Научные интересы:

Транскрипция, некодирующие РНК, тандемные повторы, архитектоника ядра, цитогенетика эмбрионального развития, медицинская генетика.

Избранные публикации :

• Kuznetzova T.V., Trofimova I.L., Lyapunova M.S., Evdokimenko E.V., Baranov V.S. Phenomenon of selective staining of pericentomeric heterochromatin regions in chromosomes from spontaneously dividing cells by acridine orange flurochrome // Genetika. - 2012. - V. 48.- № 4. - p. 369-375.
• Трофимова И.Л., Ляпунова М.С., Евдокименко Е.В., Кузнецова Т.В. Влияние различных предобработок на окраску прицентромерного гетерохроматина хромосом 1, 9, 16 флуорохромом акридиновым оранжевым // Мед.генетика.- 2012.-Т.11.- № 4 (118).- с. 50-54.
• Трофимова И.Л., Евдокименко Е.В., Кузнецова Т.В. Особенности митотической активности клеток цитотрофобласта хориона у эмбрионов первого триместра беременности // Журнал акушерства и женских болезней.- 2012.- Т. LX I.- выпуск 3.- с. 115- 122.
• Кузнецова Т.В., Енукашвили Н.И., Трофимова И.Л., Горбунова А., Вашукова Е.С., Баранов В.С. Локализация и транскрипция прицентромерного гетерохроматина хромосомы 1 в эмбриональных и экстраэмбриональных тканях человека // Мед.генетика.- 2012.-Т.11.-№ 4 (118).- с.19-24.
• Баранов В.С., Кузнецова Т.В., Пендина А.А., Ефимова О.А., Федорова И.Д., Трофимова И.Л. Эпигенетические механизмы нормального и патологического развития человека. В кн: ред. Закиян С.М., Власов В.В., Дементьева Е.В. Эпигенетика. Новосибирск: Изд-во СО РАН. 2012. С. 225-266.
• Trofimova I., Popova D., Vasilevskaya E., Krasikova A. Non-coding RNA derived from a conservative subtelomeric tandem repeat in chicken and Japanese quail somatic cells // Molecular Cytogenetics. – 2014.- Vol. 7:102.- p.1-13.
• Trofimova I., Chervyakova D., Krasikova A. Transcription of subtelomere tandemly repetitive DNA in chicken embryogenesis.Chromosome Res. 2015. doi:10.1007/s10577-015-9487-3
  
• I. Trofimova, A. Krasikova. Transcription of highly repetitive tandemly organized DNA in amphibians and birds: a historical overview and modern concepts. RNA Biology, 2016. DOI: 10.1080/15476286.2016.1240142