Иванов Ян Владимирович
Квалификационная работа магистра: "Молекулярно-генетическое разнообразие вирусов гриппа, циркулировавших в России в 2009-2012 гг."
Аннотация: Грипп, как заболевание, представляет собой высокую угрозу для здоровья населения во многих странах с ежегодными эпидемиями в зимний период. Ежегодно в эпидемический сезон в России заболевает до 10% населения, а от гриппа и его осложнений умирает несколько тысяч человек. Начиная с 1977 г., в человеческой популяции совместно циркулируют три субтипа вируса гриппа: A(H1N1), A(H3N2) и B. Начиная с апреля 2009 года, человечество столкнулось с новым штаммом гриппа А H1N1pdm09, вызвавшим пандемию и устойчивым к распространённому и недорогому препарату «ремантадин», за счёт мутации S31N в последовательности белка М2. Непрерывный мониторинг мутационной изменчивости и филогенетический анализ циркулирующих штаммов играют важную роль в выборе вакцинных штаммов для специфической профилактики гриппа и противовирусных препаратов для его лечения. Вирус гриппа является причиной возникновения тяжёлых форм течения остро респираторных заболеваний в человеческой популяции и годы с 2009 по 2012, не являются исключением. В течение этого временного периода геном вируса гриппа А H1N1pdm09 не претерпел значительных изменений. Среди образцов, полученных от постмортального материала были обнаружены штаммы имеющие аминокислотную замену в гемагглютинине D222G, являющуюся детерминантой патогенности вируса гриппа. Среди обследованного материала по пандемическому гриппу, было выявлено лишь незначительное количество штаммов с мутацией в нейраминидазе H275Y, являющейся показателем устойчивости к озельтамивиру. К настоящему моменту данный вирус прошёл все пандемические этапы распространения, перешёл к сезонной циркуляции, и в сезоне 2011-2012 гг. уступил первое место по заболеваемости вирусу гриппа А H3N2.
В эпидемический сезон 2009-2010 г. в России циркулировал пандемический вирус гриппа А H1N1pdm09. В эпидемический сезон 2010-2011 г. в России, в отличии от США, наибольшее распространение получил вирус гриппа A H1N1pdm09, перейдя в категорию вирусов сезонного эпидемического проявления, при этом, среди людей циркулировал и вирус гриппа B, случаи заболевания вирусом гриппа А НЗN2 встречались редко, но он присутствовал в человеческой популяции. В эпидемический сезон 2011-2012 г. в России вирус гриппа А H3N2 был широко распространён (в 76,26% от всех случаев заболевания гриппом). Вирус гриппа B составил всего 14,4%, а вирус гриппа А Н1N1pdm09 – 9,35%.
Направление: Биология
Кафедра: Междисциплинарная программа "Общественное здоровье"
Дата защиты: 22-06-2012
Научный руководитель: М.П.Грудинин, кандидат биологических наук
Отзыв о магистранте: Иванов Ян Владимирович начал работу в лаборатории молекулярной вирусологии и генной инженерии ФГБУ «НИИ гриппа» министерства здравоохранения и социального развития в 2008 году. В 2010 году Ян Владимирович защитил степень бакалавра в Санкт- Петербургском Государственном Университете, биолого-почвенном факультете, на кафедре биохимии по теме: "Изучение молекулярно-генетических свойств вирусов гриппа А подтипа H1N1 различного происхождения. Анализ вторичных структур РНК на примере гена нейраминидазы". В этом же году он поступил в магистратуру университета. Темой квалификационной работы на получение степени магистра была выбрана тема «Молекулярно-генетическое разнообразие вирусов гриппа, циркулировавших в России в 2009-2012 гг.» Яном Владимировичем был проведен широкий анализ научной литературы по данному вопросу, намечена цель и поставлены конкретные задачи исследования. Исследование, проведенное Ивановым Я.В., является важной составной частью научной работы, проводимой в рамках плановой темы лаборатории молекулярной вирусологии и генной инженерии института «Анализ гетерогенности популяции вирусов гриппа в разные периоды эпидемического процесса», а также международного проекта Центра по контролю и предотвращению заболеваний (CDC, Атланта) по теме «Усовершенствование мониторинга и контроля в рамках надзора за гриппом». За время работы в лаборатории Ян Владимирович проявил себя как целеустремленный, инициативный сотрудник, способный к поисковым исследованиям. Он успешно овладел широким спектром современных молекулярно-биологических методов, компьютерных программ, необходимых для выполнения магистерской диссертации.
Результаты исследования были представлены в 2011 г. на межрегиональном совещании специалистов опорных баз Федерального центра по гриппу и ОРЗ «Грипп: эпидемиология, профилактика, лечение». Итогом научных исследований Ивановым Я.В. стало его соавторство в статье «Генетическое разнообразие и молекулярная эволюция вирусов гриппа А в России в 2006-2012 годах» (журнал «Вопросы вирусологии», юбилейный выпуск, в печати). Ян Владимирович доброжелателен, инициативен, коммуникабелен, пользуется уважением сотрудников лаборатории. Таким образом, по методической и теоретической подготовке, а также материалам самостоятельно выполненной выпускной квалификационной работы Иванов Я.В. заслуживает присвоения степени магистра, а представленная работа - оценки «отлично».
Рецензент: Г.А.Журавлева, доктор биологических наук
Рецензия: Диссертация Иванова Я.В. занимает 102 страницы и состоит из традиционных разделов: оглавление, список сокращений, введение, обзор литературы, цели и задачи, материалы и методы, результаты и обсуждение, заключение, выводы, список литературы (78 работ), приложение и благодарности. В ходе выполнения диссертации магистрант проделал значительную работу и овладел различными молекулярно-генетическими методами.
В разделе «Введение» автор кратко излагает суть изучаемой проблемы, которая более полно обсуждается в разделе «Обзор литературы».
Глава «Обзор литературы» занимает 36 страниц, но, к сожалению, не имеет названия. Обзор написан в повествовательно-описательной манере, что затрудняет во многом его понимание. Общим замечанием к этому разделу является крайняя небрежность оформления, огромное количество опечаток. Таблица на стр.11 не имеет номера, для многих рисунков отсутствуют детальные подписи и ссылки на их источник (Рис.7, 8), Рис.7 на стр.18 смещен так, что мешает читать и текст, его окружающий, рис.1 в приложении отсутствует (ссылка на него на стр.18). Автор не знаком с правилами цитирования (а скорее всего, не подозревает, что эти правила существуют), и поэтому цитирует абсолютно произвольно. Например, в случае нескольких соавторов принято цитировать только первого, а не «Киселев, Малый и др.», стр.14; в случае двух авторов их фамилии соединяют союзом «и»/ «and», принято цитировать только фамилии, а не имена, шедевром является “Rebecca J. Garten”, стр.17, в списке литературы она идет тоже на букву R, а не G. Многие ссылки вообще отсутствуют в списке литературы, рецензент к стр.19 диссертации насчитал отсутствие 6 ссылок, а дальше просто устал. Одна из ссылок (на работу Покровский, 2005, иногда: Покровский, Киселев, 2005, интересно, это одна и та же?) упоминается в тексте многократно, но все равно в список литературы не попала. Зато некоторые авторы цитируются подряд дважды (стр.25).
Страница 22 – полностью соответствует странице в интернете Что такое грипп? Грипп это острое инфекционное контагиозное ...d2058.zouo.ru/assets/files/grip.doc
Рецензент не производил поиск других страниц текста, но не исключает, что они тоже были взяты из Интернета, косвенным доказательством этому служит эклектичность стиля и отсутствие ссылок на цитируемые источники. Автора бросает от чисто популистских вопросов типа : «Для кого лечение антивирусными препаратами является приоритетным?»
до серьезных тем, например, «Сравнение программ, позволяющих проводить построения вторичных структур РНК». Замечательная фраза присутствует на стр.43 «подробнее рассмотрим программу RNAstructure, исходя из того, что она является бесплатной…». Т.е. платные программы не стоят такого внимания?
Вопрос к этому разделу – пояснить фразу со стр.15 , табл.3 – «фьюзогенные пептиды HA2 формируют атакующий комплекс»
Раздел «Материалы и методы» занимает11 стр. и содержит описание методик, которыми овладел автор в ходе выполнения диссертации. Следует отметить, что в большинстве это описание является излишне подробным, например, фраза «использованную пробирку выбрасывали» повторена многократно. Большинство методов является рутинным, и их описание приводится в рекомендациях фирм-производителей реагентов, подробное приведение этих описаний является излишним. Раздел этот явно автором не перечитывался, об этом свидетельствует, например, вопрос «какой состав» в заголовке раздела 5.1.3.
Вопросы к этому разделу: на стр.51 автор пишет: «Для амплификации кДНК вирусов гриппа А использовали полимеразу TaqF (т.к. она является термостабильной и позволяет получать чистые копии ДНК)», какие нетермостабильные полимеразы, используемые в настоящее время для амплификации, известны автору, и что такое «чистая ДНК»?
Раздел «результаты и обсуждение». Автор ошибочно пишет «обсуждение» во множественном числе. Раздел занимает 17 страниц и иллюстрирован 10 рисунками и 1 таблицей. Автором проведена большая работа, к сожалению не получившая достойного оформления и обсуждения. Не хватает раздела «заключение», который компенсировал бы отсутствие полноценного обсуждения.
Вопросы к этому разделу: какие методы построения деревьев использованы на рис.21, 22; что такое «расстояние водородных связей» (рис.24) , в каких единицах они приведены и каков максимально возможный размер (т.е. на каком максимально-возможном расстоянии водородная связь будет образовываться»)?
Выводы соответствуют результатам работы.
Приведенные замечания призваны помочь автору в его будущей работе и, особенно, в оформлении и обсуждении полученных результатов.
Ивановым Я.М. была проделана интересная работа, которая заслуживает оценки «хорошо», а ее автор – присвоения степени магистра.
Оценка:
|
