АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Румянцев Андрей Михайлович

Квалификационная работа магистра: "Изучение азотной регуляции генов алкогольоксидаз у метилотрофных дрожжей Pichia pastoris"

Аннотация: Магистерская диссертационная работа Андрея Михайловича посвящена изучению влияния типа источника азота в среде на регуляцию генов метаболизма метанола у дрожжей Pichia pastoris. Работа была выполнена в лаборатории биохимической генетики кафедры генетики и селекции биолого-почвенного факультета СПбГУ. Исследование состояло из нескольких этапов. На первом этапе работы с помощью созданной ранее тест-системы на основе репортерного гена кислой фосфатазы PHO5 дрожжей Saccharomyces cerevisiae была изучена зависимость экспрессии гена АОХ1 от типа источника азота в среде. Было обнаружено, что для гена AOX1 существует тонкая система регуляции, которая обеспечивает индукцию промотора при росте клеток в среде с богатыми источниками азота и репрессию при росте в среде с бедными источниками. Эта регуляторная система способна распознавать глутамин и аспарагин и по-разному реагировать на них, а также среди прочих бедных источников азота отличать мочевину, для которой, возможно, существует уникальный сигнальный путь. Максимальный уровень экспрессии наблюдали при использовании богатых источников азота – сульфата аммония и глутамина, а также мочевины, считающейся бедным источником азота. Минимальный уровень экспрессии наблюдали при использовании пролина. Результаты, полученные с помощью репортерной системы, были проверены с помощью метода ПЦР в режиме реального времени. Для изучения влияния азотной регуляции гена AOX1 на метаболизм метанола у дрожжей P. pastoris выращивали культуры исходного штамма GS115 в жидких средах с различными типами источников углерода и азота. При выращивании дрожжей P. pastoris в средах с глицерином тип источника азота практически не влиял на рост клеточных культур. При использовании метанола в качестве источника углерода наблюдались существенные различия в конечных плотностях клеточных культур в зависимости от типа источника азота в среде. В средах, содержащих пролин, конечная плотность культуры была примерно в полтора раза выше, чем при использовании глутамина и сульфата аммония. В ходе дальнейшей работы был создан штамм P. pastoris, несущий делецию гена AOX1 (MutS), у которого алкогольоксидазная активность проявлялась только в результате работы гена AOX2. Кривые роста полученного Muts штамма характеризуются более низкими значениями клеточных плотностей в стационарной фазе роста по сравнению с исходным штаммом GS115. При этом различия в конечных плотностях клеточных культур в средах с разными источниками азота сохранялись. Эти данные позволяют предположить, что, несмотря на значимые различия в экспрессии двух генов, кодирующих структуру алкогольоксидаз у P. pastoris, их регуляция источником азота оказывается сходной. Следующей задачей был поиск последовательностей внутри промотора гена AOX1, участвующих в его регуляции источником азота в среде. Для этого на основе плазмиды pPIC9-AOX1-PHO5 были созданы генетические конструкции, содержащие делеции различной протяжённости внутри промоторной области гена AOX1. С помощью данных плазмид были созданы тестерные штаммы P. pastoris. Анализ активности репортерного гена PHO5 при выращивании полученных штаммов в средах различного состава показал, что регуляция гена AOX1 источником азота в среде сохраняется даже у трансформанта trNsiI-4-GS115, несущего делецию в промоторе длиной 678 п.о. Полученные данные представляют не только теоретический, но и практический интерес, так как могут быть использованы при культивировании метилотрофных дрожжей-продуцентов и синтезе рекомбинантных белков.

Направление: Биология

Кафедра: Генетики и Селекции

Научный руководитель: Савинов В. А.

Дата защиты: 14-11-2011

Отзыв о магистранте: Румянцев Андрей Михайлович начал исследовательскую деятельность в лаборатории биохимической генетики кафедры генетики и селекции в ноябре 2007 года, где им была выбрана для изучения проблема регуляции генов метилотрофных дрожжей Pichia pastoris в ответ на изменения состава среды. Это направление в генетике микроорганизмов является очень перспективным, поскольку метилотрофные дрожжи данного вида широко используются в настоящее время в промышленных масштабах для гетерологичного синтеза белков млекопитающих, однако особенности генетического контроля метаболизма изучены далеко не в полной мере. Основное внимание в научной работе А.М. Румянцев уделяет изучению регуляции экспрессии гена AOX1 алкогольоксидазы дрожжей Pichia pastoris, сильный индуцируемый промотор которого используется в биотехнологии. В ходе научной работы Андрей Михайлович успешно освоил генетические и молекулярнобиологические методы работы со штаммами дрожжей, бактерий и методы работы с ДНК. Андрей Михайлович всегда с большим желанием стремится осваивать новые и современные методики для повышения эффективности и разнообразия выполняемых исследований, что ему с успехом удается. Обретённый опыт позволил А.М. Румянцеву создать модельную систему на основе штамма дрожжей P. pastoris и плазмиды, содержащей ген кислой фосфатазы PHO5 дрожжей Saccharomyces cerevisiae под контролем промотора гена AOX1. Эта система может быть использована для определения уровня экспрессии гена АОХ1 в зависимости от разных условий среды. Полученные результаты представлены в статье «Создание тест-системы для изучения генетического контроля регуляции гена алкогольоксидазы I дрожжей Pichia pastoris» в соавторстве с В.А. Савиновым, Е.В. Самбук и М.В. Падкиной (Вестник СПбГУ, 2009, сер.3, вып. 4). Сейчас готовятся к печати ещё две статьи. Также А.М. Румянцев участвовал в конференциях и форумах: V Съезд ВОГиС (2009 г.), III Всероссийский форум студентов, аспирантов и молодых учёных «Наука и инновации в технических университетах» (2009 г.), 14 Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых «БИОЛОГИЯ – НАУКА XXI ВЕКА» (2010 г.). По итогам работы этих конференций результаты А.М. Румянцева были включены в сборники тезисов. Большое внимание Андрей Михайлович уделяет чтению научной литературы по теме выполняемой исследовательской работы. Хорошее знание английского языка позволяет Андрею Михайловичу свободно ориентироваться в иностранной литературе и поддерживать свои знания на современном уровне. В лаборатории биохимической генетики с 2009 года А.М. Румянцев курирует работу студентки 3 курса кафедры генетики и селекции, делится накопленными знаниями и навыками исследователя-генетика и биотехнолога, при этом относится к своим обязанностям с большой ответственностью и зрелым профессионализмом. Румянцев Андрей Михайлович является грамотным, любознательным, целеустремлённым, ответственным, отзывчивым и аккуратным студентом, что, несомненно, позволит ему решать поставленные задачи и в дальнейшем стать успешным исследователем.

Рецензент: Журавлева Г. А., доктор биологических наук

Рецензия: Диссертация Румянцева А,М. занимает 67 страниц и состоит из традиционных разделов: оглавление, список сокращений, введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты и обсуждение, заключение, выводы, список литературы (61 работа) и благодарности. Работа хорошо оформлена и производит самое благоприятное впечатление. В ходе выполнения диссертации магистрант проделал значительную работу и овладел разнообразными молекулярно-генетическими методами. Тем не менее, у рецензента возник ряд вопросов и замечаний: 1. При ссылке на номер фермента необходимо указывать базу данных, проще всего это было бы сделать в списке сокращений. Там же стоило бы привести и сокращения ферментов, использованные в подписи к рис.1. 2. Стр.14 (2 раза), стр.52 – «большую степень гомологии» - следовало бы писать «сходства» а не «гомологии». 3. Англицизмы – глицерол, вопрос – глицерол и глицерин это одно и то же вещество? 4. Наибольшее число замечаний вызвал раздел Материалы и методы. 1) Нельзя ли было свести список сокращений (стр.3) и список используемых обозначений (стр.27) в один список сокращений? 2) В подписях к рис.5 -7 необходимо дать расшифровку основных генов (элементов), присутствующих на представленных плазмидах. 3) Стр.33 – ссылка на Маниатиса, 1984 (метод высокоэффективной трансформации бактерий) является неправильной, в данной книге этот метод, предложенный Hanahan 1983, не приводится. 4) Стр.35 – дупликация с дивергенцией (выделение хромосомной ДНК из дрожжей, ссылка на Guthrie&Fink, 1991), тот же метод теми же словами, но со ссылкой на многострадального Маниатиса 1984. 5) Стр.36 – высокоэффективная трансформация дрожжей – опять Маниатис, 1984. Увы, там этого метода нет. 6) Стр.37 – трансформация P.pastoris – кто автор метода? Стр.38 – мутагенез P.pastoris, в цитируемой книге (Захаров и др. 1984) с этими дрожжами не работали, следовало бы сослаться более аккуратно. 5. Раздел Результаты и обсуждение: 1) Сколько повторностей в экспериментах ПЦР в реальном времени (не сказано в тексте) и в результатах, представленных на Рис.11-13 (скорость роста)? 2) Стр.46 – Может ли замедленный рост трансформантов свидетельствовать о делеции гена AOX1? А может быть интеграция произошла в какой-то другой ген, участвующий в контроле клеточных делений? 3) Аналогичный вопрос связан и с получением делеций в промоторе AOX1. Выводы соответствуют результатам работы, но сформулированы слишком обобщенно (выводы 1 и 3). Приведенные замечания призваны помочь автору в его будущей работе и особенно в оформлении и обсуждении полученных результатов. В заключение хочу отметить, что автор хорошо разбирается в сложной и многочисленной литературе по теме диссертации, ею была проделана интересная работа, которая заслуживает оценки «отлично», а ее автор – присвоения степени магистра.

Оценка: 5

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017