АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам 2017
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

Магистерские дипломы




Фомина Мария Александровна

Квалификационная работа магистра: "Анализ посттрансляционных модификаций гистонов, полученных из фибробластов, методами иммуноблоттинга и масс-спектрометрии"

Аннотация: Посттрансляционные модификации коровых гистонов Н2А/Н2В, НЗ/Н4 и линкерного гистона HI влияют на транскрипцию генов. Метод масс-спектрометрии является перспективным способом выявления такого рода модификаций. Фосфорилированная форма вариантного гистона Н2АХ является маркером репаративных процессов в клетке и для ее выявления можно использовать метод иммуноблоттинга. Целью работы являлась идентификация посттрансляционных модификаций гистонов и маркера репаративных процессов ДНК гистона γ-Н2АХ в полученных от здоровых доноров и от больных атаксией-телеангиэктазией фибробластах методами масс-спектрометрии и иммуноблоттинга. Для достижения данной цели были поставлены следующие задачи. 1. Оптимизация метода выделения гистонов из клеток для дальнейшего масс-спектрометрического анализа. 2. Идентификация гистонов в клеточных линиях AT и PF методом масс-спектрометрического анализа. 3. Идентификация посттрансляционных модификаций гистонов в клеточных линиях AT и PF методом масс-спектрометрического анализа. 4. Выявление фосфорилированной формы гистона Н2АХ в клеточных линиях AT и PF методом иммуноблоттинга. В работе использовались методы выделения гистонов из фибробластов, масс-спектрометрии и иммуноблоттинга. По результатам работы были сделаны следующие выводы. 1. Гистоны HI, Н2А/Н2В, НЗ/Н4, выделенные из клеточных линий AT, PF и HeLa, были разделены методом денатурирующего гель-электрофореза в ПААГ и идентифицированы методом пептидного масс-фингерпринтинга (с использованием MALDI-TOF MS). 2. Для анализа посттрансляционных модификаций гистонов был оптимизирован метод выделения гистонов, позволяющий разделить гистоны Н2А/Н2В и НЗ/Н4 с помощью хроматографии на сульфопропил-сефарозе по методу П. Родригес-Коллазо (P. Rodriguez-Collazo et al., 2009). 3. Посттрансляционные модификации в гистонах, полученных методом П. Родригес-Коллазо, были идентифицированы методом масс-спектрометрического анализа nUPLC-ESI-Orbitrap-MS. В АТ-клетках выявлен вариантный гистон macroH2A и окислительные модификации метионина в гистоне Н2В по сравнению с контролем. 4. С помощью иммуноблоттинга с антителами к фосфорилированной форме гистона Н2АХ было показано, что в АТ-клетках уменьшено содержание гистона γ-Н2АХ, что свидетельствует об уменьшении их способности к репарации двунитевых разрывов ДНК.

Направление: Биология

Кафедра: Биохимии

Научный руководитель: Кулева Н.В., доктор биологических наук, Спивак И.М. , кандидат биологических наук

Дата защиты: 07-12-2011

Отзыв о магистранте: Фомина Мария Александровна начала заниматься научной работой в магистратуре кафедры биохимии биолого-почвенного факультета СПбГУ в 2009 году. Она успешно освоила обязательные теоретические и практические курсы, предлагаемые кафедрой а также курсы по выбору магистерской программы «Экологическая биохимия». В 2010-11г.г.она в течение 4-х месяцев находилась в лаборатории биоаналитической химии Центра биотехнологий и биомедицины Университета г. Лейпциг, где успешно освоила целый ряд современных биохимических и цитологических методов, многие из которых легли в основу ее магистерской диссертации: культивирование клеточных линий, выделение гистонов, денатурирующий гель-электрофорез, иммуноблоттинг, иммунофлуоресцентный анализ, исследование выживаемости клеток после облучения и масс-спектрометрический анализ. М.А.Фомину характеризует высокая работоспособность, правильная организация и планирование экспериментов, а также настойчивость в решении поставленных задач. Фомина М.А. хорошо зарекомендовала себя в работе с научной группой. При обсуждении и интерпретации полученных результатов она. проявляет себя компетентным исследователем, способным к самостоятельной научной работе. Проявленные при выполнении магистерского исследования способности к экспериментальной работе и высокий интеллектуальный потенциал позволяют рекомендовать М.А.Фомину в аспирантуру.
Отзыв И.М.Спивака
Фомина Мария Александровна пришла в лабораторию радиационной цитологии Института цитологии РАН в начале 2010 года с серьезным желанием овладеть методами молекулярной и клеточной биологии и выполнить магистерскую диссертацию. Мария Александровна с большим увлечением взялась за работу и с самого начала овладела методами работы с клеточными культурами. Она оказалась способной планировать и выполнять многие эксперименты самостоятельно. Мария Александровна показала себя способной к критическому отбору и осмыслению опубликованных в литературе данных и их сравнению с результатами, получаемыми в нашей лаборатории, как ею самой, так и другими сотрудниками. В процессе выполнения магистерской диссертации Мария Александровна самостоятельно проанализировала большой и сложный материал, превышающий объем, обычный для магистерских работ и начала новую серию экспериментов, связанных уже с ее будущей аспирантурой. Фомина М.А. легко находит общий язык с сотрудниками института, успешно работает в группе. Мария Александровна прекрасно владеет компьютером, что существенно помогло ей в написании работы. В лаборатории Фомина Мария Александровна доброжелательна, аккуратна и обладает чувством глубокой ответственности. Она способна самостоятельно справляться с возникающими в процессе исследования трудностями. Надеюсь, что Фомина М.А. после окончания магистратуры поступит в аспирантуру МГУ, продолжая заниматься проблемами старения и сохраняя научные и человеческие связи с лабораторией радиационной цитологии ИНЦ РАН.

Рецензент: Прияткина Т. Н., кандидат биологических наук

Рецензия: Магистерская диссертация посвящена актуальной проблеме, представляющей на сегодня наиболее горячую точку в исследовании хроматина – роли разнообразных модификаций гистонов в его структурно-функциональной организации. Важным моментом является использование не традиционного в этой области исследований, масс-спектрометрического метода анализа, высокоразрешающего, быстрргр, не требующего эффективной очистки гистонов. В анализе задействованы базы данных с огромным объемом информации, накопленной традиционными методами, т.е применены самые передовые технологии в исследовании актуальной биологической проблемы. В результате проделанной работы идентифицированы модифицированные формы и варианты гистонов, изолированных четырьмя разными способами из культивируемых фибробластов. Проведено сравнение модифицированных форм гистонов в клеточных линиях от здоровых (PF-клеток) и страдающих атаксией (АТ), доноров. Установлено методом иммуноблотинга, что в АТ клетках снижено содержание фосфорилированной формы гистона Н2АZ, участвующего в репарации двунитевых разрывов ДНК. Работа изложена на 98 стр. иллюстрирована 29 рис. Результаты представлены на 14 рис. и в ёмких (около 5 стр.) таблицах, включающих идентифиципрванные варианты гистонов в различных образцах. Список цитируемой литературы включает 116 работ. В обзоре литературы содержится исчерпывающая информация о всех известных типах модификацй гистонов и их вариантах, сведения о их участии во внутриядерных и клеточных процессах, связи с наследственными заболеваниями. Материал изложен чётко и логично, непосредственно связан с темой магистерской диссертации. представляет самостоятельную научную ценность. Замечания в основном касаются представления материала.: 1..Это небрежность в подписях к рис. Ссылки в тексте на рис.1-3, на самом деле их номера 16-19. Ссылка на табл. 1. Таблицы 1, как и табл. 6 в разделе «Результаты» нет. Не всегда ясно, какие фракции белков нанесены на дорожки (рис. 19, 20, 21). 2.. Раздел «Методы» перегружен рассуждениями, которые не всегда корректны. Например, физико-химическое обоснование тезиса, что стабильность ядра в 8 М мочевине больше, чем в цитоплазме. Утверждается, что ядра лизируют при центрифугировании, образуя гелевый сгусток. Ясно, что они лизировали до центрифугирования в растворе мочевины. Среда для лизиса клеток, содержащая 1 M KCl называется гипотонической. 3. Одной из задач поставленных в работе была оптимизация условий выделения гистонов для максимального сохранения всех типов гистоновых модификаций. Не ясно, какой из 4-х проверенных методов оказался оптимальным в этом отношении. Сравнения методов не приводиться ни в обсуждении, ни в выводах. Огромный эксперименальный материал по модифицированным формам гистонов в двух линиях клеток также не нашёл отражения в выводах. 4. Требует обсуждения или объяснения тот факт, что в ряде случаев позиция модифицированного гистона в геле, выявляемого массспектрометрией, не соответствует его МВ. Особенно яркий пример. В области белков 80-100 кд идентифицируются 2 формы Н1 и одна Н2А, с МВ 25 и 14 кд, в следующей 2 формы Н1 и одна Н4. Несмотря на недочёты в представлении результатов и недостаточно полное их обсуждение, работа представляется полноценным исследованием в бурно развивающейся области знаний. Полученные данные представляют практический и теоретический интерес. Работа оформлена в соответствии с существующими правилами, написана хорошим литературным языком. Заслуживает оценки отлично.

Оценка: 5

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2011г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2012г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2013г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2014г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2015г.

Аннотации квалификационных работ магистров выпуска 2016г.


контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017