Биологический факультет СПбГУ |
Лаборатория структуры и динамики клеточного ядра |
Руководитель: к.б.н., доцент А.В. Красикова
Исследования группы направлены на разработку фундаментальной проблемы структурной организации, функционального значения и механизмов формирования специализированных доменов (компартментов) в ядре эукариотической клетки. Структурно-функциональная организация ядерного аппарата многоклеточных организмов представляет собой одну из наиболее актуальных областей современной молекулярной клеточной биологии. Известно, что запрограммированная регуляция экспрессии эукариотического генома невозможна без выраженной функциональной компартментализации клеточного ядра. При этом, все основные структурные компоненты сложной клеточной органеллы – ядра – тесно связаны с работой генома и реализацией генетической информации, определяя возможность быстрого ответа на внешние воздействия и регуляцию экспрессии генов. Компартментализация ядра способствует правильному протеканию ключевых внутриядерных процессов, таких как транскрипция, созревание вновь синтезируемых транскриптов, упаковка и транспорт информационной и некодирующей белки РНК, репликация, репарация и рекомбинация ДНК. | ||||
Красикова Алла Валерьевна - к.б.н., доцент Злотина Анна Михайловна - к.б.н., м.н.с. Куликова Татьяна Вадимовна, н.с. Маслова Антонина Владимировна - м.н.с. Дедух Дмитрий Викторович - к.б.н., м.н.с. Рюмин Сергей Сергеевич - инженер-исследователь |
| |||
Направления исследований
3D-реконструкция гигантского ядра, выделенного из растущего ооцита домашней курицы (Gallus gallus domesticus) (Krasikova et al., 2012)
| ||||
Научно-популярные материалы Видео-абстракт 'Lampbrush chromosome studies in the post-genomic era' BioEssays Лекция “Транскрипция на стадии хромосом типа ламповых щеток Лекция "Хромосомы типа ламповых щеток в свете геномики" Передача "Матрица Науки" телеканала Санкт-Петербург Французский деликатес не подчиняется генетическим закономерностям Хромосомы разложили на мельчайшие части ученые СПбГУ Биологи СПбГУ получили уникальные снимки поверхности ядерных структур Впервые охарактеризована архитектура генома птиц Российские биологи обнаружили у животных новый метод редактирования генома Биологи СПбГУ систематизировали все известные случаи удаления генетического материала Биологи выяснили, как «ламповые щетки» обеспечивают правильное развитие эмбрионов курицы Ученые связали 3D-структуру хромосом с плотностью распределения активных генов | ||||
Читаемые курсы
| ||||
Список важнейших публикаций:
Maslova A, Krasikova A. Nuclear actin depolymerization in transcriptionally active avian and amphibian oocytes leads to collapse of intranuclear structures. Nucleus. – 2012. V. 3(3) – P. 300-311. Khodyuchenko T, Gaginskaya E, Krasikova A. Non-canonical Cajal bodies form in the nucleus of late stage avian oocytes lacking functional nucleolus. Histochem Cell Biol. – 2012. – V. 138(1). – P. 57-73. Krasikova A, Fukagawa T, Zlotina A. High-resolution mapping and transcriptional activity analysis of chicken centromere sequences on giant lampbrush chromosomes. Chromosome Res. – 2012. – DOI: 10.1007/s10577-012-9321-0 | ||||
Krasikova A, Khodyuchenko T, Maslova A, Vasilevskaya E. Three-dimensional organisation of RNA-processing machinery in avian growing oocyte nucleus. Chromosome Res. – 2012. – DOI: 10.1007/s10577-012-9327-7 Zlotina A, Galkina S, Krasikova A, Crooijmans RP, Groenen MA, Gaginskaya E, Deryusheva S. Centromere positions in chicken and Japanese quail chromosomes: de novo centromere formation versus pericentric inversions. Chromosome Res. 2012. V. 20 (8). P. 1017-1032
Maslova A., Zlotina A., Kosyakova N., Sidorova M., Krasikova A. Three-dimensional architecture of tandem repeats in chicken interphase
Trofimova I., Chervyakova D., Krasikova A. Transcription of subtelomere tandemly repetitive DNA in chicken embryogenesis.Chromosome Res. 2015. doi:10.1007/s10577-015-9487-3
A.Zlotina, A. Krasikova. FISH in Lampbrush Chromosomes. In:Fluorescence in situ Hybridization (FISH) – Application Guide, T Liehr (Editor), 2nd Ed., Springer, Berlin, 2017, ISBN: 978-3662529577, pp.445-458.
I. Trofimova, A. Krasikova. Transcription of highly repetitive tandemly organized DNA in amphibians and birds: a historical overview and modern concepts. RNA Biology, 2016. DOI: 10.1080/15476286.2016.1240142 Kulikova T., Khodychenko T., Petrov Y., Krasikova A. Low-voltage scanning electron microscopy study of lampbrush chromosomes and nuclear bodies in avian and amphibian oocytes. Scientific Reports, 6, 36878; doi: 10.1038/srep36878 (2016) Zlotina A, Dedukh D, Krasikova A. Amphibian and Avian Karyotype Evolution: Insights from Lampbrush Chromosome Studies. Genes (2017). V,8(11). D. Dedukh, S. Litvinchuk, J. Rosanov, D. Shabanov, A. Krasikova. Mutual maintenance of di- and triploid Pelophylax esculentus hybrids in R-E systems: results from artificial crossings experiments. BMC Evolutionary Biology 17:220 (2017). D. V. Dedukh, A. V. Krasikova. Methodological Approaches for Studying the European Water Frog Pelophylax esculentus Complex. Russian Journal of Genetics 53(8): 843-850 (2017) A. V. Krasikova, T. V. Kulikova. Distribution of heterochromatin markers in lampbrush chromosomes in birds. Russian Journal of Genetics 53(9): 1022–1029 (2017) Chmielewska, M., Dedukh, D., Haczkiewicz, K., Rozenblut-Kościsty, B., Kaźmierczak, M., Kolenda, K., Serwa, E., Pietras-Lebioda, A., Krasikova, A., Ogielska, M. The programmed DNA elimination and formation of micronuclei in germ line cells of the natural hybridogenetic water frog Pelophylax esculentus. Scientific Reports, 8 (1) 7870 (2018) Fishman, V., Battulin, N., Nuriddinov, M., Maslova, A., Zlotina, A., Strunov, A., Chervyakova, D., Korablev, A., Serov, O., Krasikova, A. 3D organization of chicken genome demonstrates evolutionary conservation of topologically associated domains and highlights unique architecture of erythrocytes' chromatin. Nucleic Acids Research. DOI: 10.1093/nar/gky1103 (2018)
Текущие гранты научных фондов
Гранты РНФ «Проведение исследований на базе существующей научной инфраструктуры мирового уровня»: 2019 – 2022 г.г. – «Топологически-ассоциированные домены хроматина и А/В-компартменты в геноме курицы: идентификация и визуализация с помощью технологии HiC и микроскопии сверхвысокого разрешения» (№ 19-74-20075), руководитель - А.В. Красикова.
Гранты РНФ «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»: 2014 – 2016 г.г. – «Некодирующие РНК доместицированных видов птиц отряда Galliformes: идентификация, локализация и функциональный анализ» (№ 14-14-00131), руководитель - А.В. Красикова. 2018 - 2020 г.г. - «Механизмы воспроизводства и поддержания межвидовых гибридов комплекса P. esculentus в естественных и антропогенных местообитаниях» (№ 18-74-00115), руководитель - Д.В. Дедух 2020 – 2022 г.г. – «Механизм избирательной элиминации одного из родительских геномов в гаметогенезе межвидовых гибридов комплекса зеленых лягушек» (№ 20-74-00030), руководитель - Д.В. Дедух
Гранты Президента РФ: 2014 – 2015 г.г. – «Механизмы поддержания архитектуры генома в интерфазном ядре: роль высокоповторяющихся последовательностей ДНК и их некодирующих белки транскриптов» (№ МК-3609.2014.4), руководитель - А.В. Красикова. 2017 - 2018 - «Исследование природы хромомеров с использованием механической микродиссекции гигантских хромосом из растущих ооцитов» (№ МК-1630.2017.4) - руководитель А.М. Злотина 2022 - 2023 - «Хромосомы типа ламповых щеток Danio rerio в свете геномики» (№МК-3553.2022.1.4) - руководитель Д.В. Дедух
2018 - 2019 г.г. - «Видообразование в действии: возникновение и воспроизводство межвидовых гибридов из комплекса зеленых лягушек Pelophylax esculentus в различных типах популяционных систем» (№ 1.15.286.2018), руководитель - Д.В. Дедух
НИР из средств бюджета СПбГУ: «Функциональная компартментализация ядра в растущем ооците: механизмы формирования внутриядерных доменов» (№1.38.66.2011) «Спектр последовательностей, транскрибируемых на хромосомах типа ламповых щеток птиц» (№ INI_2024)
Специальная ректорская стипендия для обучающихся в аспирантуре СПбГУ:
| ||||
| ||||
© Биологический факультет СПбГУ, 2006-2011 |