АБИТУРИЕНТУ   СТУДЕНТУ   ВЫПУСКНИКУ   СОТРУДНИКУ   РАСПИСАНИЯ


БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ

ГЛАВНАЯ
НАШ ФАКУЛЬТЕТ
ПОСТУПЛЕНИЕ
ПЕРЕВОД И ВОССТАНОВЛЕНИЕ
ОБРАЗОВАНИЕ
Учебно-методическая комиссия
Бакалавриат
Магистратура
Аннотации элективных дисциплин
Аспирантура
Докторантура
Выпускникам
Конкурсы и стипендии
Соц. пакет студента
Вопросы по справкам и документам
НАУКА
ЭТИЧЕСКИЙ КОМИТЕТ
ШКОЛЬНИКАМ И УЧИТЕЛЯМ
СТУДСОВЕТ
БИБЛИОТЕКА
ЭКСПЕРТНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
САЧОК
БЛОГ
ТРУДОУСТРОЙСТВО
АДМИНИСТРАЦИЯ
СВЕДЕНИЯ О СПбГУ
ЗЕЛЕНЫЙ КАМПУС

Авторизация
Запомнить меня на этом компьютере
  Забыли свой пароль?
 

Главная / Образование / Магистратура

биофак СПбГУ


Копать Владимир Владиславович

Квалификационная работа магистра: "Выявление и сравнительная генетическая характеристика предполагаемых переходных форм между свободноживущими бактериями и клубенькообразующими симбионтами бобовых"

Аннотация: Из клубеньков реликтового бобового растения Vavilovia formosa была выделена коллекция штаммов симбиотических бактерий. Оказалось, что в отличие от других близких родственников из трибы Fabeae, Vavilovia поддерживает в своих клубеньках широкий спектр микроорганизмов, часть из которых относится к современным высокоспециализированным формам ризобий, в то время как другая представляет собой нетипичные симбиотические штаммы, которые, однако, выделяют из клубеньков вавиловии и других бобовых уже не впервые.
В данной работе среди изолятов из вавиловии с использованием геномного секвенирования мы пытались найти переходные формы, в геномах которых отражены следы эволюционных процессов, связанных с формированием генетических систем симбиоза.
В результате, в геноме Tardiphaga sp. (Bradyrhizobiaceae) мы обнаружили наличие кластера fixABGHNOPQ генов и дупликацию его части (fixGHNOQP и fixNOPQ кластеры), которая может свидетельствовать об эволюционных процессах «рекрутирования» fix генов под нужды симбиотической азотфиксации. Но помимо эволюционного значения мы не можем исключить и прямого участия штаммов Tardiphaga в симбиозе. Полученные данные позволяют сделать предположение о том, что Tardiphaga может участвовать в формировании пула sym-генов в клубеньковой популяции и вносить вклад в совокупный симбиотический «пангеном» данной популяции.

Направление: Биология

Кафедра: Генетики и Биотехнологии

Научный руководитель: к.б.н.  Андронов Е.Е.

Отзыв научного руководителя
Копать Владимир Владиславович начал научную деятельность в лаборатории микробиологического мониторинга и биоремедиации почв ВНИИ сельскохозяйственной микробиологии в сентябре 2013 года, будучи студентом 1 курса магистратуры СПбГУ. За время работы в лаборатории он успешно освоил спектр современных методов молекулярной биологии и биоинформатики, необходимых для работы в области геномной микробиологии. Важной особенностью исследований в данной области является обширный биоинформатический анализ полученных экспериментальных данных, который может составлять до 90% времени работы. В этом направлении Владимир также успешно развивался, пройдя обучение на интенсиве по геномной биоинформатике в институте биоинформатики и освоив ряд современных программных пакетов. По результатам работы Владимир подготовил одно сообщение, принятое на научную конференцию. Владимира отличают трудолюбие, исполнительность, а также настойчивость в достижении поставленных целей. Мы надеемся, что наше сотрудничество с Владимиром будет продолжено и в будущем.

Рецензент: к.б.н. Емельянов В.В.

Рецензия 

Магистерская диссертация Копатя В.В. посвящена одной из актуальных проблем современной биологии, состоящей в изучении происхождения и эволюции бобово-ризобиального симбиоза. Тема эта чрезвычайно актуальная, поскольку в настоящее время остро стоит вопрос загрязнения и истощения почв, обеспечения продуктивности и биобезопасности продуктов сельского хозяйства, а симбиотическая диазотрофия в значительной степени позволяет решать эти проблемы. Изучение возникновения бобово-ризобиального симбиоза, выявление предковых форм позволит в перспективе расширить список симбиотических диазотрофов и их хозяев. Актуальна эта проблема и в свете возможной колонизации соседних планет. В диссертационной работе Копатя В.В. исследуются микросимбионты из клубеньков реликтового бобового растения - вавиловии красивой (Vavilovia formosa (Steven) Fed.), считающегося родственником предков гороха посевного.
    Рецензируемая работа состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов и их обсуждения, выводов, списка литературы и приложения. Она изложена на 53 страницах, содержит 9 рисунков и 9 таблиц. Копать В.В. проанализировал 74 источника, 67 из них – иноязычные. В обзоре литературы кратко рассмотрены вопросы эволюции бобово-ризобиального симбиоза, функции симбиотических генов и представители нетипичных симбионтов бобовых, в том числе исследуемые в данной работе.
    Необходимо отметь, что в ходе выполнения магистерской диссертации автором освоен широкий спектр современных методов: культуральный и микровегетационный метод, молекулярно-генетические методы (выделение, очистка и секвенирование ДНК), методы биоинформатики (сборка и аннотация генома).
    Важным результатом геномного секвенирования, проведенного в работе, является выяснение филогенетического положения семи штаммов нетипичных симбиотических азотфиксаторов их клубеньков вавиловии красивой, большинство из которых принадлежат роду Tardiphaga. У изучаемых штаммов проведен поиск симбиотических генов, в результате которого штаммы Tardiphaga показали наличие большого числа fix генов, которые были локализованы на одном фрагменте длиной 630 т.н. и аннотированы. По результатам анализа симбиотических генов Копать В.В. ввёл коэффициент предрасположенности к симбиозу SymPR, который среди анализируемых штаммов, выделенных из вавиловии, оказался наибольшим у штамма Vaf12 Rhizobium leguminosarum. Тем не менее, данный штамм не образовывал эффективных азотфиксирующих клубеньков при инокуляции гороха и вики. К сожалению, диссертант не уделил объяснению данного факта должного внимания. В связи с этим, хотелось бы знать, что он думает по этому поводу. Далее в обсуждении результатов Копать В.В. делает предположение, что Tardiphaga, не только участвует в формировании пула симбиотических генов в клубеньковой популяции, но и непосредственно фиксирует азот. Какие экспериментальные подходы, по мнению автора, следует использовать для доказательства этого феномена?
    Выводы в работе соответствуют поставленным цели и задачам исследования. Работа написана хорошим языком, почти отсутствуют грамматические ошибки. Из недостатков следует отметить излишнюю лаконичность и несколько вольное обращение с латинскими названиями. Так, в табл. 1 они не выделены курсивом, а по тексту работы сокращенные названия встречается раньше или вообще без расшифровки полного названия организма.
    Тем не менее, высказанные замечания, ни в коей степени не умаляют достоинств магистерской диссертации Копатя Владимира Владиславовича, которая заслуживает оценки «отлично».

Дата защиты: 17-06-2015









контакты       карта сайта      почтовый сервер       управление      поддержка

199034, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7-9
© Санкт-Петербургский государственный университет, 2006-2017