АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Сказина Мария Александровна

Квалификационная работа магистра: "Характеристика новых фибриноген-родственных лектинов из гемоцитов Crassostrea gigas"

Аннотация: Анализ эффективности механизмов «простых» иммунных систем Protostomia актуален для реконструкции важных адаптаций, сопровождавших эволюционное становление иммунитета. Кроме того, углубленное знание об особенностях молекулярного ответа первичноротых на внедрение патогена, потенциально, позволяет разработать инновационные методы борьбы с эпизоотиями экономически важных культивируемых видов и с переносчиками заболеваний, опасных для человека и домашних животных. Одним из классов молекул, участвующих в иммунной дискриминации «свой-чужой» у первичноротых животных, является семейство фибриноген-родственных лектинов (FREP). Для этих молекул характерно наличие углевод-распознающего С-терминального фибриногенового домена. Для адекватного сравнительного анализа структуры и иммунной функции FREP-лектинов беспозвоночных данные, существующие на сегодня, недостаточны. Наименее изученными являются двустворчатые моллюски, которые являются ценными объектами марикультуры. Одним из таких объектов является Тихоокеанская устрица Crassostrea gigas. В рамках этой работы мы преследовали цель охарактеризовать FREP-лектины этого моллюска. Из транскриптома гемоцитов устрицы с помощью ген-специфичных праймеров мы амплифицировали, клонировали и секвенировали два транскрипта (CgFREP1.1 и CgFREP1.2), кодирующие белки с С-терминальным фибриногеновым доменом. Последовательности данных транскриптов значимо сходны с последовательностью уже известных FREP-лектинов беспозвоночных. С помощью тех же праймеров из ДНК гемоцитов мы амплифицировали, клонировали и секвенировали полную последовательность гена (CgFREP_gene) FREP-лектина. CgFREP_gene содержит четыре экзона. В интронах не обнаружено последовательностей способных участвовать в альтернативном сплайсинге. Биоинформационный анализ генома C. gigas обнаружил, по меньшей мере, 14 различных генов, кодирующих фибриноген-родственные лектины. Таким образом, FREP-гены устрицы представляют собой мультигенное семейство. Для характеристики FREP-лектинов C. gigas мы провели серию экспериментов in vitro, нацеленных на полуколичественный ПЦР анализ модуляции экспрессии этих генов в гемоцитах, при контакте клеток с потенциальными иммунными индукторами. Протестированы компоненты клеточных стенок бактерий липополисахариды, пептидогликаны и липотейхоевая кислота. Обнаружено, что экспрессия FREP-лектинов в гемоцитах C. gigas конститутивна и не модулируется в присутствии этих индукторов. Вероятно, экспрессия FREP-лектинов индуцируется более специфичными механизмами и поиск эффективного индуктора должен быть продолжен. На основе полученных результатов мы делаем следующие выводы. 1. В гемоцитах Crassostrea gigas обнаружено два новых транскрипта лектинов - CgFREP1.1/1.2, содержащих характерный С-терминальный фибриногеновый домен; 2. Ген, кодирующий FREP-лектин C. gigas, обладает интрон-экзонной структурой, характерной для ядерных геномов эукариот. Интроны гена не содержат регионов, способных участвовать в альтернативном сплайсинге. FREP-гены устрицы представляют собой мультигенное семейство; 3. Экспрессия обнаруженных FREP-лектинов конститутивна: количество транскриптов CgFREP1.1/1.2 не изменяется в ответ на контакт гемоцитов с компонентами клеточных стенок бактерий. Предположительно, модуляция экспрессии генов, кодирующих исследованные транскрипты, индуктор-специфична.

Направление: Биология

Кафедра: Зоологии Беспозвоночных

Научный руководитель: к.б.н. А.М.Горбушин

Дата защиты: 14-06-2013

Отзыв о магистранте: Два года общения с М.А.Сказиной в лаборатории убедили меня в том, что она является перспективным молодым исследователем. Сфера научных интересов Марии Александровны не ограничивается ее узкой специальностью и простирается в том числе и в соседние области. Многие проблемы современной биологии ее живо интересуют, а энергичность натуры, трудолюбие и природное любопытство позволяют участвовать в нескольких исследовательских проектах. М.А.Сказина умеет анализировать научную литературу. Аналитический и, в изрядной мере, критический склад ума позволяет ей свободно ориентироваться в проблематике текущих исследовательских тем и сопоставлять эффективность тех или иных методических приемов. Очевидно, что такое сочетание качеств позволяет эффективно проводить, и главное, завершать начатые исследования. Мария Александровна проявила себя как инициативный, почти зрелый специалист, способный решать многие задачи в области молекулярной биологии. Довольно высокий профессиональный уровень позволяет ей использовать широкий спектр методов, от рутинного гистологического анализа до современных молекулярных протоколов. Результаты ее работы полно и своевременно опубликованы в тезисах Всероссийских конференций. Во время работы над магистерской диссертацией М.А.Сказина являлась соисполнителем двух исследовательских грантов РФФИ. Дважды занимала призовые места в конкурсах студенческих работ им. Л.А.Орбели и является стипендиатом Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей (стипендия им. Полянского Ю.И.). Мария Александровна пользуется заслуженным уважением в лаборатории, ее работу в стенах ИЭФБ РАН я оцениваю на «отлично».

Рецензент: д.б.н. Н.А. Михайлова

Рецензия: Магистерская диссертация Сказиной Марии Александровны посвящена изучению особого семейства белков беспозвоночных – фибриноген-родственных лектинов, синтез которых активируется при попадании в организм патогенов, несущих на своей поверхности углеводы. Функции белков этого семейства - участие в защитных реакциях организма в ответ на появление чужеродных молекул. Объектом исследования послужил тихоокеанский двустворчатый моллюск сем. Ostreidae – Crassostrea gigas, известный как гастрономический деликатес - устрица. Этот вид моллюсков широко культивируют в разных странах и экономическое значение его переоценить трудно. Отмечу, что замечательное свойство объектов, имеющих социальную и экономическую значимость, часто помогает ученым продвигать самые смелые научные проекты и делать открытия, забегая вперед, скажу, что и демонстрирует представленная к защите работа. Устрицы являются неспецифическими фильтраторами, это означает, что моллюски заглатывают любые частицы из толщи морской воды, включая бактерий, вирусов, паразитических простейших, личинок паразитических организмов и т.д. В борьбу за выживание моллюсков, при попадании патогенов в ткани внутренней среды, вступают механизмы распознавания «свое-чужое». Какие молекулы участвуют в этом процессе, какие механизмы лежат в основе узнавания чужеродных молекул? Ответов на поставленные вопросы пока крайне мало, чем и определяется актуальность выбранной Сказиной М.А. темы магистерской диссертации, а также цели исследования и поставленных в работе соответствующих задач. Работа выполнена с использованием клеток гемолимфы моллюсков C. gigas. Цель работы - охарактеризовать последовательности фибриноген-родственных лектинов из гемоцитов моллюсков. Основные задачи исследования сводились к поиску специфических экспрессируемых последовательностей FREP-лектинов (Fibrinogen-related proteins) в транскриптомах гемоцитов C. gigas, прочтению полной ДНК последовательности гена, кодирующего FREP-лектин и оценке изменение уровня экспрессии этих белков в гемоцитах моллюсков, в ответ на появление разных «патогенов». Работа состоит из 7 классических разделов, включая «Введение», «Обзор литературы», «Материал и методы», «Результаты», «Обсуждение», «Выводы» и «Список использованной литературы». В работе имеется «Приложение». Все разделы работы написаны хорошим литературным языком, в сжатом и лаконичном стиле, что облегчало восприятие содержания, учитывая большой объем специализированной терминологии и биохимических данных. Во «Введении» кратко изложена история обнаружения фибриноген-родственных белков, экспрессия которых была впервые показана для моллюсков Biomphalaria glabrata, зараженных трематодами (Adema et al., 1997), сформулированы цель и задачи исследования. История изучения FREP-лектинов укладывается всего в 15 летний период, и автор смело ставит перед собой задачу найти и охарактеризовать фибриноген-родственные лектины из тихоокеанской устрицы, о которых ничего не было известно. В разделе «Обзор литературы» автор дает исчерпывающий анализ лектинов и подробное описание фибриноген-родственных лектинов, обнаруженных у разных беспозвоночных (губки, хелицеровые, ракообразные, насекомые). Особое внимание уделено вариабельности FREP-лектинов легочного моллюска Biomphalaria glabrata и разным иммунным реакциям моллюска на заражение разными видами трематод. Подробно изложены сведения о FREP-лектинах двустворчатых моллюсков и вторичноротых. Автор демонстрирует хорошее знание литературы, свободно оперирует деталями строения сложных белковых молекул, проводит сравнение их организации и механизмов активации экспрессии. Единственный недостаток данного раздела – его незавершенность. Обзор литературы обрывается описанием белков, содержащих фибриногеновый домен, вторичноротых животных. Хотелось бы в конце раздела «услышать» авторское резюме к описанному многообразию. Раздел «Материал и методы» впечатляет набором использованных в работе методов исследования, включающих микроскопический анализ клеточного состава гемолимфы моллюсков, методов выделения РНК, ДНК, амплификации и клонирования ДНК, а также огромный арсенал биоинформатических методов, включающий анализ экспрессирующихся последовательностей (EST базы), поиск гомологичных последовательностей в геномных базах, анализ последовательностей, виртуальные трансляции, анализ доменной архитектуры аминокислотных последовательностей и т.д. В разделе «Результаты» приводится первое описание фибриноген-родственных белков, обнаруженных у тихоокеанской устрицы C. gigas. Даны подробные и обстоятельные характеристики транскриптов и гена, кодирующего FREP-лектины, вариабельности транскриптов и филогенетический анализ фибриногенового домена. В работе не обнаружено различий в паттернах экспрессии FREP-лектинов, в ответ на присутствие клеточных стенок бактерий. Данные трактуются как проявление конститутивного характера экспрессии. Полученные результаты не вызывают сомнений. Впечатляют контроли, присутствующие на всех уровнях проведения экспериментальной работы; контроли продуманы и убедительны. Однако, в процессе прочтения возникли вопросы, требующие уточнения и авторского мнения: 1. Клеточный состав гемоцитов моллюсков представлен клетками двух морфотипов. Не считаете ли вы, что каждый из морфотипов может определять свой собственный паттерн FREP-лектинов? Не пытались ли вы разделять клеточную популяцию? 2. В чем может быть причина снижения концентрации гемоцитов у отдельных особей моллюсков? 3. Если нет изменения характера экспрессии FREP-лектинов C. gigas в ответ на присутствие бактерий, то, на какой индуктор вы ожидали бы увидеть эффект? Не допускаете ли вы наличия только конститутивного характера экспрессии и если «да», то есть ли аналогичные примеры? 4. Не допускаете ли вы, что FREP-лектины у видов с внешним оплодотворением (в частности, у двустворок) могут быть барьером на пути распознавания чужеродных гамет, а это значит, что их экспрессия может сильно зависеть от сезона года? При прочтении работы у меня возникло несколько мелких замечаний, которые автору необходимо учесть на будущее, поскольку они касаются технического оформления рукописи. В частности, общеприняты сокращения для ссылок на рисунки «Рис.», а не «рис.» как использует автор; «Табл.», а не «таб.». Кроме того, нет стандартного написания латинского названия объекта исследования – на одной странице можно встретить несколько вариантов - C. gigas, Crassostrea gigas и C.gigas. Вместе с тем, правильнее вначале страницы дать полное латинское название, а до конца страницы использовать сокращенное. Не всегда удачные подписи к рисункам, так на цветном Рис. 6 в подписях говорится о «фиолетовых квадратах, зеленых прямоугольниках», хотя на рисунке широкая палитра оттенков, и, строго говоря, не сразу понимаешь, о чем идет речь. Затрудняет восприятие материала. Список использованной литературы включает 60 работ, только 1 из которых на русском языке, остальные – публикации в англоязычных журналах. 4 ссылки имеются в тексте работы, но отсутствуют в списке литературы, включая 1 ссылку на работу научного руководителя Gorbushin et al., 2011. В целом, не смотря на мелкие замечания, представленная работа заслуживает высокой оценки, поскольку представляет междисциплинарное исследование и выполнена на высоком методическом уровне; автор отлично ориентируется в проблематике избранной области исследования, прекрасно представляет себе круг задач и методических подходов, с которыми он столкнулся при выполнении выпускной работы, фактический материал работы представлен и обсужден полно и всесторонне. В работе Сказиной М.А. получены новые, приоритетные данные, которые, надеюсь, обязательно будут опубликованы в открытой печати. Автор продемонстрировал высокую квалификацию и хороший уровень теоретической подготовки. Работа полностью соответствует требованиям, предъявляемым к магистерским диссертациям Санкт-Петербургского государственного Университета, и заслуживает оценки «отлично».

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017