Морская биологическая станция Санкт-Петербургского (Ленинградского) Государственного университета была организована в соответствии с приказом Министра Высшего и Среднего Специального образования РСФСР № 429 от 10 октября 1974 года и приказом ректора № 59 от 7 февраля 1975 года «в целях улучшения подготовки студентов и расширения научно-исследовательских работ по биологии и охране природных вод».
В указанных целях университету были переданы 10 гектаров территории о.Средний (Керетский архипелаг Кандалакшского залива Белого моря) и расположенные на них постройки бывшего Керетского лесозавода, закрытого в 1969 году.
В организации станции активное участие принимали преподаватели и научные сотрудники биолого-почвенного факультета ЛГУ, в том числе профессора А.А.Заварзин, А.К.Дондуа, В.С.Ипатов, С.Н.Лызлова и Л.Н.Серавин. Первая полевая практика студентов первого курса биолого-почвенного факультета проводена на станции в 1976 году. В 2001 г. в соответствии с землеотводом вся территория о.Средний (52 га) передана в оперативное управление СПбГУ.
В настоящее время МБС является подразделением Управления по эксплуатации баз СПбГУ. На территории МБС также действует биологический стационар Казанского государственного университета.
