АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Соловьева Анна Ивановна

Квалификационная работа магистра: "Полиморфизм распределения последовательностей ретротранспозонов в геномах партенит Himasthla elongata (Trematoda, Echinostomatidae)."

Аннотация: С развитием методов секвенирования выяснилось, что значительную часть геномов эукариот составляют повторяющиеся последовательности, которые на основании их структуры и организации в геноме разделяют на диспергированные и тандемные. Диспергированные повторы представлены мобильными элементами, ДНК- транспозонами и ретроэлементами. Мобильные элементы, или транспозоны представляют собой последовательности ДНК, способные к перемещению и мультипликации в геноме. Их последовательности служат сайтами узнавания для малых РНК, что вкупе с дисперсным характером распределения и перемещением в геноме заставляют считать их важнейшим фактором нестабильности генома. Не смотря на значительное представительство транспозонов в геномах эукариот (до 90%) их функции описаны лишь поверхностно. Для изучения функций транспозонов необходим подходящий модельный объект. Объектом настоящей работы стала Himasthla elongata (Trematoda; Echinostomatidae). Жизненный цикл H.elongata сходен с таковым основных представителей трематод и протекает со сменой животных-хозяев и чередованием партеногенетических и гермафродитных поколений. Долгое время считали, что особи партеногенетического поколения трематод – редии или дочерние спороцисты, происходящие от одной материнской особи и обитающие в первом промежуточном хозяине (моллюске), равно как и производимые ими расселительные личинки – церкарии, представляют собой генетически идентичные клоны, являющиеся продуктом диплоидного (апомиктического) партеногенеза. Тем не менее, у ряда видов трематод с помощью молекулярных методов показано, что у особей партеногенетического поколения можно наблюдать генетическую неоднородность – клональную изменчивость. Остается неясным, какие последовательности генома являются источником этой изменчивости. Рабочая гипотеза настоящего исследования состоит в том, что за появление клональной изменчивости партенит трематод могут отвечать мобильные элементы генома, к которым относятся ДНК-транспозоны и ретротранспозоны. Чтобы проверить выдвинутую гипотезу, генотипировали клоны церкарий H.elongata методом S-SAP (Sequence Specific Amplification Polymorphism). В результате выявлен полиморфизм паттернов генотипирования церкарий. В полиморфных и консервативных фрагментах электрофоретического разделения продуктов S-SAP содержатся последовательности, имеющие высокую степень сходства с ретроэлементами CR1, gypsy и SR2. Проведен анализ клонированных фрагментов, определен размер генома H.elongata и примерное количественное содержание копий выявленных ретротранспозонов. Таким образом, на основании полученных результатов можно утверждать, что ретроэлементы генома H.elongata вносят вклад в клональную изменчивость партенит.

Направление: Биология

Кафедра: Цитологии и Гистологии

Научный руководитель: асс.каф. цитологии и гистологии Галактионов Н. К.

Дата защиты: 8-06-2013

Отзыв о магистранте: В 2011 году Аня успешно защитила диплом бакалавра и продолжила работу в группе «Некодирующей ДНК» института Цитологии РАН. За время бакалавриата Аня успешно освоила базовые методы молекулярной биологии и освоилась в лаборатории. Важно отметить, что за время бакалавриата ею был отработан весьма трудоемкий и не тривиальный метод — TID. Уже в бакалавриате Аня проявила высокую мотивированность и трудолюбие. Опыт экспедиционной работы научил ее принимать решения в нетривиальных рабочих ситуациях. В магистратуре Ане поставлена не простая и весьма трудоемкая задача — генотипировать партенит Himasthla elongata, а также выявить и секвенировать последовательности, имеющие полиморфное и консервативное распределенные в геномах клонов партенит H. elongata. Работая над поставленной задачей, Аня столкнулась с большим количеством как методических, так и жизненных трудностей. Не смотря на это, благодаря своему упорству и желанию получить результат Аня преодолела эти трудности, подтверждением чему служит принятая в печать статья по результатам ее работы. Аня умеет думать и критически относится к информации, однако ее поспешность в принятии решений порой мешает выбирать корректный путь проведения эксперимента. Будучи коммуникабельным и открытым для общения человеком, Аня без труда нашла общий язык с сотрудниками, участвует в общественной жизни лаборатории и стала полноправным членом коллектива лаборатории. Аня — грамотный специалист в области молекулярной и клеточной биологии, владеющий широким методическим арсеналом. Аня выразила желание продолжить исследования о вовлечении мобильных элементов в генетическую вариабельность и будет поступать в аспирантуру ИНЦ РАН в группу некодирующей ДНК.

Рецензент: Ефремов А.М. , кандидат биологических наук

Рецензия: Магистерская работа Анны Ивановны Соловьевой, посвящена исследованию клональной изменчивости Himasthla elongata (Trematoda, echinostomata) и, во многом, является продолжением её бакалаврской работы. Основная цель данного исследования – выявление полиморфизма клонов партенит H.elongata и характеристика последовательностей, потенциально являющихся источником этого полиморфизма. Как правило, трематоды имеют достаточно сложный жизненный цикл, со сменой хозяев, среди которых встречаются как позвоночные, так и беспозвоночные хозяева. H. elongata в своем жизненном цикле чередует стадии с половым размножением и партеногенезом. Партеногенетическое размножение H. elongata связано с апомиктическим (диплоидным) партеногенезом, что предполагает генетическую идентичность получающихся церкарий. Однако в ряде работ показано, что у некоторых трематод (включая и H. еlongata) церкарии отличаются друг от друга по целому ряду признаков (например, по поведению). Естественно предположить, что такая изменчивость может быть связана с генетическим разнообразием потомства. Некоторые исследователи предполагают, что эта изменчивость может быть обусловлена рекомбинацией транспозонов, но данный вопрос должен быть изучен дополнительно. Исследование механизмов клональной изменчивости, кроме безусловной важности для понимания биологии трематод, позволит узнать больше и о роли мобильных элементов в геномах эукариот. Выпускная квалификационная работа А.И. Соловьевой построена вполне традиционным образом. Введение позволяет понять важность проблемы исследования и амбициозность задачи, поставленной автором данной работы. Однако, отсутствие четко сформулированных целей и задач в этом разделе немного затрудняет восприятие дальнейшей работы и усложняет написание рецензии. Литературный обзор вполне подходит для квалификационной работы магистра, он написан подробно, доступно, достаточно проиллюстрирован. В данной работе автор ссылается на публикации в ведущих научных российских и зарубежных журналах, всего от 69 до 96 источников, но отсутствие пронумерованного списка литературы (что, безусловно, является грубой технической ошибкой) заметно затрудняет восприятие и анализ не только обзора, но всей работы. Кроме того, введение автором многочисленных подразделов и подподразделов в небольшом объеме текста (14 стр.) мне кажется излишеством. На мой взгляд, в самом обзоре не хватает информации по биологии самого объекта (например, не до конца понятно систематическое положение объекта в группе трематод) и более полной информации по известным геномам паразитических червей и в целом по отношениям геномов в системе паразит/хозяин. Методически работа выполнена на хорошем уровне, А.И. Соловьева вполне успешно сочетает и применяет методы современной биологии для исследования сложного и нетривиального объекта. Однако, приведенное в работе описание методов оставляет ряд вопросов. Проверялась ли чувствительность рестриктазы Hind III к метилированию (на сайте производителя нет данных о её отсутствии)? Чем обусловлен выбор для ПЦР время амплификации именно в одну минуту? Почему для ПЦР не использовалась High-Fidelity полимераза? Как контролировалось (положительные и отрицательные контроли) протекание рестрикции, лигирования и ПЦР? Нормировали ли образцы по количеству ДНК? Результаты работы занимают большую часть ВКР, изложены достаточно подробно и проиллюстрированы таблицами и схемами. К сожалению, допущенные автором опечатки и ошибки затрудняют восприятие этого раздела. В работе присутствуют два рисунка под номером 7, и не смотря на то, что они располагаются в разных разделах, это вносит ненужную путаницу и затрудняет понимание всей работы. А. И. Соловьева показывает имеющуюся у H. elongata клональную изменчивость методом S-SAP, доказывает присутствие CR1-подобного ретропозона в консервативных фрагментах, и интегразы gypsy-подобного ретротранспозона в вариабельных фрагментах. В работе впервые получены данные о размере генома данной трематоды. Не смотря на это, к автору исследования остается ряд вопросов. Почему в качестве контроля в экспериментах по оценке размера генома использовались ядра селезенки мыши, а не ядра из каких-либо близкородственных плоских червей? Почему на приведенной гистограмме под номером 7 не указаны погрешности? Почему, если речь идет о клональной изменчивости потомства, между собой сравниваются церкарии, а не церкарии с редиями? Не могут ли полученные различия быть обусловлены в том числе соматическими мутациями и/или контаминацией? Частично на данные вопросы отвечают опыты с FISH и дот-блот гибридизацией, где напрямую показано, что клонированные фрагменты присутствуют в геноме H. elongata, что, безусловно, подтверждает данные, полученные в предыдущем разделе. Раздел «Обсуждение» – это сопоставление и анализу полученных А.И. Соловьевой данных с имеющимися в литературе. Корректный, но не перегруженный деталями анализ, позволяет по-настоящему оценить масштаб и амбициозность проведенного исследования. Действительно, полученные результаты, после необходимой доработки, могут служить заделом для хорошей научной публикации (что, судя по списку литературы, уже происходит). Выпускная квалификационная работа магистра Анны Ивановны Соловьевой является самостоятельным и перспективным научным исследованием, которое может служить не только заделом для дальнейшей работы, но быть опубликованным в научной литературе. Выводы сделаны аккуратно и соответствуют задачам исследования. Однако, последний, пятый вывод, на мой взгляд, не является достаточно обоснованным, и служит, скорее, целью дальнейшей работы. Не смотря на имеющиеся косвенные данные, в данной работе роль мобильных элементов в клональной изменчивости не была показана напрямую. Это безусловно, не является критической ошибкой, и свидетельствует об энтузиазме и дальнейших амбициях А. И. Соловьевой. Не смотря на общее позитивное впечатление, в работе встречаются и стилистические шероховатости и досадные опечатки. Кроме указанной ранее путаницы с рисунками и отсутствием нумерации в списке литературы, к недостаткам работы можно отнести отсутствие расшифровки некоторых сокращений (CTAB), крайне небрежное оформление ссылок на цитированные источники в тексте (Анна Ивановна ссылается на работы Н. К. Галактионова и К. В. Галактионова, но невозможно понять, на кого именно). В тексте работы присутствуют опечатки (потдверждено) и есть определенные проблемы с форматированием: низкое разрешение рисунков, разнесение подписи и рисунка на разные страницы (например стр. 18) , отсутствуют пробелы, есть ошибки в форматировании списка литературы и стилистические неточности. Указанные недостатки ни в коей мере не умаляют важности проделанной автором научной работы. Выпускная квалификационная работа Анны Ивановны Соловьевой, с известными оговорками, заслуживает оценки «ОТЛИЧНО», а ее автор - искомого звания магистра биологии.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017