АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Борисенко Илья Евгеньевич

Квалификационная работа магистра: "Экспрессия генов wnt при регенерации губки Halisarca dujardini (Porifera: Demospongiaе)"

Аннотация: Регенерация широко распространена в животном царстве, но регенеративные способно-сти разных животных неодинаковы. Предполагается, что различия в регенеративных способно-стях обеспечены отличиями в координации молекулярных механизмов межклеточной комму-никации в ходе регенерации, либо отличиями в составе сигнальных путей, у разных животных. Wnt-каскад участвует в формировании осей полярности, пролиферации, дифференцировке, ми-грации клеток и апоптозе при развитии и регенерации многих Metazoa. Известно, что элементы Wnt-пути вовлечены в формирование осей тела и личинки губок, в эпителиальные морфогене-зы. Целью данной работы являлось изучение локализации мРНК генов wnt в норме и при реге-нерации после экспериментального повреждения у губки Halisarca dujardini (Porifera: Demospongiaе). В геноме H. dujardini были идентифицированы 8 гомологов wnt. Гены были охарактеризованы биоинформатическими методами и клонированы. Экспрессию изучали мето-дом гибридизации in situ с меченными антисмысловыми мРНК-зондами у интактных губок и через 6, 12 и 24 часа после удаления участка тела. Результаты филогенетического анализа ами-нокислотных последовательностей Wnt свидетельствуют о распространении Wnt-лигандов до дивергенции Porifera и общего предка Cnidaria и Bilateria. Гены HdWnt не демонстрируют гомо-логии с какими-либо подсемействами wnt многоклеточных. Выделены два домена экспрессии HdWnt у интактных губок – оскулюм (HdWnt1 и HdWnt2) и периферическая зона в месте грани-цы экзо- и базопинакодермы (HdWnt5, HdWnt7 и HdWnt8). Гены HdWnt2, HdWnt4 и HdWnt6 экспрессируются мозаично во всей экзопинакодеме. Паттерн экспрессии HdWnt в интактных губках позволяет предположить их участие в спецификации оси тела губки. Экспрессия HdWnt3 специфична для клеток раневой поверхности; локализации транскрипта этого гена в клетках интактной губки не показано. Показано, что в течение первых 6 часов регенерации происходит ранняя перестройка паттернов экспрессии большинства HdWnt. Предполагается участие Wnt-каскада в регенерации H. dujardini путем пространственного паттернирования организма и, возможно, путем контроля пролиферации и дедифференцировки.

Направление: Биология

Кафедра: Эмбриологии

Научный руководитель: д.б.н. Ересковский А.В.

Дата защиты: 19-06-2013

Отзыв о магистранте: Магистерская диссертация И.Е.Борисенко посвящена идентификации генов wnt у губки Halisarca dujardini (Porifera: Demospongiaе) и характеристике их экспрессии на уровне транскрипции в норме и при регенерации после экспериментального повреждения. Результаты проведенного исследования представляют ценность не только для биологии развития, но и для молекулярной систематики. Текст диссертации изложен на 53 страницах и содержит 10 рисунков высокого качества. Рукопись построена по традиционному плану и содержит следующие разделы: введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты, обсуждение, выводы, а также список цитированной литературы из 136 источников, из которых 120 на английском языке. К недостаткам оформления следует отнести отсутствие нумерации глав и сквозной нумерации разделов в составе текста диссертации, а также отсутствие списка сокращений. Название работы полностью соответствует ее содержанию, но формулировка цели значительно уже собственно выполненной работы и включает помимо заявленной локализации мРНК генов wnt, идентификацию и характеристику ранее не описанных последовательностей, их клонирование и филогенетический анализ. Задачи сформулированы четко и соответствуют выполненному исследованию и названию работы. Обзор литературы демонстрирует, что автор отлично ориентируется в проблематике избранной области исследования, прекрасно представляет себе круг задач и методических подходов, с которыми он столкнулся при выполнении выпускной работы. Экспериментальная часть работы опирается на значительное число методов. Результаты работы хорошо проиллюстрированы и не вызывают сомнений. Обсуждение результатов полное и полностью соответствует полученным данным. Выводы, сделанные на основании исследования, абсолютно адекватны задачам и методам и полностью соответствуют полученным результатам, однако вывод №1 на мой взгляд сформулирован слишком категорично, т.к. результаты исследования опираются на анализ транскрибируемых последовательностей, а глубина представления данных по результатам секвенирования не позволяет понять, действительно ли все они продуцируются с независимых генов, а не являются результатом альтернативного сплайсинга или других видов посттранскирпционных модификаций и редактирования на уровне РНК. Вывод №2 сформулирован как результат, и собственно вывод из него не сделан. Вывод №6 представляет собой гипотезу, выдвинутую на основании полученных результатов и их обсуждения, что само по себе очень ценно, но не может быть пока вынесено в выводы данной работы. На фоне общего позитивного впечатления от проведенной работы необходимо также отметить и недостатки, которые в основном связаны со стремлением автора представить материал максимально компактно. Такое сжатие по разному отразилось на разных разделах работы и в наименьшей степени относится обсуждению результатов. В то же время некоторые части обзора литературы трудны для восприятия, потому, что для достижения максимальной экономности текста автор использует многочастные сложно-подчиненные предложения, которые не всегда хорошо согласованы. Наиболее существенное влияние такая особенность изложения материла оказала на главу "Материалы и методы" - все многообразие методов, использованных в работе, от секвенирования транскриптома и клонирования новых последовательностей до экспериментов по регенерации и гибридизации in situ описано на 2 неполных страницах с отсутствием разделения на логические подразделы. Такое представление методической части недостаточно даже для журнальных публикаций, а не только для текста выпускной квалификационной работы. В описании отсутствуют последовательности праймеров, которые использовали для клонирования. Нет данных о копийности секвенированного транскриптома, хотя бы для тех последовательностей, которые в дальнейшем использованы для исследования. Не указан какой конкретно метод построения филогенетических деревьев и анализ их достоверности из предлагаемых программным обеспечением MEGA5.2 был использован для интерпретации результатов. Несмотря на указанные недостатки, представленная И.Е.Борисенко выпускная квалификационная работа «Экспрессия генов wnt при регенерации губки Halisarca dujardini (Porifera: Demospongiaе)» представляет собой целостное исследование, имеющее несомненное фундаментальное значение. Она удовлетворяет требованиям, предъявляемым к магистерским диссертациям и заслуживает отличной оценки. Общая оценка, рассчитанная на основании критериев оценки выпускных квалификационных работ – отлично.

Рецензент: А. В. Ересковский , доктор биологических наук

Рецензия: Илья Борисенко поступил в Санкт-Петербургский государственный университет в 2007 году. С самого начала он проявил четкий интерес к биологии развития низших многоклеточных животных и с первого же года начал свои исследования на каф. эмбриологии. Курсовая работа И.Е. Борисенко за 3-й курс касалась ультраструктуры тентакулярного аппарата личинки гребневика Bolinopsis infundibulum, по результатам которой была опубликована статья в международном журнале Acta Zoologica (Borisenko, Ereskovsky. 2013). После этого И. Борисенко переключился на исследование клеточных и генетических механизмов морфогенеза у губок. Его модельным объектом стал вид Halisarca dujardini (класс Demospongiae) и в 2011 он подготовил выпускную квалификационную работу на тему "Клеточные механизмы регенерации губки Halisarca dujardini (Demospongiae)". Материалы этого исследования были доложены на международном конгрессе спонгиологов в 2010 (Испания, Жирона) и на II Российской конференции с международным участием "Современные проблемы эволюционной морфологии животных" (С-Петербург, 2011), а также были опубликованы в статье (Борисенко, Ересковский, 2011). В 2011 году И.Е. Борисенко получил степень бакалавра и продолжил свое образование на кафедре эмбриологии СПбГУ в качестве магистранта с проектом "Экспрессия генов wnt при регенерации губки Halisarca dujardini (Porifera: Demospongiaе)". Актуальность выбранной темы не вызывает сомнений. Из-за недостаточного количества молекулярно-биологических исследований по развитию губок до сих пор остаются дискуссионными многие фундаментальные проблемы биологии этих примитивных животных. Прекрасно понимая, что современная биология развития требует больших финансовых вложений, а также постоянного повышения своей квалификации, за годы обучения Илья получил ряд персональных грантов (2009 - правительства С- Петербурга; 2009 - РФФИ; 2012 и 2013- гранты правительства Франции; 2013 - грант СПбГУ). Кроме того, он стажировался в ведущих европейских лабораториях, работающих по биологии развития губок (Берген, Норвегия (SARS - International Centre for Marine Molecular Biology), - 2010, 2011, 2012, 2013; Марсель, Франция - 2011, 2012; Роскоф, Франция - 2009, 2012). Эти стажировки в превосходно оборудованных лабораториях дали ему хороший шанс ознакомиться как с современными подходами и методами, так и с организацией самой научной работы в лабораториях. Будучи организованным и активным исследователем, способным быстро и качественно осваивать современные методы биологии развития и молекулярной биологии, И. Борисенко был включен в различные научные гранты в качестве исполнителя: 4 гранта РФФИ; 2 гранта Министерства образования и науки Российской Федерации; один международный грант (CNRS, Франция - РФФИ) и один грант правительства С-Петербурга. За время учебы и работы на каф. эмбриологии Илья проявил себя как очень трудолюбивый, вдумчивый, аккуратный, быстро и легко осваивающий новые методики студент. Научное любопытство и активность в совокупности с усидчивостью, позволили ему за короткий срок вникнуть в основные проблемы как общей биологии развития, так и частные проблемы клеточной и молекулярной биологии и развития губок и смело предлагать оригинальные подходы для объяснения полученных результатов. Ему всегда была свойственна способность критически анализировать свои результаты и методы, также как результаты других исследователей. Он также обладает очень важным качеством - умением самостоятельно планировать свою работу и правильно расставлять приоритеты. Материалы, полученные в ходе научных исследований Ильи Борисенко были доложены на 4-х российских, 3-х российских конференциях с международным участием и на 3-х международных конференциях. По материалам научных исследований И. Борисенко имеет 10 публикаций, из которых три статьи и 7 тезисов докладов, кроме того, две статьи подготовлены к печати в международные журналы. Результаты научных исследований по представленному проекту И. Борисенко важны и перспективны для понимания различных аспектов эволюционной биологии развития и цитологии такой филогенетически ключевой группы животных, как губки.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017