с необычными наборами хромосом: с 13 унивалентами, 26 бивалентами и 26 унивалентами. Выявленные закономерности позволили предложить механизмы возникновения ди- и триплоидных гибридов в различных популяционных системах.

Направление: Биология

Кафедра: Зоологии Позвоночных

Научный руководитель: Красикова А. В. , кандидат биологических наук

Дата защиты: 18-06-2012

Отзыв о магистранте: Дедух Дмитрий Викторович, магистрант 2-го года обучения, пришел в лабораторию структуры и функции хромосом кафедры цитологии и гистологии биолого-почвенного факультета СПбГУ летом 2009 года. В нашей группе Дмитрий начал работу по новому для лаборатории междисциплинарному направлению, связанному с изучением механизмов воспроизводства гибридных животных в популяционных системах комплекса зеленых лягушек (Pelophylax esculenta complex) с использованием для анализа кариотипов гамет гигантских мейотических хромосом типа ламповых щёток. В ходе стажировки Дмитрия в лаборатории структуры и функции хромосом были получены результаты, которые легли в основу выпускной квалификационной работы бакалавра, успешно защищенной на кафедре цитологии и генетики Харьковского национального университета в 2010 г. За свою выпускную квалификационную работу Дедух Дмитрий был награжден дипломом 2 ступени на Всеукраинском конкурсе научных работ.
В 2011 году Дмитрий Викторович поступил в магистратуру биолого-почвенного факультета Санкт-Петербургского государственного университета и начал работу над магистерской диссертацией, которую выполнил в лаборатории структуры и функции хромосом. Одновременно Дмитрий Викторович начал работать инженером-исследователем кафедры цитологии и гистологии биолого-почвенного факультета СПбГУ. За время работы в лаборатории Дмитрий освоил широкий спектр методов молекулярной и клеточной биологии, включая полимеразную цепную реакцию (ПЦР), иммунофлуоресцентное окрашивание, флуоресцентную in situ гибридизацию (FISH), двумерную флуоресцентную и фазово-контрастную микроскопию, методы микрохирургической работы с ооцитами и хромосомами типа ламповых щеток амфибий. Успешное сочетание этих методов позволили Дмитрию Викторовичу получить ряд новых научных результатов, включая построение карт хромосом типа ламповых щёток родительских видов среднеевропейских зеленых лягушек и успешное их использование для идентификации кариотипов ооцитов, передаваемых гибридными лягушками различной плоидности и из разных популяционных систем. Результаты исследований были представлены им на XLIX Международной научной студенческой конференции «Студент и научно-технический прогресс» (г. Новосибирск, 16–20 апреля 2011 г.) в виде устного доклада, отмеченного оргкомитетом конференции дипломом I степени. Дмитрий доложил результаты исследований и на зарубежной конференции «International conference on polyploidy hybridization and biodiversity» (г. Прага, Чехия, 7–10 мая 2012 г.) в виде стендового сообщения.
Д.В. Дедух принимает активное участие в научно-исследовательской работе лаборатории по бюджетному тематическому плану биолого-почвенного факультета СПбГУ (2011-2013 г.г.), гранту Президента РФ для поддержки коллективов ведущих научных школ (№ НШ-4385.2012.4) и другим проектам. По результатам работы Дмитрия подготовлена рукопись статьи на английском языке, которую планируется в ближайшее время опубликовать в журнале, индексируемом в наукометрических системах Scopus и Web of Science. Дмитрий Викторович зарекомендовал себя как грамотный и целеустремленный молодой исследователь, увлеченный экспериментатор. Он имеет широкую эрудицию в области механизмов микроэволюции и может квалифицированно представлять результаты проделанной научно-исследовательской работы. Дмитрий Викторович самостоятельно планировал и совершал экспедиции по сбору материала, который был необходим для реализации его дипломного проекта. Хочется особенно отметить способность Дмитрия самостоятельно анализировать полученные данные. Я считаю, что работа Дмитрия Викторовича в процессе подготовки магистерской диссертации заслуживает оценки отлично, а сам Дмитрий Викторович заслуживает рекомендации в аспирантуру СПбГУ.

Рецензент: Михайлова Е. И., доктор биологических наук

Рецензия: Представленная к защите диссертация посвящена изучению хромосом типа ламповых щеток у представителей безхвостых амфибий - зеленой лягушки, необходимому для точной систематики и выяснения хода эволюции в пределах рода Pelophylax. Актуальность представленной магистерской диссертации определяется малой изученностью и сложностью популяционных систем в восточной части ареала зеленых лягушек. Рецензируемая магистерская диссертация Дмитрия Викторовича Дедуха выполнена на самом высоком современном уровне. Название работы соответствует содержанию. Диссертация состоит из традиционных разделов. Раздел “Введение” подводит к формулировке целей и задач, которые сформулированы четко и полностью соответствуют содержанию работы. Однако следует сказать, что раздел «Введение» испортил впечатление от работы в связи с некорректным употреблением цитогенетических терминов и подменой понятий. Кроме того надо отметить некоторые другие недостатки. Автор пишет: «В России бесхвостые земноводные представлены 18 видами…» (приведена ссылка только на работу 1992 года стр.6, второй абзац снизу) Может за 20 лет их стало меньше или больше. Тем более далее по тексту следует утверждение «Однако гибридизация способствует мгновенному появлению форм с новой генетической комбинацией (чего?, лучше «с новыми комбинациями генов) и, поэтому, является мощной движущей силой в эволюции (ссылка на Wissemann, 2007; Jiggins et al., 2008). Поясните пожалуйста, что с точки зрения эволюции является «мгновенным»? Такой же недостаток цитирования обнаружился в конце стр.35 – начале стр. 36, где речь идет о методе проточной ДНК-цитометрии. «Этот метод одинаково хорошо подходит для определения количества ДНК, как в соматических клетках (эритроциты), так и в спермиях самцов (Vinogradov et al., 1991; Vinogradov et al., 1990). Ссылки на работы 20 летней давности, а далее: «Сейчас метод проточной ДНК-цитометрии широко применяется для идентификации всех форм зеленых лягушек, а также гамет, производимых самцами, в разных популяционных системах.». Утверждение не подкреплено ссылками на современные работы. Вызывает нарекание конец предпоследнего абзаца на стр. 7,. Выражение некорректно с точки зрения понятия «геном»: «Для европейских популяционных систем показано, что, чаще всего, триплоидные особи элиминируют геном, представленный одной копией в геноме, а между оставшимися двумя гомоспецифичными геномами осуществляется рекомбинация (обзор по Plötner, 2005). Что же такое геном с вашей точки зрения?. И что такое «геном в геноме» ? и далее на стр. 8 что такое «геномная композиция гамет»? на стр. 30 верхний абзац «геномы гамет»? Далее на стр. 7, 11 строка сверху читаем «естественную гибридогенетическую форму». Можно сказать просто: Гибриды, возникшие в естественных условиях, как и говорится далее по тексту. На стр. 7, последний абзац содержит следующее выражение - «гибридогенетические» диплоидные лягушки – это у генетиков называется просто – «гибридные», и далее на стр. 27 в последнем абзаце раздела 1.3.3 «Гибридогенетическое размножение», по-видимому это размножение гибридных форм, что и следует из контекста. Если причиной такого выражения - «гибридогенетический» - стал перевод английского слова hybridogenic, то это выражение соответствует русскому выражение «гибридогенный» - это относится к факторам, которые вызывают гибридизацию. Genic, в данном случае можно соотнести со словом – «генез», а не со словом «генетический». Трудности перевода связаны, повидимому с использованием компьютерных переводчиков. Им не всегда можно безоглядно доверять. Далее возникает проблема, связанная с обозначением хромосом. Речь идет о начале раздела 1.4.2. Дмитрий Викторович пишет «Одной из сложностей в изучении комплекса Pelophylax esculentus является морфологическая идентичность наборов метафазных хромосом родительских видов.» Вопросов нет. А далее «Хромосомы-ортологи имеют сходную длину и центромерный индекс.» Далее в конце стр.31, и в начале стр.32, читаем: «Однако метод С-окрашивания позволил выявить больший по размеру блок гетерохроматина в центромерном районе и малом плече 11 хромосомы Pelophylax lessonae по сравнению с гомологичной хромосомой Pelophylax ridibundus для лягушек из Австрии.». Вопрос к автору следующий: объясните, пожалуйста, что Вы понимаете под названием «ортологичные метафазные хромосомы» родительских видов? Термины ортологичные и паралогичные относятся к генам и кодируемым ими белкам, а в отношении хромосом цитогенетики используют понятие гомологичных хромосом, в том случае, если они попарно объединяются в мейозе, в противоположность гомеологичным хромосомам, которые сходны по своему генетическому содержанию, но потеряли в результате видообразования способность образовывать пары в мейозе у гибридов. На стр. 8 в предпоследнем абзаце написано, что хромосомы –это полубиваленты, «где гомологичные хромосомы объединены хиазмами». Поясните, пожалуйста, где именно гомологичные хромосомы объединены хиазмами? Всей этой терминологической путаницы можно было бы избежать. При проведении исследований находящехся на стыке наук, полезно обсуждать проблему с соответствующими специалистами, в данном случае с цитогенетиками, тем более, что именно этот тип анализа указан в заглавии работы. Рецензенту иногда приходилось расшифровывать то, о чем идет речь. После дополнительного перевода, смысл изложенного стал понятен. Однако, надо отметить, что бóльшая часть текста магистерской диссертации написана грамотно со всех точек зрения. Стр.12, 10 строка снизу речь идет о понятии «храповик Мюллера». Необходимо внести поправку: исследователь, лауреат Нобелевской премии, известен в России как Герман Мёллер. В 1933 году работал в Ленинграде и преподавал на кафедре генетики Ленинградского государственного университета и правильнее его называть так, как его здесь называли и как он называл себя сам. Обзор литературы содержателен, написан подробно, имеет много ссылок на статьи последних лет. В разделе 1.4.1. приведен хороший обзор методов, которые позволяют идентифицировать хромосомы озерной и прудовой лягушек, а также устанавливать у гибридов принадлежность комплексов хромосом тем или иным родительским видам. Арсенал методов богатый и это является замечательной основой для решения задач, поставленных в данной магистерской работе. Автор подробно анализирует достоинства и недостатки методов, каждому из которых посвящен отдельный подраздел. В каждом из них автор отмечает возможно ли определить какие наборы хромосом, передаются потомкам с яйцеклетками у самок гибридных животных. Вследствие значительного размера этих клеток и большого количества желтка ни метод ДНК-цитометрии, ни маркерный анализ, равно как различные способы дифференциального окрашивания хромосом не позволяют это сделать. Также невозможно определять хромосомы, передаваемые потомству гибридов через сперматозоиды. Совершенно понятна необходимость такого анализа. В связи с нерегулярностью мейоза у полиплоидных гибридов, потомство может получить разнообразное число хромосом. Большую помощь в исследовании популяционных систем комплекса зеленых лягушек, как справедливо отмечает автор, оказала бы возможность изучения кариотипов гамет, передаваемых самками. Такую возможность открывает изучение хромосом типа ламповых щеток. Этому посвящен раздел 1.5. обзора литературы, в котором автор приводит детальное описание морфо-физиологических особенностей этих хромосом, характеризует маркеры для их идентификации и анализа, приводит сведения о создаваемых цитологических картах высокого разрешения хромосом типа ламповых щеток с относительным расположением различных маркерных структур у различных видов амфибий и птиц, перечисляет задачи, для решения которых такие карты являются надежным инструментом. В Разделе Материалы и методы Дмитрий Викторович приводит подробный перечень мест отлова лягушек, дает описание методов проточной ДНК-цитометрии, получения препаратов хромосом изучаемых видов, митотических и мейотических метафазных, хромосом типа ламповых щеток, иммуноцитохимического анализа, флуоресцентной in situ гибридизации (FISH), флуоресцентной и фазово-контрастной микроскопии, лазерной сканирующей конфокальной микроскопии, компьютерной обработки изображений хромосом типа ламповых щеток, морфометрическиго анализ и построения карт. В Разделе 3 - Результаты - приведены сведения о том, как проводили отлов животных, и идентификацию их по морфологическим признакам. Определение ди- и триплоидных гибридов по признакам внешней морфологии и окраски оказалось невозможно. Это было сделано с помощью проточной ДНК-цитометрии. Первая оценка фертильности самок основывалась на анализе яичников, выявлено большое количество погибших крупных зрелых ооцитов у гибридных животных. Разделы посвященные характеристике хромосом типа ламповых щеток у изучемых видов и конструированию у них цитологических карт высокого разрешения написаны подробно, четко и проиллюстрированы великолепными фотографиями и схемами. Сравнительный анализ хромосом типа ламповых щеток у P. ridibundus и P. lessonae, а также у гибридных лягушек из разных популяционных систем представляет собой обширное детальное исследование, результаты которого не вызывают сомнений. Кроме подробных цитологических карт, автором охарактеризованы кариотипы ооцитов изученных видов и в пределах популяционных комплексов, на основании чего предложены механизмы воспроизводства гибридных лягушек в различных популяционных системах. Несомненный интерес представляют данные о транскрипционной активности изученных хромосом, а именно демонстрация транскрипции (TTAGGG)n-повторов и ее направленности к концу хромосомы. Достоинством этой части работы несомненно является ее новизна и обобщающий характер полученной информации. Раздел 4 – Обсуждение - написан очень детально с привлечением большого количества литературных источников. Несомненным достоинством этого раздела являются подробные таблицы и схемы, иллюстрирующие обсуждаемые положения. На основании полученных результатов автор сделал 7 выводов, которые корректно сформулированы и полностью отражают суть работы. Список литературы включает 163 названия, из них 19 на русском языке. Высказанные замечания не затрагивают сути работы. По значимости полученных результатов, адекватности их обсуждения и по методическому уровню диссертация удовлетворяет требованиям, предъявляемым к магистерским диссертациям, а ее автор заслуживает оценки «отлично».

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017