АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Кимеклис Анастасия Кирилловна

Квалификационная работа магистра: "Vavilovia formosa и ее микросимбионты: полиморфизм эндемичной популяции в хромосомных и симбиотических участках генома"

Аннотация: Vaviolvia formosa (Stev.) An. Fed. – Вавиловия прекрасная – редкое бобовое растение из трибы Fabeae, произрастающее одиночными популяциями в некоторых регионах Кавказа. Как и другие бобовые, Вавиловия прекрасная формирует мутуалистический симбиоз с азотфиксирующими бактериями. Бобово-ризобиальный симбиоз – очень сложная, отлаженная система взаимодействия растения и бактерии, и изучение различных его вариантов является основополагающим в понимании эволюции этого процесса. В связи с ограниченной доступностью материала и неспособностью вавиловии образобывать клубеньки в лабораторных микровегетационных опытах, до сих пор о её симбионтах ничего не известно. В 2012 году в одном из горных регионов Северной Осетии была обнаружена небольшая популяция вавиловии. В результате экспедиции было собрано 5 образцов растений с клубеньками. В лабораратории ризосферной микрофлоры ГНУ ВНИИСХМ из клубеньков было выделено в чистые культуры 16 штаммов ризобий. Нашей целью была генетическая характеристика бобово-ризобиального симбиоза, формируемого вавиловией, в которую входили анализ растительного рецептора nod-фактора и таксономическое определение наиболее вероятной группы её симбионтов. В ходе работы нами было показано, что участок гена nfr5, кодирующего рецепторный домен гетеродимерного рецептора nod-фактора, у всех изученных растений вавиловии имеет высокое сходство с аналогичным геном гороха посевного (Pisum sativum L.). Эти данные соответствуют полученным результатам по сходству последовательности ITS у вавиловии и гороха. Анализ 16 изолятов показал, что 12 из них образуют мажорную группу быстрорастущих ризобий, обособленность которой подтверждается AFLP анализом. Секвенирование их последовательностей 16S рДНК и ITS показал, что все ризобии этой группы относятся к виду Rhizobium leguminosarum. Три изолята из ризобии малой группы имели высокое сходство с р. Bradyrhizobium, а один – с р. Mesorhizobium. Определение нуклеотидной последовательности 6 симбиотических генов (nodA, nodC, nodD – гены клубенькообразования и nifD, nifH, nifK – гены азотфиксации) показало, что все изоляты мажорной группы, а так же один из изолятов р. Bradyrhizobum несут гены, характерные виду Rhizobium leguminosarum bv. viciae. Учитывая близкое родство вавиловии и гороха, можно предположить, что эволюционная история образования данного симбиоза происходила в рамках именно этого вида ризобий. Сравнительный анализ генов вавиловии и генов из полных геномов других ризобий вида Rhizobium leguminosarum показал, что опероны nod и nif , скорее всего, имеют независимую друг от друга и от хромосомы историю формирования, обусловленную горизонтальным переносом. Помимо этого у изолятов мажорной группы и изолята, относящемуся к р. Bradyrhizobum, было показано наличие гена nodX, продукт которого осуществляет декорирование nod-фактора, делающего его доступным для узнавания рецептором гороха древней «афганской» группы. Несмотря на то, что поиск аллеля гена этого рецептора ведётся уже более 30 лет, он до сих пор не был обнаружен. Полученные данные позволяют предполагать, что в геноме вавиловии есть гомолог этого аллеля, что, возможно, упростит и ускорит процесс его нахождения.

Направление: Биология

Кафедра: Микробиологии

Научный руководитель: Андронов Евгений Евгеньевич, к.б.н.

Дата защиты: 18-06-2013

Отзыв о магистранте: Кимеклис Анастасия Кирилловна начала свою научную деятельность в лаборатории микробиологического мониторинга и биоремедиации почв ГНУ ВНИИСХМ весной 2010 года, будучи студентом 3 курса СПбГУ. После защиты ВКР успешно поступила в магистратуру, продолжив свою научную деятельность в институте. На 5 году обучения в СПбГУ прошла стажировку в Университете Тромсё в Норвегии. Для выполнения дипломного проекта была выбрана совершенно новая тема, радикально отличающаяся от темы бакалаврской работы – исследование генетического разнообразия симбионтов редкого растения эндемика Кавказа – вавиловии прекрасной. В время выполнения магистерского проекта Анастасия показала себя исключительно аккуратным и настойчивым экспериментатором. Ею была проделана большая и кропотливая работа, в том числе и в области биоинформатики, которая в настоящее время является одним из основных компонентов научного исследования. При этом Анастасия продемонстрировала отличные способности к самостоятельному освоению материала, что является в наше время чрезвычайно ценным свойством молодого исследователя. Рабочий журнал Анастасии, безусловно, лучший, из тех, что мне приходилось видеть. Наконец, в качестве критического замечания следует отметить, что даже к концу выполнения дипломного проекта нам не удалось победить склонность Анастасии готовить ключевые материалы работы в последний день с изрядной долей небрежности. Однако мы надеемся, что станем свидетелями преодоления этого бастиона на пути становления молодого и очень перспективного исследователя.

Рецензент: О.Н. Курчак , кандидат биологических наук

Рецензия: В настоящее время нет необходимости много говорить о важности изучения биологической азотфиксации, но следует отметить возрастание интереса к новым эндемическим бобовым культурам. Среди них находится и объект данной работы – дикий горошек Vavilovia formosa. Ареал распространения этой культуры очень ограничен, в основном горные районы Кавказа и небольшие изолированные популяции на территории России. Этот вид занесён в Красную Книгу Армении. Поэтому изучение таксономии этой бобовой культуры с использованием современных молекулярно-биологических методов представляет немалый интерес, как с научной точки зрения – понимание эволюции трибы Fabeae, так и сохранение генофонда уникального растительного мира планеты. Vavilovia formosa вступает в симбиоз с клубеньковыми бактериями, но, несмотря на большое количество работ, посвященных клубеньковым бактериям, таксономия микросимбионтов данной бобовой культуры и их генетическое разнообразие изучено явно недостаточно. Теперь наступил период активного внедрения молекулярно-генетических методов в изучении полиморфизма макро- и микро- симбионтов. В связи с этим желание начать генетические исследования с эндемическими видами бобовых и их клубеньковых видов бактерий следует только приветствовать. Работа Кимеклис А.К. занимает 71 стр. машинописного текста. Построена она традиционно. Введение занимает 1 стр., обзор литературы – 1 стр., материалы и методы – 11 стр., результаты и обсуждение – 15 стр., выводы – 1 стр. Список литературы насчитывает 121 наименование, из которых 19 наименованй на русском языке и 102 – иностранные источники. Уже одно это свидетельствует о том, что большое внимание в работе уделено работе с литературой. Во введении автор лаконично формулирует главную цель своей работы – анализ таксономии и разнообразия бобово-ризобиального симбиоза, формируемого Vavilovia formosa. Обзор литературы, состоящий из 3-х частей: генетические системы бобово-ризобиального симбиоза (1), исследования их разнообразия (2) и описание объекта исследований данной работы – вавиловии Vavilovia formosa (3) – наиболее интересная часть обзора для человека, незнакомого с разнообразием эндемических бобовых культур. Читается легко, с интересом, и никаких серьезных замечаний не вызывает. Однако, следует обратить внимание, что в первом разделе автор делает акцент только на nod- и nif- опероны, хотя существуют другие, не менее важные в симбиозы гены клубеньковых бактерий, вовлеченных в симбиоз. Например, exo/exp кластер генов синтеза экзополисахаридов, ряд lps-локусов для синтеза и сборки липополисахаридов, гены биосинтеза циклических глюканов – chv/ndv локус и др. Возможно, что автор описывала только те кластеры, которые она в дальнейшем использовала в своей работе для анализа полиморфизма клубеньковых изолятов вавиловии. В заключении к обзору автор показывает значимость выполняемой им работы. Материалы и методы, использованные в работе, описаны достаточно подробно и четко. Автор освоила методы работы с растительным и бактериальным материалами. Раздел результаты и обсуждение, на наш взгляд, больше всего вызывает вопросы, несмотря на то, что автор добилась поставленной перед собой цели – определение таксономического положения вавиловии и её микросимбионтов, изучение разнообразия ризобий по хромосомным и плазмидным локусам. Из представленной работы следует, что из различных клубеньков одного и того же растения можно выделить бактерии, принадлежащие как к быстро, так и к медленно растущим видам: например, 1/1, 1/3, 1/4 и 1/2, соответственно. По мнению рецензента, это смелое предположение, которое требует дополнительных исследований с использованием экспериментов по инокуляции данными бактериями своего растения-хозяина и желательно иметь значительно более богато представленные выборки штаммов. Интересные данные получены автором по выявлению гена nodX R.leguminosarum bv. viciae, ответственного за формирование клубеньков «афганского» гороха, у микросимбионтов вавиловии, что свидетельствует о возможности наличия гомолога аллеля sym2 «афганского» гороха в геноме вавиловии. Работа Кимеклис А.К. хорошо иллюстрирована рисунками, однако, есть замечания к подписям рисунков – они должны быть более содержательными. Это же касается и заголовков к подразделам. Такое впечатление, что автор писал это только для себя – в виде кратких заметок. Эти мелкие замечания не уменьшают важной данной работы. Материал отличный, работа написана небрежно. Мной данная работа получена за 2 дня до защиты. Надеюсь, что Анастасия в будущем будет более организованна. Оценивая данную работу в целом, следует признать, что она выполнена на высоком методическом уровне и заслуживает хорошей оценки. «Отлично».

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017