АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Борисова Елена Александровна

Квалификационная работа магистра: "Характеристика лектинов из гемоцитов Littorina littorea"

Аннотация: Одним из направлений сравнительной иммунобиологии является молекулярный анализ «простых» иммунных систем представителей Protostomata. В рамках проекта, исследующего эту проблему, осуществлено глубокое секвенирование (New Generation Sequencing; Illumina) и сборка de novo транскриптома гемоцитов Littorina littorea основных эффекторных клеток иммунной системы этого брюхоногого моллюска. Целью исследования является поиск наиболее вероятных кандидатов на роль важных молекул лектиновой природы, экспрессируемых в гемоцитах этого моллюска и задействованных в реакциях иммунной дискриминации «свой-чужой». С применением методов биоинформатики показано, что в гемоцитах литторины экспрессируются 10 из 14-ти известных на сегодняшний день семейств углевод-распознающих молекул. Лектины пяти из них потенциально задействованы в иммунных реакциях моллюска. Всего на данном этапе исследований обнаружено и проаннотировано 34 последовательности углевод-распознающих молекул. В частности, определена доменная архитектура белков, предсказаны их физико-химические параметры и проведен анализ сходства исследуемых молекул с модельными лектинами. В гемоцитах Littorina littorea обнаружены неописанные ранее секреторные и мембран-ассоциированные изоформы новых структурных вариантов F-лектинов и лектинов С-типа. Обнаружение таких молекул свидетельствует в пользу предложенной ранее гипотезы о поливариантности молекулярных стратегий защиты от патогена в эволюции иммунитета. Анализ уровня экспрессии исследуемых транскриптов позволил предположить, что вероятными кандидатами на роль важных молекул, задействованных в иммунной рецепции у литторин, являются F-лектины и лектины С-типа. Представители этих семейств белков стали объектами наших экспериментов, направленных на анализ функций выбранных молекул. В результате исследования С-лектина LitCTL1 и F-лекина LitFTP1, показано, что экспрессия этих белков повышается в гемоцитах в ответ на иммунную индукцию. С помощью рекомбинантных белков и антител к ним обнаружено, что LitCTL секретируется частью популяции гемоцитов в плазму литторины и обладает опсонизирующей и гемагглютинирующей активностью, участвует в процессе адгезии гемоцитов к субстрату, связывается с клеточной стенкой дрожжей и бактерии Escherichia coli. Рекомбинантный LitFTP способен распознавать и связывать клеточные стенки дрожжей Pichia pastoris.

Направление: Биология

Кафедра: Цитологии и Гистологии

Научный руководитель: в.н.с., к.б.н. А.М. Горбушин

Дата защиты: 8-06-2013

Отзыв о магистранте: Пять лет общения с Е.А.Борисовой в лаборатории и экспедициях убедили меня в том, она является перспективным молодым исследователем. Сфера научных интересов Елены Александровны не ограничивается её узкой специальностью и простирается в том числе и в соседние области. Многие проблемы современной биологии её живо интересуют, а энергичность натуры, трудолюбие и природное любопытство позволяют участвовать в нескольких исследовательских проектах. Е.А.Борисова умеет и, главное, любит анализировать научную литературу. Аналитический и, в изрядной мере, критический склад ума позволяет ей свободно ориентироваться в проблематике текущих исследовательских тем и сопоставлять эффективность тех или иных методических приемов. Очевидно, что такое сочетание качеств позволяет эффективно проводить, и главное, завершать исследования. Елена Александровна проявила себя как инициативный, почти зрелый специалист, способный решать сложные научные задачи в области молекулярной биологии и сравнительной иммунобиологии. Довольно высокий профессиональный уровень позволяет ей использовать широкий спектр методов, от рутинного гистологического анализа до современных молекулярных протоколов. Результаты её работы полно и своевременно опубликованы в тезисах международных и Всероссийских конференциях и семинарах. Во время работы над магистерской диссертацией Е.А.Борисова являлась соисполнителем двух исследовательских грантов РФФИ. Неоднократно побеждала в конкурсах студенческих работ им. Л.А.Орбели. Елена Александровна пользуется заслуженным уважением в лаборатории, её работу в стенах ИЭФБ РАН я оцениваю на «отлично».

Рецензент: Александр Панчин , кандидат биологических наук

Рецензия: Магистерская работа Елены Александровны посвящена поиску у брюхоногого моллюска Littorina littorea белков, относящихся к группе лектинов, обладающих способностью высокоспецифично связывать остатки углеводов на поверхности клеток. В обзоре литературы очень подробно, на уровне раздела в хорошем учебнике, описаны основные типы встречающихся в природе лектинов. Анализ прочитанных нуклеотидных последовательностей Littorina littorea позволил Елене Александровне предсказать наличие лектинов некоторых типов в организме Littorina littorea, а последующие экспериментальные процедуры позволили проверить верность этих предсказаний. На мой взгляд, работа Елены Александровны выполнена на уровне кандидатской диссертации, а результаты исследования я бы рекомендовал к публикации в хорошем рецензируемом научном журнале. Представленный текст свидетельствует как о глубоком и тщательном анализе литературы по тематике исследования, так и о владение широким спектром методов экспериментальной биологии и биоинформатики. У меня есть несколько замечаний к работе, которые, возможно, пригодятся автору при проведении дальнейших исследований. 1. На странице 40 работы описываются критерии принадлежности к известным семействам лектинов белков, кодируемых обнаруженными транскриптами: “Первый - наличие в транскрипте последовательности, кодирующей полноразмерный белок. Второй - значимое сходство транскриптов с несколькими гомологами из базы NCBI (удаленный поиск blastp) на протяженном участке последовательности. Наконец,третий – значимый уровень сходства консервативных аминокислотных мотивов (доменов), определяющих лектиновую функциональность молекулы. Здесь желательно уточнить, какое сходство транскриптов (а вернее, предсказанных белков, кодируемых этими транскриптами, если использовалась программа blastp) с гомологами из базы NCBI считалось значимым. Здесь же замечу, что NCBI это не название базы данных (это название сайта, института). Базой данных (белковых последовательностей) могла служить, например nr или refseq_protein. Мне это из текста работы не понятно. 2. Для поиска гомологов лектинов использовалась программа blastp. Хотя у меня не вызывает сомнений, что обнаруженные гомологи, действительно таковыми являются, существует методы более чувствительные, а именно PSI-blast и PHI-blast. Выбрав множество известных лектинов некоторого семейства, можно составить для них позиционную матрицу, с помощью которой можно искать более далеких гомологов. Возможно, эти подходы помогут обнаружить другие белки лектины у Littorina littorea, которые не нашлись при обычном поиске с использованием blastp. 3. На рисунке 36 представления "модуляция экспрессии С-лектина литторины в гемоцитах в присутствии иммунных индукторов”. Нет ли в данном случае необходимости учесть поправку на три множественных сравнения (контроль сравнивается с тремя воздействиями, вероятность по случайным причинам обнаружить отличие хотя бы с одним воздействием больше, чем p-value полученные при применении стандартного t-test). Учитывая то, насколько полученные значения похожи, я не уверен, что эти результаты безопасно интерпретировать как статистически значимые, но я могу ошибаться. Возможно, это уже учтено использованным тестом, в таком случае это стоит указать. Несмотря на некоторые замечания, работа выполнена на очень высоком уровне и без сомнений заслуживает оценки “отлично”.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017