АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Широколобова Елена Дмитриевна

Квалификационная работа магистра: "Влияние комбинаций аллелей sup35 на стабильность и поддержание приона [PSI+] у дрожжей Saccharomyces cerevisiae."

Аннотация: Наиболее изученным на данный момент прионом дрожжей является фактор [PSI+], который представляет собой изоформу фактора терминации трансляции Sup35p. В клетках с прионом этот белок формирует протяженные нитевидные агрегаты. Для описания способа укладки белка Sup35p в состав таких фибрилл на сегодняшней день предложено несколько моделей, одной из которых является модель параллельной супер-складчатой бета-структуры. Согласно модели, прионные агрегаты белка состоят из β-слоев, ориентированных перпендикулярно оси фибриллы, в следствие чего образуются стопка из плоских молекул. Водородные связи между отдельными мономерами образуют остатки полярных аминокислот, расположенные в одних и тех же положениях. Дополнительную стабилизацию системы обеспечивает “вытеснение” заряженных аминокислотных остатков в районы поворотов и петель, что препятствует возникновению электрических взаимодействий между одноименными зарядами. Изучение модели супер-складчатой бета-структуры in vitro представляется затруднительным, поскольку наблюдать структуру нерастворимых амилоидных фибрилл с помощью стандартных методов структурного анализа молекул невозможно. Поэтому на сегодняшний день наиболее подходящим для данных целей методом является метод мутационного анализа in vivo. В данной работе мы продолжили иссдедования влияния мутаций в N домене белка Sup35 на стабильность и поддержание приона [PSI+]. В предыдущих исследованиях были получены 5 аллелей SUP35, несущих замены QQ(YQ) на KK. Каждая из мутаций располагалась в одном из повторов N домена Sup35p. Мы изучали влияние комбинаций мутантных аллелей sup35-М1 – sup35-М5 на свойства приона [PSI+]. На основе полученных данных мы сделали заключение, что аллель sup35-М4 образует новый вариант приона. Кроме того, были подтверждены ранее полученные данные о том, что мутации М1 и М2 находятся в критичных для поддержания бета-структуры регионах N-домена белка Sup35p.

Направление: Биология

Кафедра: Генетики и Селекции

Научный руководитель: ассистент Бондарев Станислав Александрович

Дата защиты: 6-06-2013

Отзыв о магистранте: Елена Дмитриевна пришла в лабораторию физиологической генетики в 2009 году в середине своего третьего курса и начала работу в группе, изучающей гены, кодирующие факторы терминации трансляции. Выпускная квалификационная работа Елены Дмитриевны была посвящена исследованию возможности прионного превращения белка GSPT2 Mus musculus в клетках дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Полученные результаты были с успехом представлены на 25 ой международной конференции по генетике и молекулярной биологии дрожжей в Польше в 2011 году. Эта тема была продолжена Еленой Дмитриевной и в магистратуре. Из-за смены научных интересов лаборатории ей пришлось завершить текущий проект и включиться в работу по изучению влияния мутаций в N домене белка Sup35 на стабильность дрожжевого приона [PSI+]. За ограниченное время работы по этой теме Елена Дмитриевна смогла освоить несколько новых методов и, что самое главное, получить значительный объем данных. Хорошее знание английского языка позволило ей провести глубокий анализ литературы по исследуемому вопросу. Результаты, полученные уже в рамках данного проекта, были опубликованы в виде тезисов двух российских конференций. За время работы в лаборатории Елена Дмитриевна зарекомендовала себя как инициативный, трудолюбивый, аккуратный и исполнительный сотрудник. Кроме того, ее коммуникативные качества позволили ей успешно работать в сложившемся коллективе. В заключение необходимо отметить, что по окончанию своего обучения в магистратуре Елена Дмитриевна стала прекрасным специалистом в области молекулярной генетики.

Рецензент: Рубель А.А. , кандидат биологических наук

Рецензия: Одной из нерешенных, на данный момент, задач в прионной биологии, является структурная организация агрегатов, образованных приоными белками. К сожалению, существующие в настоящий момент технологии и подходы, не позволяют напрямую ответить на вопрос: как же устроены амилоидные фибриллы? В этой связи разрабатываются различные гипотетические структурные модели прионных агрегатов. Одной из наиболее популярных в настоящий момент структурных моделей агрегатов дрожжевого приона [PSI+] является модель "параллельной супер-складчатой β-структуры" предложенная Каявой. На кафедре генетики и биотехнологии проводятся работы направленные на поиск экспериментальных доказательств, подтверждающих правильность данной модели. В ходе исследований, выполненных на кафедре, было получено несколько аллелей гена SUP35, которые согласно модели должны приводить к дестабилизации амилоиной структуры приона [PSI+], однако из них только одна приводит к элиминации приона [PSI+]. Работа Широколобовой Елены Дмитриевны посвящена изучению влияния комбинаций оставшихся аллелей sup35 на термостабильность агрегатов Sup35 и поддержание приона [PSI+] у дрожжей сахаромицетов. Работа выполнена на 69 страницах и включает следующие разделы: "Список использованных сокращений", "Введение", "Обзор литературы", "Цели и задачи", "Материалы и методы", "Результаты", "Обсуждение", "Выводы", "Список использованной литературы", "Благодарности". Работа иллюстрирована 23 рисунками и содержит 4 таблицы. В разделе «Введение» Елена Дмитриевна даёт определение прионам и приводит обоснование данной работ. Вопрос к разделу введение. Могут ли α-спирали напрямую замещаться на β-слои? Раздел «Обзор литературы», названный: «Детерминант [PSI+] Saccharomyces cerevisiae – первый обнаруженный дрожжевой прион» представлен на 17 стр. и посвящён в первую очередь приону [PSI+] и белку Sup35, как его структурной основе. Автор описывает роль белка Sup35 в терминации трансляции, его структурные особенности, уделяет внимание участкам необходимым для поддержания фактора [PSI+], останавливается на описании механизмов, обеспечивающих поддержания фактора [PSI+] и факторов приводящих к его потере, описывает мутации в гене SUP35, влияющие на стабильность фактора [PSI+]. В работе также приведены данные о межвидовых барьерах при передаче фактора [PSI+] и структурных особенностях прионных агрегатов [PSI+]. В заключительной части Елена Дмитриевна описывает модель "параллельной супер-складчатой β-структуры" и приводит аргументы в пользу данной модели. В заключении автор обосновывает необходимость выполнения данной работы. В целом раздел логично написан, легко читается, сочетается с представленной темой работы. К разделу имеется несколько замечаний. Название раздела «Детерминант [PSI+] Saccharomyces cerevisiae – первый обнаруженный дрожжевой прион», исходя из представленных в нём сведений, не самое удачное. Более логичным было бы назвать «Обзора литературы», например, «Дрожжевой прион [PSI+]». Последний абзац раздела 2.3.1 продублирован (стр. 10-11). На стр. 12 приведены неверные сведения о том, что структурный ген детерминанта [PIN+] – RNQ1 был обнаружен в ходе скрининга сверхэкспрессионного банка генов. Как раз наоборот, RNQ1 не был выявлен с помощью экспрессионного банка генов. На стр. 15 у первого предложения отсутствует начало, что не даёт возможности понять, что же хотел сказать автор. Не смотря на то, что в работе проверяется модель, предложенная Каявой, на взгляд рецензента, стоило чуть более подробно рассказать о преимуществах и недостатках альтернативных моделей. Для лучшего понимания следовало также проиллюстрировать эти модели. В разделе «Цель и задачи», автор ставит цель, и формулирует 5 задач, решение которых необходимо для достижения поставленной цели. По мнению рецензента, получение штаммов, несущих различные комбинации аллелей sup35 не стоило выделять как отдельную задачу. В главе «Материалы и методы» описаны, использованные в работе штаммы, плазмиды, а также применявшиеся в работе генетические, молекулярно-генетичесие и статистические методы. Отмечу, что в работе Елены Дмитриевны успешно применён целый ряд современных методов анализа амилоидных фибрилл. Не возникает сомнения в том, что Елена Дмитриевна является квалифицированным специалистом в области классической и молекулярной генетики дрожжей. К разделу есть замечания. Автор приводит названия химических соединений, как на русском языке, так и на латыни, например, Трис-ацетат на русском, а Tris-HCI на латыни, ЭДТА на двух языках и т.д. Из таблицы 2 не понятен источник ряда плазмид серии pRSU1. В разделе 4.4.4. «Вестерн-гибридизация» автор пишет: «Детекцию проводили с использованием ECL … в соответствии с методикой производителя, но при этом не указывает самого производителя. Вопрос к разделу. В течение, какого времени инкубировали пробы для анализа термостабильности белковых агрегатов Sup35? Экспериментальная часть работы представлена разделом «Результаты». Полученные Широколобовой Е.Д. результаты подробно описаны. Утверждения, которые делает автор, подкреплены и согласуются с фактическим материалом, представленным в виде рисунков и фотографий. К разделу есть существенное замечание, касающееся представления данных. На взгляд рецензента, не стоило данные по анализу каждой из аллелей SUP35 выделять в отдельные подразделы, при этом практически полностью дублируя текст. Например, текст практически полностью продублирован в подразделах 5.3.1, 5.3.2, 5.3.3, 5.3.4, отличия только в названии аллелей SUP35. Сходные замечания и к разделу 5.4. Вопросы к разделу Результаты. Добавляют ли, по мнению автора, полученные в работе данные аргументы в пользу правильности модели Каявы? На какой вопрос помогают ответить данные о различиях в термостабильности агрегатов образованных разными аллелями SUP35? В разделе «Обсуждение», представленном на 5 станицах, Елена Дмитриевна подробно обсуждает и анализирует полученные в ходе работы результаты. В работе представлено 4 вывода. Выводы работы соответствуют поставленным задачам. Список литературы состоит из 128 работ, 120 из которых на английском языке. Представленный в работе список литературы наводит на мысль о хорошей теоретической осведомлённости Елены Дмитриевны о прионах, в первую очередь о дрожжевом прионе [PSI+]. К замечаниям следует отнести то, что список составлен, не везде единообразно. В начале списка сбита нумерация. Несмотря на вышеуказанные замечания, работа Широколобовой Елены Дмитриевны, выполнена на хорошем методическом уровне с получением интересных, грамотно оформленных результатов, и заслуживает оценку «отлично».

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017