АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Матюнина Екатерина Александровна

Квалификационная работа магистра: "Изучение экспрессии гена PBOV1. "

Аннотация: Рак является одной из основных причин смертности по всему миру. По данным ВОЗ за 2008 год рак унес жизни более 7,6 миллионов человек, что соответствует 13% от общей смертности за этот период. Более 30% этих смертей можно было предотвратить при своевременной диагностике и незамедлительном вмешательстве. В последнее время для поиска новых опухолевых маркеров ученые всё чаще стали обращаться к биоинформатическим методам, которые всё же требуют обширных дальнейших исследований. Так, в Биомедицинском центре (город Санкт-Петербург) методом глобального дифференциального дисплея был описан новый класс опухолеспецифических последовательностей, не экспрессирующихся в нормальных тканях. В ходе исследований для одного из них, эволюционно нового гена PBOV1, была показана опухолеспецифичность экспрессии на уровне мРНК практически для всех опухолей. Таким образом, ген PBOV1 претендует на роль «универсального» опухолевого маркера. Для подтверждения этого необходимо показать опухолеспецифичность белкового продукта гена PBOV1 с использованием иммунохимической окраски антителами, полученными против рекомбинантного белка. Целью данной работы являлось изучение экспрессии и характеристика белка PBOV1. Для достижения данной цели были поставлены следующие задачи: 1. Провести биоинформатический анализ последовательности белка PBOV1 с целью разработки метода получения рекомбинантного белка в клетках E.coli. 2. Создать штамм продуцент белка PBOV1 с высоким уровнем экспрессии. 2. Оптимизировать метод очистки рекомбинантного белка PBOV1. 3. Осуществить восстановление растворимой формы белка PBOV1. 4. Получить поликлональные антитела против белка PBOV1. 5. Изучить иммунологические свойства белка PBOV1. В работе использовались методы биоинформатического анализа последовательностей, методы генной инженерии, а также иммунологические методы. По результатам работы были сделаны следующие выводы. 1. In silico анализ аминокислотной последовательности белка показал, что PBOV1 ― это небольшой, быстро деградируемый белок, не имеющий в своем составе известных доменов и мотивов, а также известных сигнальных пептидов, потенциально являющийся трансмембранным белком. 2. Была осуществлена экспрессия полноразмерного белка PBOV1 в клетках E.coli, основанная на in silico данных о структуре белка. 3. Разработана методика очистки рекомбинантного белка PBOV1 в денатурирующих условиях с последующим рефолдингом, которая позволяет получить растворимый белок с чистотой более 97% и выходом 21,3 мг на 1 литр культуры. 4. Полученный рекомбинантный белок нетоксичен и иммуногенен для мышей линии BALB/c, что позволяет получить поликлональные антитела против белка PBOV1.

Направление: Биология

Кафедра: Биохимии

Научный руководитель: Козлов А. П. , доктор биологических наук

Дата защиты: 15-11-2011

Отзыв о магистранте: Екатерина Матюнина работает в лаборатории молекулярной вирусологии "Биомедицинского центра" с апреля 2008 года. За это время она проявила способности к экспериментальной работе и освоила современные методы в области молекулярной биологии. Успешно защитив выпускную квалификационную работу и получив степень бакалавра биологических наук, Екатерина продолжила работу в лаборатории. Екатерина способна быстро осваивать современные лабораторные методы, анализировать полученные результаты. Хорошая теоретическая подготовка в области общей и молекулярной биологии, генетики, владение английским языком, навыки работы с персональным компьютером и ресурсами глобальных информационных компьютерных сетей позволяют ей постоянно повышать свой образовательный уровень. За время работы в лаборатории Катя проявила себя как целеустремленный и инициативный работник. Помимо выполнения магистерской работы она принимала активное участие в научно-практических и теоретических семинарах, проводимых как в лаборатории, так и за её пределами, где неоднократно выступала с обзорными докладами по разным направлениям молекулярной биологии. Выше перечисленные навыки и качества Е. Матюниной позволили ей самостоятельно и успешно осуществить представленную к защите работу. Екатерина получила интересные результаты об in silico анализе последовательности белка, открывшие новые перспективы в исследовании эволюционно новых генов. Тема магистерской диссертации посвящена изучению эволюционно нового гена PBOV1, обладающего потенциалом универсального опухолевого маркера. В лаборатории Биомедицинского центра исследования в данной области проводятся с целью подтверждения гипотезы об эволюционной роли новообразований в происхождении новых типов клеток, в связи с чем и изучается возможность экспрессии эволюционно новых генов в опухолях. Материалы работы представлены на международных и российских конференциях, лабораторных семинарах.

Рецензент: Берлов М. Н., кандидат биологических наук

Рецензия: Рецензируемая работа направлена на изучение экспрессии гена PBOV1 на уровне белкового продукта. Актуальность подобной темы не вызывает сомнений, поскольку ген PBOV1 является кандидатом на роль универсального опухолевого маркера, проявляя опухолеспецифичность экспрессии на уровне мРНК, следовательно, методы детекции его белкового продукта могут найти широкое применение в диагностике, а сам белок можно рассматривать в качестве потенциальной мишени для терапевтического воздействия при онкологических заболеваниях. Для изучения белкового продукта данного гена автор работы создал бактериальный штамм-продуцент рекомбинантного белка PBOV1 и, используя полученный белок как антиген, получил поликлональную сыворотку, содержащую специфические антитела к PBOV1, которая может быть в дальнейшем использована для выявления белка в биологических образцах. При ознакомлении с работой прежде всего обращает на себя внимание ее объем – 99 страниц, существенно превышающий стандартный объем магистерских диссертаций. Стоит отметить, что такой объем объясняется не авторским стилем изложения материала, а большим количеством экспериментальных данных, полученных в ходе выполнения работы. Работа построена по традиционному плану, включает в себя разделы «Введение», «Цели и задачи», «Литературный обзор», «Материалы и методы», «Результаты», «Обсуждение результатов», «Выводы», «Список литературы». Работа иллюстрирована 34 рисунками и 26 таблицами, еще одна таблица вынесена в «Приложения». В списке литературы содержится 145 ссылок на статьи отечественных и зарубежных авторов, а также на адреса Интернет-сайтов, большинство их которых представляют собой сайты on-line программ для проведения биоинформатического анализа. В разделе «Введение» автор кратко знакомит читателя с проблемой онкомаркеров и обосновывает выбор гена PBOV1 в качестве объекта исследований. В разделе «Обзор литературы» излагается современная классификация онкомаркеров, представлена подробная информация об отдельных онкомаркерах, как используемых в медицинской практике, так и используемых в настоящее время только в экспериментальных исследованиях. Также в данном разделе изложены имеющиеся в научной литературе пока немногочисленные данные о гене PBOV1 и его белковом продукте. В разделе «Материалы и методы» представлен широкий спектр самых разнообразных современных методов, использованных в работе: биохимических, молекулярно-биологических, микробиологических. Структура данного раздела представляется не совсем удачной: например, описание иммуноблоттинга логично было бы включить в подраздел «Иммунологические методы»; подраздел, описывающий встраивание в вектор ДНК, выделенной из агарозного геля, располагается в тексте раньше, чем описание процедуры выделения ДНК из геля. В разделе «Результаты» достаточно подробно излагаются основные достижения работы. В частности, автору удалось создать систему экспрессии рекомбинантного белка PBOV1 в клетках Escherichia coli, разработать методику очистки и рефолдинга синтезированного белка, получить белок PBOV1 в очищенном виде, провести иммунизацию животных и получить сыворотку, содержащую поликлональные антитела к данному белку. Все представленные данные сопровождаются иллюстрациями, их достоверность не вызывает сомнений. Раздел «Обсуждение результатов» включает интерпретацию полученных данных, и их сопоставление с данными литературы, а также поясняет некоторые детали избранной автором в ходе выполнения работы экспериментальной стратегии. На основании полученных результатов автором сформулированы три вывода. При этом важный раздел работы, связанный с получением высокоаффинной антисыворотки к PBOV1, почему-то не нашел отражения в выводах. В целом, рассматриваемая работа написана четким профессиональным языком и аккуратно оформлена, однако не лишена некоторых недостатков. Так, например, рассказывая об измерении рассеяния света белковым раствором, автор ошибочно называет его измерением поглощения. Не всегда удачны используемые сокращения – например, для обозначения меркаптоэтанола автор применяет сокращение, широко принятое для обозначения метанола. Оформление списка литературы не соответствует общепринятым стандартам (например, используется русскоязычное сокращение «и др.» после фамилий авторов в англоязычных публикациях). При обсуждении результатов анализа методами in silico данные представлены разрозненно. Не ставя под сомнения адекватность и полезность использования в работе всех упомянутых компьютерных программ, можно пожелать уделить большее внимание рассмотрению логических следствий из получаемых результатов. Так, например, отсутствие в белке PBOV1 сигнального пептида, по данным, полученным с использованием программы SignalP 4.0, позволяет с высокой вероятностью предполагать отсутствие в белке трансмембранных доменов и цитоплазматическую локализацию, а цитоплазматическая локализация, в свою очередь, позволяет предполагать отсутствие дисульфидных связей. В ходе ознакомления с работой возникли следующие вопросы: 1) Для получения рекомбинантного белка PBOV1 использовали два штамма E. coli: первый для клонирования плазмиды, несущей ген PBOV1, второй –для продукции белка. В чем состоит необходимость использования двух штаммов и почему нельзя было использовать для клонирования штамм-продуцент? 2) При получении поликлональных сывороток нередко применяют процедуры выделения иммуноглобулиновой фракции и иммуноаффиной очистки с использованием иммобилизованного антигена. Не следует ли использовать эти процедуры для увеличения специфичности полученной в работе сыворотки прежде чем использовать ее для выявления PBOV1? В целом можно отметить, что работа Матюниной Е.А. выполнена на очень высоком уровне. Изложенные в рецензии замечания и вопросы не являются принципиальными и не влияют на общее положительное впечатление от работы. Она полностью соответствует требованиям к магистерским диссертациям и несомненно заслуживает оценки "отлично".

Оценка: 5

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017