АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Карасева Алена Борисовна

Квалификационная работа магистра: "Молекулярно-генетический анализ индигенных и пробиотических штаммов Enterococcus faecium и Enterococcus faecalis на наличие в их геномах генов патогенности и плазмид "

Аннотация: Энтерококки, как представители нормальной микробиоты ЖКТ человека, играют важную роль в обеспечении процессов пищеварения. Однако в некоторых случаях симбиотические отношения между этими бактериями и организмом хозяина нарушаются, и энтерококки, попадая в другие органы, становятся причиной инфекций урогенитального тракта, бактериальных эндокардитов и менингитов. Предполагается, что за развитие инфекцион-ного процесса отвечает способность энтерококков к синтезу специфических веществ, на-зываемых факторами патогенности. Гены, кодирующие эти факторы, в некоторых случаях локализованы на плазмидах и способны путем конъюгации передаваться от одних штам-мов к другим. Однако в настоящее время связь наличия плазмид и факторов патогенности с конкретными заболеваниями остается не ясной. Для проверки этой связи нами был предпринят анализ штаммов энтерококка различного происхождения на наличие плазмид и генов, кодирующих факторы патогенности. В данной работе, на материале, включаю-щем клинические, индигенные штаммы, выделенные из организмов людей и модельных животных (крыс породы Whistar), а так же пробиотические штаммы энтерококка, был проведён анализ методом ПЦР для определения видовой принадлежности данных штам-мов и наличия у них генов, кодирующих факторы патогенности. Анализ плазмид у данных штаммов проводили методом фракционирования ДНК при помощи линейного и пульс-электрофореза в агарозном геле, а так же методом ПЦР определяли гены репликации плазмид. В дополнительном эксперименте у одного из клинических штаммов была про-тестирована плазмидная и хромосомная ДНК на наличие нескольких генов, кодирующих факторы патогенности. В итоге, в рамках данной работы был проведен сравнительный анализ частот встречаемости генов, кодирующих факторы патогенности у энтерококковых штаммов различного происхождения, сопоставлены два различных метода поиска плазмидной ДНК и сделаны выводы об их эффективности. Продемонстрировано, что штаммы Enterococcus spp. могут содержать плазмиды в широком диапазоне размеров (от 800 н.п. до 285 т.н.п.). Более того, в одном из исследуемых штаммов была найдена плазмида размером около 600 т.п.н., что почти втрое больше, чем известные гигантские плазмиды энтерококка, ранее описанные в литературе. Была выявлена не связанная с плазмидами хромосомная локализация некоторых генов ответственных за репликацию плазмид. Достоверно подтверждена связь между наличием у штаммов энтерококка определённых плазмид и генов патогенности с инфекционными заболеваниями энтерококковой природы. Показана плазмидная локализация некоторых генов, кодирующих факторы патогенности.

Направление: Биология

Кафедра: Микробиологии

Научный руководитель: д.м.н. Суворов А.Н.

Дата защиты: 18-06-2013

Отзыв о магистранте: Карасева А.Б. окончила бакалавриат Санкт-Петербургского государственного университета, биолого-почвенного факультета по направлению «микробиология» в июне 2011 года. За время обучения в СПбГУ Карасева А.Б была направлена в отдел молекулярной микробиологии ФГБУ «НИИЭМ» СЗО РАМН в марте 2010 г. для выполнения бакалаврской, и впоследствии магистерской работы. В течение этого времени она освоила комплекс методов микробиологии и молекулярной генетики: методы работы с лабораторными животными (сбор материала из органов), получение чистых культур микроорганизмов, выделение хромосомной и плазмидной ДНК, полимеразная цепная реакция, электрофорез ДНК, пульс-электрофорез. Успешное овладение необходимыми навыками позволило Карасевой А.Б. выполнить запланированные на данный промежуток времени исследования. Результаты исследований были посвящены генетическим особенностям патогенных и пробиотических энтерококков путем исследования генетических профилей штаммов различного происхождения. Результаты позволили установить целый ряд интересных закономерностей, а также сопоставить различные методические подходы по анализу мигрирующих генетических элементов. Данные доложены на Всероссийской медико-биологической научной конференции молодых ученых «Фундаментальная наука и клиническая медицина». По результатам работы опубликована статья в Медицинском академическом журнале. Карасеву Алену Борисовну характеризует высокая степень научной заинтересованности, личной ответственности, широкий кругозор и стремление к совершенствованию знаний. Лично мне импонирует ее стремление к самостоятельному анализу данных и личная скромность. По итогам работы накоплен материал, который станет заделом к последующей работе в аспирантуре в «НИИЭМ». Мне представляется, что Карасева имеет все предпосылки стать хорошим ученым – исследователем.

Рецензент: к.б.н. А.А. Потехин

Рецензия: В магистерской диссертации Карасевой Алены Борисовны «Молекулярно-генетический анализ индигенных и пробиотических штаммов Enterococcus faecium и Enterococcus faecalis на наличие в их геномах генов патогенности и плазмид» объемом 65 страниц рассматривается исключительно актуальный сегодня вопрос о том, как бактерии-комменсалы кишечника человека приобретают патогенные свойства и становятся причиной заболеваний. Энтерококки – обычный, считавшийся безвредным компонент микрофлоры кишечника – в последние годы часто являются причинами госпитальных инфекций, послеоперационных осложнений и хронических заболеваний ЖКТ. Это связано как с повышением числа людей с ослабленной иммунной системой (в этом случае бактерия-сожитель может выйти из-под контроля организма-хозяина, даже не изменяя своих свойств), так и с высокой скоростью приобретения бактериями новых генов и новых возможностей для патогенеза. Горизонтальные обмены генетической информацией между бактериями, как при межвидовой конъюгации, так и при трансформации, как мы теперь знаем, не являются редкими событиями. Поиски генов патогенности, новых для данных бактерий, и векторов для горизонтального переноса являются интересной и очень важной целью. Такая цель и была поставлена А.Б. Карасевой в ее исследовании. Диссертация построена по традиционному плану и со¬держит следующие разделы: лаконичное Введение, в котором представлена актуальность проблемы и, в конце, сформулированы цель и задачи работы; Обзор литера¬туры; Материалы и методы; Результаты исследования; Обсуждение результатов; Заключение, частью которого являются Выводы. Список лите¬ратуры содержит 120 источников, из которых 14 – на русском языке. В Обзоре литературы (21 страница) автор описывает объект исследований, рассматривает энтерококки в норме и при патологии, достаточно внимания уделяет факторам патогенности энтерококков и, наконец, подробно излагает литературные данные о геноме и плазмидах энтерококков. Сведений, изложенных в этой части работы, вполне достаточно для того, чтобы затем оценить место экспериментального труда автора диссертации в этой области науки. Глава «Материалы и методы» написана достаточно, а иногда – даже излишне подробно; очевидно, что А.Б. Карасева по-настоящему разобралась в использованных ею методиках и знает, что она делала и почему. Это же, очень благоприятное, впечатление остается и при обсуждении поставленных экспериментов с автором. Правда, иногда за описанием процедуры можно пропустить важное заключение: так, указав оптическую плотность культуры бактерий, использованной для приготовления препарата для пульс-электрофореза, Алена не перевела ее значение в число бактерий на единицу объема и на препарат. Глава «Результаты» вызывает двойственные чувства. С одной стороны, объем исследований, выполненных Аленой, вызывает уважение. Проанализировано более 40 штаммов Enterococcus, они исследованы на наличие тринадцати ассоциированных с патогенностью генов и энтероцинов. Каждый штамм также подвергли проверке на содержание плазмид двумя способами – выявлением плазмид при электрофорезе ДНК и ПЦР-анализом ДНК каждого штамма на наличие целого ряда Rep-генов, маркирующих семейства известных энтерококковых плазмид. С другой стороны, результаты, как мне кажется, описаны недостаточно тщательно, и некоторые важные моменты упущены. Особенно не хватает анализа нескольких важных контрольных экспериментов (были ли они?). Так, остается неясным, почему использовали лишь одну концентрацию нуклеазы S1 при линеаризации плазмид без предварительной оптимизации количества фермента. Линеаризовали ли небольшие плазмиды перед обычным электрофорезом? Непонятно, ставили ли контрольную ПЦР с ДНК из «пустой» части геля при попытке амплифицировать последовательности генов патогенности с ДНК бендов, получаемых при пульс-электрофорезе. Вольно трактуется природа верхнего бенда на пульс-электрофореграммах: автор называет его «хромосомная ДНК», хотя никаких явных причин для этого, вроде бы, нет (хромосомная ДНК не должна вообще входить в гель), и там может быть все, что угодно. Фотографии гелей приведены избирательно – их, очевидно, могло быть больше (так, показан только один форез с результатами ПЦР генов патогенности – а генов было много, и исследованных штаммов тоже). Часто читатель остается один на один с рисунком, так как ни в подписи, ни в тексте показанные на рисунке результаты практически не комментируются, и данные приходится интерпретировать самостоятельно. Качество разделения ДНК не всегда высокое (маркер компрессирован), а размер изображений пульс-электрофорезных гелей слишком мал для комфортного анализа результатов. В работе много таблиц, но почти все они «пустые»: большинство граф не заполнено. Между таблицами и рисунками выявлен ряд несовпадений (см., например, рис. 3.10 и 3.11 и табл. 3.7). В Обсуждении результатов ярко проявляется основная проблема представленной работы. Данные, полученные А.Б. Карасевой, трудно интерпретировать, так как оба выбранных для детекции плазмид метода не гарантируют однозначных результатов. Наличие нескольких бендов при разделении ДНК в электрофорезе может указывать как на наличие нескольких плазмид разного размера, так и (более вероятно) на наличие одной плазмиды в нескольких конформациях. Выбор нуклеазы S1, в качестве мишени использующей однонитевую ДНК, для линеаризации плазмид (двунитевых молекул ДНК) не очевиден; недостаток фермента также может приводить к появлению нескольких форм плазмидной ДНК, подвижность которых в геле будет различна. Кольцевые молекулы ДНК в пульс-электрофорезе мигрируют по другим закономерностям, нежели линейные (а крупные кольца просто не входят в гель), поэтому по линейным маркерам невозможно определить их размер. ПЦР-анализ Rep-генов – отчаянная попытка автора внести некую систему в хаос результатов, полученных с помощью электрофореза – также не дает четких ответов на поставленные вопросы. Наличие ПЦР-продуктов не обязательно означает наличие плазмид, несущих искомые гены, у исследуемых штаммов. Отдадим, впрочем, должное автору: Алена Борисовна явно осознает, что трактовки данных неоднозначны, и не пытается уйти от оставшихся открытыми вопросов. Выводы работы сформулированы четко, они соответствуют задачам и подтверждаются результатами. Я отчасти не согласен с выводом 5: по полученным данным невозможно определить размер крупной плазмиды, выявленной у одного из штаммов E.faecium, так как для этого необходимо доказать, что она действительно была линеаризована перед разделением в пульс-электрофорезе. Подводя итоги, хотелось бы отметить, что работа оставила у меня противоречивые чувства. С одной стороны, перед А.Б. Карасевой стояла огромная поисковая задача. По работе видно, что автор старательно собирал факты, анализируя очень большой материал, честно пытался их интерпретировать, но количество данных снизило их качество. Методы, примененные автором, сработали: удалось обнаружить плазмиды у клинических штаммов энтерококков и у штаммов, выделенных у здоровых людей; показано, что гены, ассоциированные с патогенностью, обнаруживаются в обеих исследованных группах штаммов, и потенциально опасная комбинация генов может составиться и в ЖКТ здорового человека. При этом трактовка данных оставляет желать лучшего, и очевидно, что требуется гораздо более тщательный экспериментальный анализ многих данных, заявленных в работе Алены. Тем не менее, общий характер результатов представляется очень интересным, у работы есть перспективы развития, и свою квалификацию самостоятельного исследователя А.Б. Карасева, безусловно, доказала. Я считаю, что, несмотря на ряд существенных недостатков, магистерская диссертация А.Б. Карасевой может быть оценена на «отлично».

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017