АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Остромышенский Дмитрий Игоревич

Квалификационная работа магистра: "Картирование клонированных и предсказанных in silico тандемных повторов в кариотипах Mus musculus, Mus caroli и Mus spicilegus"

Аннотация: Тандемно-повторяющиеся последовательности представляют собой уникальный для эукариот класс последовательностей ДНК. Уникальность свойств – следствие их структурной организации: они состоят из многократно тандемно-повторяющихся (“голова-к-хвосту”) коротких последовательностей (мономеров). Их содержание в геноме у высших эукариот может достигать десятков процентов. Функциональное значение тандемных повторов в геномах эукариот остается не выясненными. Причиной этого является ограниченный арсенал методов их изучения. Тандемные повторы являются основными компонентами структурно значимых частей хромосом, таких как теломеры, центромеры и гетерохроматиновые районы. Для большей части фрагментов с тандемными не удается собрать достаточно длинные контиги, и правильно расположить их на хромосомах. Удобным объектом для изучения тандемных повторов и их эволюции является род Mus. Геном M.musculus отсеквенирован в 2003 году сравнительно хорошо собран, есть базы данных некартированных контигов. У M.musculus известно несколько крупных тандемных повторов. Клонированные сатДНК M.musculus у M.spicilegus обнаружили сходный с исходным видом сигнал. Однако, у M.caroli есть только перицентромерные сатДНК. Мы сконструировали пробы к найденным ранее бионформатическими методами тандемным повторам для проведения флуоресцентной гибридизации in situ (FISH). Показано, что тандемные детектируются на бо̀льшем количестве хромосом M.musculus, чем найдено в собранном эталонном геноме. Это связано с неполнотой геномной сборки. У близкородственного M.musculus вида M.spicilegus наблюдали схожий паттерн распределения сигналов; у более эволюционно далекого вида M.caroli детектировали только отдельные тандемные повторы на значительно меньшем числе хромосом; есть уникальные для вида тандемные повторы. Показано наличие тандемных повторов, детектируемых гибридизацией in situ, во фрагментарной базе данных генома M.caroli из Sequence Read Archive. Таким образом, у рода Mus подтверждается видоспецифичность набора тандемных повторов.

Направление: Биология

Кафедра: Цитологии и Гистологии

Научный руководитель: доктор биологических наук, профессор Подгорная Ольга Игоревна

Дата защиты: 8-06-2013

Отзыв о магистранте: Дима Остромышенский поступил в Санкт Петербургский Государственный Университет в 2001 г и учится там долго. 2 года он провел на Химическом факультете, потом поступил на Биолого-почвенный факультет. Его работа в нашей лаборатории началась в 2006 г, когда он был студентом кафедры зоологии позвоночных. С самого начало планировали, что он поможет нам разобраться с тандемными повторами мышей. Однако мы понимали, что молекулярным методам анализа мы можем его научить, а различать виды мышей – нет. Именно поэтому - зоологии позвоночных. В 2010 г. Дима успешно защитил бакалаврский диплом на тему “Сателлитная ДНК как филогенетический маркер и границы его применимости на примере трех родов Murinae”.ПослеэтогоДимасталстудентоммагистратурыкафедры Цитологии и гистологии, однако за время работы с зоологами он овладел специальной терминологией и умеет различать мышей в лицо. Многих своих мышей он ловил самостоятельно. Работа с зоологами была поддержана грантом РФФИ, для которого Дима являлся основным исполнителем.За время работы в Институте цитологии изучил базовые методы молекулярной биологии и генной инженерии, такие как клонирование ДНК, трансформацию E. coli, выделение плазмид, рестрикцию, лигирование, мечение ДНК, агарозный электрофорез, выделение и очистка зон после электрофореза, ПЦР с разработкой праймеров, гибридизацию по Саузерну, иммунопреципитацию, и, главное FISH. Дима свободно читает на английском, проблемы возникают при устном общении. Стажировка за границей должна помочь решить эту проблему. Владеет началами биоинформатики. Первым ведущим Димы была др. Инна Кузнецова. Она привила Диме тщательность в постановке эксперимента и ценное качество – нацеленность на результат. В настоящее время Дима является ключевой фигурой в Группе по экспериментальному изучению тандемных повторов. Его личностные характеристики позволяют ему хорошо работать в команде. Продуктивность работы Димы страдает от его психической нестабильности. Хочется пожелать ему преодолеть в будущем этот недостаток. Надеюсь на будущую плодотворную совместную работу.

Рецензент: А.В. Родионов , доктор биологических наук

Рецензия: Мало найдется объектов, геном которых так хорошо изучен с использованием самых разных подходов как геном мышей вида Mus musculus. Широко распространено мнение, что фракция тандемных повторов (ТП) в геноме мыши значительно менее разнообразна, чем в геномах других позвоночных, например, человека. Считают, что в геноме M. musculus расположенные в районе центромер монотонные кластеры минорного сателлита окружены также монотонными полями мажорного сателлита. Это твердо установленные факты, установленные цитогенетиками впервые более 40 лет назад и с тех пор неоднократно подтвержденные с использованием разных методов молекулярной цитогенетики и биоинформатики. Где, казалось бы, предмет исследования ? Однако, как показали работы О.И. Подгорной и сотрудников, работы лаборатории, в которой выполнена защищаемая сегодня работа, тандемные повторы в геноме мышей, и, шире, мир тандемных повторов в эукариотическом геноме в целом, по-видимому, устроен значительно сложнее, интереснее и, если угодно, таинственнее. Сотрудниками О.И. Подгорной недавно был проведен тщательные анализ секвенированных геномов мышей и было показано, что в геноме мышей присутствует еще несколько семейств тандемных повторов, каким-то образом непростым образом распределенных по геному (Komissarovetal., 2011 и др.). Естественно, что предсказания, полученные методами биоинформатики, нуждались в экспериментальной проверке, вновь открытые тандемные повторы в геномах мышей нужно было картировать insitu, интересно и важно также было определять, присутсвуют ли эти «новые» семейства тандемных повторов в геномах других видов рода Mus и где они расположены в геноме. Именно эта задача была поставлена перед Д. И. Остромышенским. Задача технически сложная, но актуальная и важная, и я должен сразу сказать, что он с ней блестяще справился. Вся работа в целом производит очень хорошее впечатление. Она хорошо продумана, цели и задачи предпринятого исследования ясно изложены. Обзор литературы логичен по составу, он умно и хорошим языком написан, его содержание отражает как молекулярно-биологическую, так и общебиологическую квалификацию автора. Раздел Материал и Методы и глава Результаты показывают, что претендующий на звание магистра СПбГУ Д.И. Остромышенский владеет разнообразными методами современной молекулярной цитогенетики (в том числе и вполне оригинальными), умеет работать и внятно рассказывать о результатах своей работы читателю. Подчеркну, что в работе использовалась не только «рутинная» FISH с обычными двухцепочечными пробами (метод, вообще-то, довольно сложный), но и успешно проведена гибридизация с одноцепочечными олиго-пробами, которые были разработаны диссертантом, а задача эта несравненно болеео трудная, где кроме уменья работать, требуется еще и талант и удача, талантам иногда сопутствующая. Полученные результаты иллюстрированы микрофотографиями высокого качества, квалифицировано и интересно обсуждены. Список цитируемых источников еще раз показывает, что диссертант хорошо образован, что квалификация его как цитолога не может вызывать сомнения. Если говорить об оформлении работы, то лишь одну странность я должен отметить. В традиции европейской науки, подписи помещают под рисунками, а названия таблиц, отражающие их содержание - над таблицами. Диссертант, почему-то, названия таблиц напечатал под таблицами. Из всех разделов работы, работы, как я уже сказал, очень высокого уровня, лишь раздел Выводы мне показался несовершенным. Все выводы, несомненно, обоснованы представленным материалом, но сформулированы некоторые из них излишне бегло, нечетко, неконкретно. Читать их неинтересно, смысл и значение некоторых из выводов можно понять только если читатель уже прочел разделы Результаты и Обсуждение. Например, прочтем и вдумаемся: Вывод 3. В секвенированном геноме Muscaroli обнаружены последовательности детектированные гибридизацией insitu. – О чем это? При буквальном прочтении – банальность. Не кажутся мне удачно сформулированными и вывод 4 и вывод 5. В последнем, в частности, говориться, нечто важное и действительно оригинальное: «Хромосомный “баркод”, образуемый тандемными повторами, видимо, видоспецифичен», но поскольку смысл вывода скрыт в развиваемой диссертантом и лабораторией, которую он представляет, оригинальном концепции «хромосомного «баркода»», то и в выводе в одной фразе хотелось бы видеть раскрытие этого понятия. Надеюсь, что во время доклада идея «хромосомного баркода» и ее значение для современной биологии клетки будет диссертантом раскрыто. В целом, диссертация Д.И. Остромышенского – высоко квалифицированное исследование, выполненное на стыке биоинформатики и экспериментальной молекулярной и клеточной биологии, выводы работы и положения, выносимые на защиту достоверны, хорошо обоснованы экспериментально, квалифицированно обсуждены. Часть результатов работы представлены в опубликованных 2х статьях. Работа, несомненно, заслуживает отличной оценки – это одна из лучших работ, представленных к защите в качестве Выпускная квалификационной работы магистра Санкт-Петербургского университета за последние годы.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017