АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Гудкова Алина Алексеевна

Квалификационная работа магистра: "Первичная идентификация бактериального симбионта морской губки Halisarca dujardini методами молекулярной и клеточной биологии"

Аннотация: Древность губок (Porifera) как группы беспозвоночных животных, обязательное присутствие в их теле бактериальных симбионтов и накапливающиеся данные об их вертикальной передаче у ряда видов губок говорят о древности и специфичности таких симбиозов. В большинстве случаев губка является хозяином симбиотического бактериального сообщества со сложными экологическими и метаболическими взаимодействиями внутри него и с организмом хозяина. Существуют, однако, и губки, имеющие бактериальных симбионтов только одного вида и, таким образом, представляющие собой удобную модель для изучения симбиоза. Такой губкой является объект нашего исследования – Halisarca dujardini (Demospongiae, Halisarcida), обитающая в морях умеренных широт. Целью настоящей работы стало установление с использованием методов молекулярной и клеточной биологии групповой принадлежности симбионта H. dujardini. В число задач был включён морфологический анализ губки как среды обитания симбионта, а также молекулярно-биологический анализ последовательности его 16S рРНК. В рамках работы была изучена на электронно-микроскопическом уровне ультраструктура симбионта H. dujardini, с помощью методов гистохимии были охарактеризованы компоненты мезохила губки — волокнистый и клеточный — как среда, в которой происходит взаимодействие симбионта с организмом хозяина. Из тотальной ДНК нескольких особей H. dujardini из Белого моря были выделены фрагменты последовательности 16S рРНК симбионта. Секвенирование фрагментов, выравнивание и сравнительный анализ прочтённых последовательностей показали, что из тотальной ДНК всех проанализированных особей был выделен фрагмент последовательности 16S рРНК, принадлежащий одному виду бактерий. Сравнение последовательности симбионта H. dujardini с наиболее близкими к ней по гомологии последовательностями из GenBank показало, что генетическая дистанция между симбионтом и ближайшим к нему некультивируемым бактериальным штаммом велика и определение видовой принадлежности симбионта будет затруднено. Результаты молекулярно-филогенетического анализа последовательности его 16S рРНК позволили безошибочно отнести симбионта H. dujardini к классу “Alphaproteobacteria” бактериальной филы BXII Proteobacteria. Таксономический анализ наиболее близких к симбионту штаммов культивируемых бактерий показал, что большинство из них, в том числе все ближайшие, принадлежат к семейству “Rhodospirillaceae” — пурпурным несерным бактериям, являющимся аноксигенными фототрофами. Из числа десяти ближайших к симбионту штаммов шесть были выделены из других беспозвоночных животных, причём первый из них — из другой морской губки. Эти факты согласуются с имеющимися данными о высокой частоте симбиозов с участием альфапротеобактерий у губок и других морских беспозвоночных животных, а также открывают перспективы для дальнейшего исследования систематической принадлежности симбионта H. dujardini.

Направление: Биология

Кафедра: Цитологии и Гистологии

Научный руководитель: к. б. н. Вишняков А. Э.

Дата защиты: 13-06-2013

Отзыв о магистранте: Алина начала выполнять работу по теме диссертации примерно год назад, Проявив нескрываемый интерес к проблемам симбиоза у губок, она сразу активно начала участвовать в разработке этой темы. В ходе работы она не просто начала знакомиться с объектом исследования, а, можно сказать, нашла максимальные точки соприкосновения с ним и стала видеть и понимать его специфику достаточно быстро. В ходе полевой научной практики она собирала и фиксировала материал на Белом море, успешно выполняла наблюдения in vivo и экспериментальные исследования. В ходе обработки собранного материала Алина с таким же желанием и усердием стала изучать публикации по симбиозу у губок и других животных, При этом она была очень многогранна в выборе направлений, которые предлагало современное состояние вопроса, что нашло отражение в возможности оперировать, сопоставлять, выдвигать идеи, используя статьи не только по симбиозу у губок и бактерий, но и по некоторым аспектам биологии прокариот, молекулярным механизмам взаимодействия организмов, биохимии и т,п. Аналогичная ситуация наблюдалась и в работе руками. Несмотря на то, что практически все методы, которые должны были использоваться в ходе работы, были для Алины новыми, она с головой окунулась в их освоение. Она читала методические пособия, посещала дополнительные курсы лекций и практических занятий, общалась с коллегами и друзьями, которые были юмпетентны в этих вопросах и всячески помогали ей в их освоении. Кроме этого она была очень упорна в те моменты, югда тот или иной метод не давался сразу, и прикладывала максимум энергии и усилий, что, в конечном итоге, выливалось в положительный результат работы. В конечном итоге, освоив методы электронной микросюпии, гистологической и гистохимичесюй обработки материала, молекулярные методы работы с ДНК и методы обработки и интерпретации данных, Алина реализовала свое желание и стремление работать по этой теме исследования в текст магистерской диссертации, предварительно сделав несколько докладов на кафедрах зоологии беспозвоночных и цитологии и гистологии. Работать и общаться с Алиной было очень интересно в научном и просто в человеческим смысле, и мне хочется ей пожелать, чтобы эта магистерская работа получила свое дальнейшее развитие в будущем.

Рецензент: Е.В.Сабанеева , кандидат биологических наук

Рецензия: Работа посвящена проблеме симбиоза - одной из «горячих точек» современной общей биологии. Все чаще и чаще термин симбиоз употребляют в исходном смысле этого слова, в том, в каком этот термин был предложен еще де Бари, а само совместное существование двух организмов рассматривают как одну из наиболее эффективных движущих сил эволюции. Поэтому актуальность работы не вызывает сомнений, Что касается объекта исследования, то губки как нельзя лучше подходят для исследования симбиотических отношений у многоклеточных животных, поскольку являются фильтраторами, а потому чрезвычайно подвержены заселению бактериями. Таким образом, выбор объекта исследования, несомненно, удачен. К сожалению, невозможность откорректировать название темы на последних этапах работы приводит к тому, что смещение акцентов, как правило, случающееся ближе к финалу, часто не находит своего отражения в названии, Так случилось и в данном случае и, на мой взгляд, это единственный очевидный недостаток работы, Работа написана по традиционному плану и состоит из риделов «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты», «Обсуждение», «Выводы», «Список литературы» и четырех приложений, в которых приводится исчерпывающая информация относительно выравнивания последовательностей 16S рРНК бактериального симбионта губки Hallsarca dujardini и результатов поиска в базе данных BLAST последовательностей 16S рРНК, гомологичных последовательности симбионта. Работа написана очень хорошим языком, свидетельствующим о научной зрелости автора, и производит очень хорошее впечатление и по форме, и по содержанию. Обзор литературы написан так живо и увлекательно, что автор заражает читателя своей любовью к исследуемому объекту. О разносторонности интересов автора свидетельствует и выбор методов исследования — методы биоинформатики и гистологии. Использование методов молекулярной биологии и биоинформатики в данной работе полностью оправдано: их применение в настоящее время абсолютно обязательно для характеристики вновь обнаруженного микроорганизма, особенно эндобионтов, не поддающихся культивированию в искусственных средах. В связи с этим возникает вопрос о том, насколько облигатны для бактерии и для губки Halisarca dujardini симбиотические отношения и не было ли попыток культивирования бактерий, выделенных из мезохила на искусственной среде. Кроме того, осталось непонятно, почему использовались два разных метода для выделения ДНК и сказалось ли применение первого метода на качестве образца 16S рРНК? С моей точки зрения, попытка охарактеризовать мезохил губок как среду обитания — чрезвычайно интересный и многообещающий подход. Однако понятно, что одновременное ведение работы в двух столь разных направлениях, да еще за весьма ограниченной период времени — задача не из простых. Тем не менее, автору удалось частично охарактеризовать волостей компонент и клетки мезохила губы, Судя по проведенному гистохимическому анализу, содержимое включений сферулярных и гранулярных клеток одинаково. Не могут ли гранулярные клетки быть предшественниками сферулярных? И, продолжая эту мысль, микрогранулярные предшественниками гранулярных? Методы исследования изложены весьма обстоятельно Достоверность полученных автором результатов не вызывает сомнений, Представленные микрофотографии высокого качества. Очень интересным показался и раздел «Обсуждение». Автор исключительно корректно и всесторонне обсуждает полученные результаты. Очень любой пны рассуждения автора о возможной родине данной симбиотической системы и путях ее расселения. В целом работа производит очень хорошее впечатление, Автор продемонстрировал свое прекрасное знание литературы, владение такими разными методами как методы биоинформатики и гистологии, Работа очень аккуратно оформлена, в ней отсутствуют опечатки, На основании всего сованного выше считаю, что магистерская диссертация заслуживает оценки "отлично", а ее автор диплома магистра.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017